[R-br] Extrair dissimilaridade média entre tratamentos no pacote vegan [Resolvido]

[ASANTOS]

Muito obrigado Éder, era exatamente esta a informação que eu queria extrair,


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Alexandre dos Santos
Proteção Florestal
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Campus Cáceres
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On 24/04/2015 09:34, Éder Comunello wrote:
> Alexandre, bom dia!
>
> Segue uma sugestão,
>
> ### <code r>
> require(vegan)
>
> {
>      set.seed(765) ### pra reprodutibilidade!
>      # Matriz das espécies
>      spdf <- matrix(NA, 60, 4, dimnames =
>  list(1:60, c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4")))
>      spdf <- as.data.frame(spdf)
>      # Adicionado ruído
>      eff <- sort(rep(1:6, 10))
>      spdf$sp1 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
>      spdf$sp2 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
>      spdf$sp3 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
>      spdf$sp4 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
>      # Tratamentos
>      trat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep=""))
>      #Repetições
>  rept<-rep(1:20,3)
> }
>
> #Juntando tratamentos e repetições
> trat_r<-paste(trat,rept,sep="_")
>
> pts.spc<-cbind(trat_r,spdf)
> rownames(pts.spc) = pts.spc[,1]
> pts.spc<-pts.spc[,-(1)]
> head(pts.spc)
>
> # Calcula distância de bray-curtis entre amostras
> pts.spc.dist <- vegdist(pts.spc, method = "bray")
>
> #Agrupamento de comunidades usando o algorítimo average-linkage
> pts.spc.clust <- hclust(pts.spc.dist, method = "average")
>
> # Diagrama de cluster
> plot(pts.spc.clust, ylab = "Dissimilaridade")
>
> # --- Dissimilaridade média --- #
> str(pts.spc.clust)
> res <- data.frame(lab=pts.spc.clust$labels, height=c(0, 
> pts.spc.clust$height))
> res$trat <- as.factor(sub("_.*$", "", res$lab))
> head(res)
> tapply(res$height, res$trat, mean)
> #         t1         t2         t3
> # 0.01395473 0.03670206 0.13605946
>
> </code>
>
>
> Éder Comunello <c 
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> <mailto:omunello.eder em gmail.com>>
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