[R-br] Extrair dissimilaridade média entre tratamentos no pacote vegan

[Éder Comunello]

Alexandre, bom dia!

Segue uma sugestão,

### <code r>
require(vegan)

{
     set.seed(765) ### pra reprodutibilidade!

     # Matriz das espécies
     spdf <- matrix(NA, 60, 4, dimnames =
                     list(1:60, c("sp1", "sp2", "sp3", "sp4")))
     spdf <- as.data.frame(spdf)

     # Adicionado ruído
     eff <- sort(rep(1:6, 10))
     spdf$sp1 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
     spdf$sp2 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
     spdf$sp3 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)
     spdf$sp4 = eff + rnorm(60, 0, 0.25)

     # Tratamentos
     trat <- gl(3, 20, labels = paste("t", 1:3, sep=""))

     #Repetições
     rept<-rep(1:20,3)
}

#Juntando tratamentos e repetições
trat_r<-paste(trat,rept,sep="_")

pts.spc<-cbind(trat_r,spdf)
rownames(pts.spc) = pts.spc[,1]
pts.spc<-pts.spc[,-(1)]
head(pts.spc)

# Calcula distância de bray-curtis entre amostras
pts.spc.dist <- vegdist(pts.spc, method = "bray")

#Agrupamento de comunidades usando o algorítimo average-linkage
pts.spc.clust <- hclust(pts.spc.dist, method = "average")

# Diagrama de cluster
plot(pts.spc.clust, ylab = "Dissimilaridade")

# --- Dissimilaridade média --- #
str(pts.spc.clust)
res <- data.frame(lab=pts.spc.clust$labels, height=c(0,
pts.spc.clust$height))
res$trat <- as.factor(sub("_.*$", "", res$lab))
head(res)
tapply(res$height, res$trat, mean)
#         t1         t2         t3
# 0.01395473 0.03670206 0.13605946

</code>


Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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