[R-br] Obtenção de matriz completa

Terça Fevereiro 9 15:55:50 BRST 2016

Boa tarde.

Estou tentando obter uma matriz de dissimilaridade genética, a partir de dados qualitativos e quantitativos, de 208 linhagens de mamoneira.

Entretanto só consigo visualizar parte da matriz.  Como obter a matriz completa e salvá-la em planilha Excel?

Obrigado

Maurício Silva

Enviado do Outlook Mobile

On Tue, Feb 9, 2016 at 6:00 AM -0800, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br> wrote:

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mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."

Tópicos de Hoje:

   1. Re: Bug report (Thiago V. dos Santos)
   2. Re: Função com vários if e else if que não é
      SpatialGridDataFrame (Éder Comunello)
   3. Re: Número máximo de variáveis (Éder Comunello)
   4. Re: Função com vários if e else if que não é
      SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO] (ASANTOS)
   5. Re: Número máximo de variáveis (Alexandre Loures)
   6. Re: Bug report (Leonard Assis)

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Message: 1
Date: Mon, 8 Feb 2016 14:42:22 +0000 (UTC)
From: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso em yahoo.com.br>
To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Bug report
Message-ID:
        <1313169499.699118.1454942542137.JavaMail.yahoo em mail.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria contatar os autores e/ou mantenedores do pacote: https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html Greetings, -- Thiago V. dos Santos
PhD studentLand and Atmospheric ScienceUniversity of Minnesota

    On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <assis.leonard em gmail.com> wrote:

Bom dia a todos  Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet.  O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então fica: como devo fazer para reportar este problema?
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo m�imo reproduz�el.

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Message: 2
Date: Mon, 8 Feb 2016 12:14:38 -0300
From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
To: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
Cc: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é
        SpatialGridDataFrame
Message-ID:
        <CABmC8gnHfswFsZPumokW-e563HRQY1mqGpzmNyCz52-NoJbDpQ em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Alexandre, bom dia!

Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.

### <code r>
require(raster)
require(sp)

# RasterLayer inventado
r <- raster(nrows=10, ncols=10)
r <- setValues(r, 1:ncell(r))
plot(r)

band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame')  ### transforma em
SpatialGridDataFrame

##Função para conversão DN para radiância - LISS III
---------------------------
radconvL<-function(x, band = 2)
{
     Lmax <- switch(as.character(band),
                    "2" = 120.64,
                    "3" = 151.31,
                    "4" = 157.57,
                    "5" = 69.03,
                    NA)

     if (is.na(Lmax)) stop("invalid band")

     Lmin = 0
     Qmax = 127
     x <- as.vector(as.matrix(x))
     results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!

     x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax
     if (class(results) == "SpatialGridDataFrame")
         results em data[, 1] <- x
     else if (is.data.frame(x))
         results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results),
             ncol = ncol(results)))
     else results <- x
     print(paste(band, Lmax))
     print(results)
     results
}
######--

teste2<-radconvL(band2, band = 2)
spplot(teste2)

teste3<-radconvL(band2, band = 3)
teste1<-radconvL(band2, band = 1)

### </code>

================================================
Éder Comunello
PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
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Message: 3
Date: Mon, 8 Feb 2016 13:53:55 -0300
From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis
Message-ID:
        <CABmC8gmDnz4f0E2FdoQ=c7_hYF7ab4GigVZr2FMN5J2FRi24Bg em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

Alexandre, boa tarde!

Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas, mas
sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da operação e
veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do último objeto.
Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o espaço de memória
esteja em um bloco de endereço contínuo.

Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e rodou
legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...

### <code r>
n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439)
n <- n*1000

for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i]))))
ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"

for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb")
# 0.5 Mb
# 3.3 Mb
# 2.8 Mb
# 62.9 Mb
# 52.5 Mb

x <- cbind(a, b, c, d, e)
str(x)
 # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...

print(object.size(x), units="Mb")
# 121.9 Mb

gc()
### </code>

================================================
Éder Comunello
PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]

Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures <
alexandre.loures em ymail.com> escreveu:

> Boa tarde pessoal!
>
> Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e). Porém no
> último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o erro) aparece a
> seguinte mensagem de erro:
>
> Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
>
> Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
>
> a = 30
> b = 217
> c = 181
> d = 4123
> e = 3439
>
> Total = 7990
>
> Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está reportando o
> erro supracitado.
>
>
> Desde já muito obrigado!
>
>
> --
> *Alexandre Rodrigues Loures*
> Doutorando em Economia Aplicada
> Universidade Federal da Paraíba - UFPB
> Centro de Ciências Sociais Aplicadas - CCSA
> Programa de Pós-Graduação em Economia - PPGE
> Site: www.ccsa.ufpb.br/ppge
> [image: orcid] www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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Message: 4
Date: Mon, 8 Feb 2016 17:36:23 -0300
From: ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br>
To: comunello.eder em gmail.com
Cc: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Função com vários if e else if que não é
        SpatialGridDataFrame [RESOLVIDO]
Message-ID: <56B8FC47.6010309 em yahoo.com.br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"

Muito obrigado Éder, funcionou perfeitamente!!!!!!

        Também tem outra alteração que resolve o meu problema e aumenta
a velocidade de processamento, uma vez que tenho rasters muito grandes,
sendo:

radconvL <- function(x, band = 2) {
      Lmax <- switch(band,
                     "2" = 120.64,
                     "3" = 151.31,
                     "4" = 157.57,
                     "5" = 69.03,
                     NA)

      if (is.na(Lmax)) stop("invalid band")
      Lmin = 0
      Qmax = 127
      setValues(x, Lmin + ((Lmax-Lmin)*values(x))/Qmax)
}

library(raster)
b <- brick(system.file("external/rlogo.grd", package="raster"))
test <- radconvL(b[[2]], band = 2)

Abraços,

--
======================================================================
Alexandre dos Santos
Proteção Florestal
IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso
Campus Cáceres
Caixa Postal 244
Avenida dos Ramires, s/n
Bairro: Distrito Industrial
Cáceres - MT                      CEP: 78.200-000
Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM)   (+55) 65 9686-6970 (VIVO)
e-mails:alexandresantosbr em yahoo.com.br
         alexandre.santos em cas.ifmt.edu.br
Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680
OrcID: orcid.org/0000-0001-8232-6722
Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Alexandre_Santos10
LinkedIn: https://br.linkedin.com/in/alexandre-dos-santos-87961635
======================================================================

Em 08/02/2016 12:14, Éder Comunello escreveu:
> Alexandre, bom dia!
>
> Fiz apenas uma pequena alteração indicada no código.
>
> ### <code r>
> require(raster)
> require(sp)
>
> # RasterLayer inventado
> r <- raster(nrows=10, ncols=10)
> r <- setValues(r, 1:ncell(r))
> plot(r)
>
> band2<- as(r, 'SpatialGridDataFrame')  ### transforma em
> SpatialGridDataFrame
>
>
> ##Função para conversão DN para radiância - LISS III
> ---------------------------
> radconvL<-function(x, band = 2)
> {
>    Lmax <- switch(as.character(band),
>                   "2" = 120.64,
>                   "3" = 151.31,
>                   "4" = 157.57,
>                   "5" = 69.03,
>                   NA)
>
>    if (is.na <http://is.na>(Lmax)) stop("invalid band")
>
>    Lmin = 0
>    Qmax = 127
>    x <- as.vector(as.matrix(x))
>    results <- band2 ### <==== alterado aqui!!!
>
>    x <- Lmin + ((Lmax-Lmin)*x)/Qmax
>    if (class(results) == "SpatialGridDataFrame")
>        results em data[, 1] <- x
>    else if (is.data.frame(x))
>        results <- data.frame(matrix(x, nrow = nrow(results),
>            ncol = ncol(results)))
>    else results <- x
>    print(paste(band, Lmax))
>    print(results)
>    results
> }
> ######--
>
> teste2<-radconvL(band2, band = 2)
> spplot(teste2)
>
> teste3<-radconvL(band2, band = 3)
> teste1<-radconvL(band2, band = 1)
>
> ### </code>
>
>
>
> 
> ================================================
> Éder Comunello
> PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
>
>
>

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Message: 5
Date: Mon, 8 Feb 2016 20:03:47 -0300
From: Alexandre Loures <alexandre.loures em ymail.com>
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, comunello.eder em gmail.com
Subject: Re: [R-br] Número máximo de variáveis
Message-ID: <56B91ED3.4040107 em ymail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"; Format="flowed"

Boa noite Éder! Muito obrigado pelo retorno!

Meus objetos possuem:

72.7 Mb
455.6 Mb
382.4 Mb
8401.1 Mb
7009.7 Mb

Mas defini o uso da memória em 36Gb. Logo não estou entendo porque não
consigo fazer o cbind dos cinco objetos.

Em 08/02/2016 13:53, Éder Comunello escreveu:
> Alexandre, boa tarde!
>
> Acredito que o que esteja dando problemas não é o número de colunas,
> mas sim o tamanho dos objetos. Verifique com memory.size() antes da
> operação e veja se há espaço suficiente para alocar object.size() do
> último objeto. Pra funcionar, além de quantidade, é necessário que o
> espaço de memória esteja em um bloco de endereço contínuo.
>
> Abaixo fiz um teste com cbind, trabalhando com 1000x mais colunas e
> rodou legal. Só que o tamanho dos objetos é pequeno...
>
> ### <code r>
> n <- c(30, 217, 181, 4123, 3439)
> n <- n*1000
>
> for (i in 1:5) assign(letters[i], t(cbind(rnorm(n[i]), runif(n[i]))))
> ls() # [1] "a" "b" "c" "d" "e" "i" "n"
>
> for (i in 1:5) print(object.size(get(letters[i])), units="Mb")
> # 0.5 Mb
> # 3.3 Mb
> # 2.8 Mb
> # 62.9 Mb
> # 52.5 Mb
>
> x <- cbind(a, b, c, d, e)
> str(x)
>  # num [1:2, 1:7990000] 0.675 0.15 -0.979 0.681 -0.944 ...
>
> print(object.size(x), units="Mb")
> # 121.9 Mb
>
> gc()
> ### </code>
>
>
>
> 
> ================================================
> Éder Comunello
> PhD Student in Agricultural Systems Engineering (USP/Esalq)
> Brazilian Agricultural Research Corporation (Embrapa)
> Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]
>
>
>
>
> Em 7 de fevereiro de 2016 14:12, Alexandre Loures
> <alexandre.loures em ymail.com <mailto:alexandre.loures em ymail.com>> escreveu:
>
>     Boa tarde pessoal!
>
>     Estou tentando fazer um cbind em cinco objetos (a, b, c, d, e).
>     Porém no último (fiz separado para ter certeza quando apareceria o
>     erro) aparece a seguinte mensagem de erro:
>
>     Erro: não é possível alocar vetor de tamanho 2.0 Mb
>
>     Tenho a seguinte quantidade de variáveis em cada um dos objetos:
>
>     a = 30
>     b = 217
>     c = 181
>     d = 4123
>     e = 3439
>
>     Total = 7990
>
>     Minha dúvida é: há limite de variáveis no R e por isso está
>     reportando o erro supracitado.
>
>
>     Desde já muito obrigado!
>
>
>     --
>     *Alexandre Rodrigues Loures*
>     Doutorando em Economia Aplicada
>     Universidade Federal da Paraíba - UFPB
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>     orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
>     <http://www.orcid.org/0000-0002-1288-0135>
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>     Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
>     forneça código mínimo reproduzível.
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.

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Doutorando em Economia Aplicada
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orcid www.orcid.org/0000-0002-1288-0135
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Tamanho: 1221 bytes
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Message: 6
Date: Tue, 9 Feb 2016 10:33:43 -0200
From: Leonard Assis <assis.leonard em gmail.com>
To: "Thiago V. dos Santos" <thi_veloso em yahoo.com.br>,
        r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Bug report
Message-ID:
        <CAEG0FK8CG0H+4u5ZyS0uazg3hcG+w6GqaGDpwCxtf8-shgjF5A em mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"

É bug
Já até sei como corrige (e já corrigi nos fontes deles).
É um erro louco no plot.nn que não gera o plot no rmarkdown
Em 8 de fev de 2016 12:42 PM, "Thiago V. dos Santos" <
thi_veloso em yahoo.com.br> escreveu:

> Se você já tem certeza que é bug, o primeiro passo que eu daria seria
> contatar os autores e/ou mantenedores do pacote:
> https://cran.r-project.org/web/packages/neuralnet/index.html
>
> Greetings,
>  -- Thiago V. dos Santos
>
> PhD student
> Land and Atmospheric Science
> University of Minnesota
>
>
> On Monday, February 8, 2016 6:56 AM, Leonard de Assis <
> assis.leonard em gmail.com> wrote:
>
>
> Bom dia a todos
>
> Eu estava (na verdade, ainda estou) com um problema no pacote neuralnet.
>
> O fato é que se descobriu que o problema é bug do pacote, a pergunta então
> fica: como devo fazer para reportar este problema?
>
>
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne� c�igo
> m�imo reproduz�el.
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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Fim da Digest R-br, volume 62, assunto 9
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