[R-br] Função kruskal do pacote agricolae

[Jose Claudio Faria]

Olá pessoal,

Pacote insuficientemente documentado é um prato cheio para muitas
dúvidas: basta ver o histórico de discussão em nosso grupos e no
R-help.

Uso muito pouco estatística livre de distribuição, mas como trabalho
(também) com análise de dados, acabei caindo em um caso onde um teste
de comparação múltiplas  livre de distribuição está sendo necessário.

Após estudar a teoria do teste Kruskal-Wallis pelo livro do Siegel
(final de semana chuvoso...), fui buscar (no R) pacotes que continha
sua implementação mais eleborada. Encontrei 2:
1- agricolae
2- pgirmess

pgirmess não instala (no debian) devido a ausência do pacote rgdal.
Adicionalmente, agricolae é mais conhecido ( o que poderia ajudar).

Então fui estudar a implementação do teste no pacote agricolae.
A primeira coisa que você observa é a insuficiência de documentação da
função kruskal.

Bom, então o jeito foi fazer um debug (ninguém merece) para ver suas entranhas.
Observei que ela calcula a média dos postos de cada grupo, entre
outras informações necessárias a posterior discriminação dos grupos, e
chama a função "order.group" para tal tarefa. "order.group" é também
insuficientemente documentada.

Fora a parte funcional da função "order.group", de útil se retira que
é usada nos testes: HSD, LSD, Kruskal-Wallis, Friedman ou Durbin.

A função "order.group" recebe o argumento "p.adj" da função kruskal. E
existem algumas opções: optei pela de bonferroni.

Não consegui (pelo debug) identificar qual teste a função
"order.group" usa. Vi uns posts antigos aqui na lista se referindo ao
teste paramétrico "t". É isto mesmo?

Bom, para socializar um pouco do que andei observando, o resultado do
teste não é fornecido na mesma escala da variável em questão, mas em
escala das médias dos postos de cada grupo.

Se aplico a correção de bonferroni os resultados (classificação dos
grupos) se assemelham bastante (em muitos casos idênticos) aos de uma
ANOVA seguido do teste de Tukey. Se não aplico a correção se
assemelham bastante (idem) aos do teste de Duncan. Fiz isso apenas
para ter uma noção da dif. mínima significativa em termos
comparativos.

Escrevi esta semana para o autor e mantenedor do pacote (Felipe de
Mendiburu) solicitando informações sobre qual teste a função
"order.group" mas ele ainda não respondeu.

Alguém conhece (com certeza) qual teste é usado na função "order.group"?
É realmente o teste "t" aplicado a média dos postos?
Não seria o de Mann-Whitney, ou outro?

Ab,
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Jose Claudio Faria
Estatistica
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