[R-br] Ler arquivo .zip
Luciano F. Sgarbi
luciano.f.sgarbi em gmail.com
Sexta Abril 10 15:44:37 BRT 2015
Éder, muito obrigado pela solução...
Abraços
Em 10 de abril de 2015 14:54, Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
escreveu:
> Luciano, boa tarde!
>
> Acredito que a solução é essa mesmo. No seu primeiro email você estava
> tratando o gzip como zip. Você poderia pensar em usar gzfile(), mas o
> raster() não interpreta esse tipo de conexão.
>
> Nos comandos abaixo, fiz opção por manter o arquivo .gz e não descompactar
> o arquivo no diretório corrente.
>
> url2 <- "
> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
> "
> file2 <- basename(url2)
>
> setInternet2(F) ### para baixar do ftp no RStudio Windows!
> if (!file.exists(file2)) download.file(url2, destfile=file2, mode='wb')
>
> sapply(c("raster", "R.utils"), require, char=T)
> r2 <- raster(gunzip(file2, remove=F, temp=T, over=T))
>
> Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
>
> Em 10 de abril de 2015 12:07, Luciano F. Sgarbi <
> luciano.f.sgarbi em gmail.com> escreveu:
>
>> Oi Jônatan.
>>
>> Muito obrigado pela solução...
>>
>> Agora a pouco eu tentei desempacotar os arquivos via terminal (linux) e
>> ele retornou a seguinte mensagem:
>>
>> aa em aa:~/temp$ unzip -tq \*.zip
>> [SRTM_fB01_n000w177.zip]
>> End-of-central-directory signature not found. Either this file is not
>> a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive. In the
>> latter case the central directory and zipfile comment will be found on
>> the last disk(s) of this archive.
>>
>> Assumindo que era um erro no formato de arquivo, eu cheguei até a
>> seguinte solução:
>>
>> url2<-"
>> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
>> "
>> file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
>> utils::download.file(url2,destfile=file2,mode='b',method='wget')
>> R.utils::gunzip(file2,paste(file2,'.tif',sep=''))
>> raster(paste(file2,'.tif',sep=''))
>>
>>
>> Mas se alguém tiver uma solução mais 'elegante', por favor, fique a
>> vontade!
>> Abraços
>>
>> Em 10 de abril de 2015 12:53, Jônatan <jdtatsch em gmail.com> escreveu:
>>
>>> Eu sugiro dar uma olhada em ?getData do pacote raster.
>>>
>>>
>>>
>>> url2<-"
>>> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
>>> "
>>>
>>> # file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
>>> file2 <- basename(url2)
>>>
>>> #
>>> utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
>>> utils::download.file(url2, destfile = file2, mode='b', method='wget')
>>>
>>>
>>> #r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep="")))
>>> ## unzip: Extract files from or list a *zip archive*.
>>>
>>> ## alternativa com gunzip
>>> cmd <- paste("gunzip", file2)
>>> system(cmd)
>>> r2 <- raster::raster(gsub("\\.gz", "", file2))
>>>
>>>
>>> 2015-04-10 11:05 GMT-03:00 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi em gmail.com
>>> >:
>>>
>>>> Bom dia pessoal.
>>>>
>>>> Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte
>>>> problema:
>>>>
>>>> Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em
>>>> uma pasta para posteriormente usá-los.
>>>>
>>>> O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo
>>>> (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não
>>>> consigo ler os arquivos de jeito nenhum.
>>>>
>>>> Qualquer ajuda sera super bem vinda..
>>>>
>>>> ###
>>>>
>>>> ##Inicio: Exemplo 1
>>>> require(raster)
>>>> url1<-"
>>>> ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip"
>>>> file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k
>>>>
>>>> utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
>>>>
>>>> r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep="")))
>>>> r1
>>>> ##Fim: Exemplo 1
>>>>
>>>> ##Aqui está o problema
>>>> ##Tentativa 1
>>>> url2<-"
>>>> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
>>>> "
>>>> file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
>>>>
>>>> utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
>>>>
>>>> r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep="")))
>>>> zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))
>>>>
>>>> ##Tentativa 2
>>>> temp<-tempfile()
>>>> utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget')
>>>> raster::raster(temp)
>>>> raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep=""))
>>>>
>>>> ###Informações do OS
>>>>
>>>> sysname
>>>> release
>>>> "Linux"
>>>> "3.2.0-39-generic-pae"
>>>> version
>>>> nodename
>>>> "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013"
>>>> "aa"
>>>> machine
>>>> login
>>>> "i686"
>>>> "unknown"
>>>> user
>>>> effective_user
>>>> "aa"
>>>> "aa"
>>>>
>>>> > sessionInfo()
>>>> R version 3.1.3 (2015-03-09)
>>>> Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
>>>> Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
>>>>
>>>> locale:
>>>> [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C
>>>> LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8
>>>> [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8
>>>> LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C
>>>> [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
>>>> LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
>>>>
>>>> attached base packages:
>>>> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
>>>>
>>>>
>>>> other attached packages:
>>>> [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31
>>>> sp_1.0-15 downloader_0.3
>>>>
>>>> loaded via a namespace (and not attached):
>>>> [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3
>>>>
>>>>
>>>> --
>>>>
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>>>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>*
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>>>> *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de
>>>> Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.*
>>>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
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>>> ## Professor do Departamento de Física
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