[R-br] Ler arquivo .zip
Éder Comunello
comunello.eder em gmail.com
Sexta Abril 10 14:54:43 BRT 2015
Luciano, boa tarde!
Acredito que a solução é essa mesmo. No seu primeiro email você estava
tratando o gzip como zip. Você poderia pensar em usar gzfile(), mas o
raster() não interpreta esse tipo de conexão.
Nos comandos abaixo, fiz opção por manter o arquivo .gz e não descompactar
o arquivo no diretório corrente.
url2 <- "
ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
"
file2 <- basename(url2)
setInternet2(F) ### para baixar do ftp no RStudio Windows!
if (!file.exists(file2)) download.file(url2, destfile=file2, mode='wb')
sapply(c("raster", "R.utils"), require, char=T)
r2 <- raster(gunzip(file2, remove=F, temp=T, over=T))
Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
Em 10 de abril de 2015 12:07, Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi em gmail.com>
escreveu:
> Oi Jônatan.
>
> Muito obrigado pela solução...
>
> Agora a pouco eu tentei desempacotar os arquivos via terminal (linux) e
> ele retornou a seguinte mensagem:
>
> aa em aa:~/temp$ unzip -tq \*.zip
> [SRTM_fB01_n000w177.zip]
> End-of-central-directory signature not found. Either this file is not
> a zipfile, or it constitutes one disk of a multi-part archive. In the
> latter case the central directory and zipfile comment will be found on
> the last disk(s) of this archive.
>
> Assumindo que era um erro no formato de arquivo, eu cheguei até a
> seguinte solução:
>
> url2<-"
> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
> "
> file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
> utils::download.file(url2,destfile=file2,mode='b',method='wget')
> R.utils::gunzip(file2,paste(file2,'.tif',sep=''))
> raster(paste(file2,'.tif',sep=''))
>
>
> Mas se alguém tiver uma solução mais 'elegante', por favor, fique a
> vontade!
> Abraços
>
> Em 10 de abril de 2015 12:53, Jônatan <jdtatsch em gmail.com> escreveu:
>
>> Eu sugiro dar uma olhada em ?getData do pacote raster.
>>
>>
>>
>> url2<-"
>> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
>> "
>>
>> # file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
>> file2 <- basename(url2)
>>
>> #
>> utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
>> utils::download.file(url2, destfile = file2, mode='b', method='wget')
>>
>>
>> #r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep="")))
>> ## unzip: Extract files from or list a *zip archive*.
>>
>> ## alternativa com gunzip
>> cmd <- paste("gunzip", file2)
>> system(cmd)
>> r2 <- raster::raster(gsub("\\.gz", "", file2))
>>
>>
>> 2015-04-10 11:05 GMT-03:00 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi em gmail.com>
>> :
>>
>>> Bom dia pessoal.
>>>
>>> Gostaria de saber se algum de vocês tem a solução para o seguinte
>>> problema:
>>>
>>> Estou baixando uns arquivos raster (pelo R) e gostaria de salva-los em
>>> uma pasta para posteriormente usá-los.
>>>
>>> O problema é que para um formato de arquivo e site eu estou conseguindo
>>> (Exemplo 1 no código abaixo), entretanto, para o outro conjunto eu não
>>> consigo ler os arquivos de jeito nenhum.
>>>
>>> Qualquer ajuda sera super bem vinda..
>>>
>>> ###
>>>
>>> ##Inicio: Exemplo 1
>>> require(raster)
>>> url1<-"
>>> ftp://srtm.csi.cgiar.org/SRTM_v41/SRTM_Data_ArcASCII/srtm_03_08.zip"
>>> file1<-'srtm_03_08'##Tamanho do arquivo: 395k
>>>
>>> utils::download.file(url1,destfile=paste(file1,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
>>>
>>> r1<-raster::raster(unzip(paste(file1,".zip",sep=""),paste(file1,".asc",sep="")))
>>> r1
>>> ##Fim: Exemplo 1
>>>
>>> ##Aqui está o problema
>>> ##Tentativa 1
>>> url2<-"
>>> ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/media/GLCF.TSM.B3-010.00.Finished_B-01sec-Degree-United_States/Degree_Tiles/n000/SRTM_fB01_n000w177/SRTM_fB01_n000w177.tif.gz
>>> "
>>> file2<-'SRTM_fB01_n000w177'##Tamanho do arquivo: 66k
>>>
>>> utils::download.file(url2,destfile=paste(file2,".zip",sep=""),mode='b',method='wget')
>>>
>>> r2<-raster::raster(unzip(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep="")))
>>> zip.file.extract(paste(file2,".zip",sep=""),paste(file2,".tif",sep=""))
>>>
>>> ##Tentativa 2
>>> temp<-tempfile()
>>> utils::download.file(url2,destfile=temp,mode='b',method='wget')
>>> raster::raster(temp)
>>> raster(paste(temp,'/',file2,".tif",sep=""))
>>>
>>> ###Informações do OS
>>>
>>> sysname
>>> release
>>> "Linux"
>>> "3.2.0-39-generic-pae"
>>> version
>>> nodename
>>> "#62-Ubuntu SMP Wed Feb 27 22:25:11 UTC 2013"
>>> "aa"
>>> machine
>>> login
>>> "i686"
>>> "unknown"
>>> user
>>> effective_user
>>> "aa"
>>> "aa"
>>>
>>> > sessionInfo()
>>> R version 3.1.3 (2015-03-09)
>>> Platform: i686-pc-linux-gnu (32-bit)
>>> Running under: Ubuntu precise (12.04.5 LTS)
>>>
>>> locale:
>>> [1] LC_CTYPE=pt_BR.UTF-8 LC_NUMERIC=C
>>> LC_TIME=pt_BR.UTF-8 LC_COLLATE=pt_BR.UTF-8
>>> [5] LC_MONETARY=pt_BR.UTF-8 LC_MESSAGES=pt_BR.UTF-8
>>> LC_PAPER=pt_BR.UTF-8 LC_NAME=C
>>> [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
>>> LC_MEASUREMENT=pt_BR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
>>>
>>> attached base packages:
>>> [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
>>>
>>> other attached packages:
>>> [1] RCurl_1.95-4.1 bitops_1.0-6 rgdal_0.9-2 raster_2.2-31
>>> sp_1.0-15 downloader_0.3
>>>
>>> loaded via a namespace (and not attached):
>>> [1] digest_0.6.4 grid_3.1.3 lattice_0.20-30 tools_3.1.3
>>>
>>>
>>> --
>>>
>>> *Luciano F. Sgarbi*
>>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>*
>>>
>>> *Laboratório de Ecologia Teórica e Síntese**Departamento de
>>> Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.*
>>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
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>>> código mínimo reproduzível.
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>> ## Jônatan Dupont Tatsch
>> ## Professor do Departamento de Física
>> ## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE)
>> ## Universidade Federal de Santa Maria
>> ## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil -
>> 97105-900
>> ## Telefone: +55(55)33012083
>> ## www.ufsm.br/meteorologia
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> Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas V.*
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