[R-br] função de interpolação
Jônatan
jdtatsch em gmail.com
Quinta Outubro 2 22:22:39 BRT 2014
Pelo que entendi, tu queres ter um peso interpolado para cada dia entre o
período de medidas de peso de cada animal?
dados3 <- droplevels(dados2)
## lista com dados divididos por animal
s <- split(x = dados3, f = dados3$Animal)
## looping para na série de cada animal
l <- lapply(s, function(x) {
# x <- s[[1]]
print(unique(as.character(x$Animal)))
x0 <- subset(x, sel = c("Data", "Animal", "Peso"))
## datas de referência, desde o primeiro dia ao último
com peso
dref <- data.frame(Data = seq(min(x$Data),
max(x$Data),
by = "days"))
## gera série de pesos com NAs para as datas sem medida
m <- merge(dref, x, all = T)
## repete o ID do animal
m$Animal <- sort(unique(m$Animal))
## interpola peso para cada dia do período entre a
1a e última medida
m$Peso_int <- approx(x = m$Data,
y = m$Peso,
xout = m$Data)$y
m
}# end fun
)# end lapply
res <- ldply(l)
2014-10-02 21:57 GMT-03:00 Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>:
> É o seguinte. Os dados que tenho são de pesagens de animais . Em geral
> estas pesagens são feitas a intervalos fixos (por exemplo a cada 15 dias).
> sendo assim para estimar os pesos diários entre duas pesagens eu pretendo
> interpolar 13 valores entre as medidas. Acontece que nestes dados nas
> pesagens não ocorreram em intervalos fixos e sendo assim para o animal 1
> por e xemplo para a pesagem na data 1 e pesagem na data 2 tenho intervalo
> de 13 dias, entre a pesagem na data 2 e pesagem na data 3 tenho 10 dias de
> intervalo e o mesmo ocorre para outros animais. Na função approx(x,y,n) é
> possível definir o número de valores interpolados no argumento n. O default
> é 50, ou seja ele interpola 50 dados entre dois pares (x1,y1) (x2,y2) e 50
> dados para os pares (x2,y2)(x3,y3). Acontece que se no intervalo deste
> último par de coodernada (ond x(i) é data) necessitar de 20 valores
> (intervalo de 20 dias) eu não tenho como controlar, pois será gerado 50
> dados. Por isso estou pensando em uma forma de ler o intervalo entre duas
> coordenadas (x,y) e fornecer este valor para o agumento n da função approx.
>
> Pois da forma como está sendo interpolado para alguns animais tenho de
> deletar valores enquanto em outros terei de adicionar mais.
>
> Att
>
> On 02-10-2014 19:47, Benilton Carvalho wrote:
>
> Oi Fernando, o problema é que não entendo o que é o valor de n que vc quer
> para cada caso. b
> On Oct 2, 2014 4:16 PM, "Fernando Souza" <nandodesouza em gmail.com> wrote:
>
>> Caro Benilton, tudo bem?
>> O código que você me passou fez exatamente o que eu queria, mas estou
>> tendo o seguinte problema.
>> Na função approx () eu determino o número de medidas fixas (n) entre
>> observações. No entanto eu tenho número de observações diferentes entre
>> animais e intervalo entre observações diferentes.
>> Por exemplo: Animal 1 possuo 4 pesagens intervaladas de 10 dias (ou seja
>> 40 observações) ,animal 2 tenho 3 pesagens intervaladas 15 dias (75
>> observações) etc... e sendo assim ao determinar um número fixo (n) p.ex
>> aprrox(x,y,n=15) eu terei 60 observações para o animal 1 (excedente de 10)
>> e 75 observações animais 2 (exato)
>>
>> Eu estou pensando em uma função que pudesse alterar o valor de n para
>> cada intervalo entre observações. Como é possível fazer isso
>>
>> dados2<-structure(list(Animal = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 8L,
>> 8L, 8L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 24L, 24L, 24L, 34L, 34L,
>> 34L, 37L, 37L, 37L, 37L, 37L, 37L), .Label = c("1", "12", "14",
>> "15", "17", "18", "19", "2", "21", "22", "23", "25", "26", "*27",
>> "28", "3", "30", "32", "34", "35", "37", "38", "39", "4", "40",
>> "41", "42", "43", "44", "46", "47", "48", "49", "5", "50", "53",
>> "7", "8", "9"), class = "factor"), Gest = c(140L, 140L, 140L,
>> 140L, 140L, 140L, 100L, 100L, 100L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L,
>> 130L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 140L, 140L, 140L, 140L,
>> 140L, 140L), Manej = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
>> 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
>> 2L), Data = structure(c(-715270, -715256, -715241, -715228, -715214,
>> -715193, -715270, -715256, -715235, -715270, -715256, -715241,
>> -715228, -715214, -715200, -715270, -715256, -715235, -715270,
>> -715256, -715235, -715270, -715256, -715241, -715228, -715214,
>> -715193), class = "Date"), IntervaloPeso = c(14L, 15L, 13L, 14L,
>> 21L, 0L, 14L, 21L, 0L, 14L, 15L, 13L, 14L, 14L, 0L, 14L, 21L,
>> 0L, 14L, 21L, 0L, 14L, 15L, 13L, 14L, 21L, 0L), Peso = c(37,
>> 38.2, 41, 42.9, 43, 49, 40, 41.8, 40.8, 38, 39.9, 41.9, 45.2,
>> 46.2, 51.8, 40, 40.9, 41.9, 32.3, 34.9, 35, 35.1, 36.5, 35.2,
>> 38.3, 38, 40.5)), .Names = c("Animal", "Gest", "Manej", "Data",
>> "IntervaloPeso", "Peso"), row.names = c(NA, 27L), class = "data.frame")
>>
>> library(plyr)
>> library(zoo)
>> intervalo<- ddply(dados2, .(Animal), summarise, intervalo = diff(Data))
>> #intervalo entre medidas
>> n_observacao<- as.vector(table(dados2$Animal)) #nunero de observações em
>> cada animal
>>
>> #----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
>> #isso é que esto tentando fazer ! mas não funciona
>> myf2<-function(mydf,intervalo){
>> + for(i in 1:length(intervalo$periodo)){
>> + approx(mydf$Data,mydf$Peso,n=intervalo$periodo[i])}
>> }
>> res <- dlply(dados2, .(Animal), myf2)
>>
>>
>> #-----------------------------------------------------------------------------------------------
>> Exemplo do Benilton, n fixo igual a 15
>>
>> myf <- function(mydf)
>> with(mydf, approx(Data, Peso,n= 15)) #esta funçao realiza a
>> interpolaçao agrupada por animal
>>
>> res <- dlply(dados2, .(Animal), myf)
>>
>>
>>
>> #------------------------------------Conversão da lista Res para
>> dataframe--------------------------------------------------------------------------------------
>>
>> df<-data.frame(Data=unlist(sapply(res, "[",
>> 1)),Peso=unlist(sapply(res,"[",2))) #remove os dados da lista e o converte
>> em data frame
>> ID<-row.names(df)#captura os nomes das linhas do data frame
>> df<-cbind(ID,df)#adiciona os nomes da linha como coluna de identificaçao
>> row.names(df)<-NULL#remove nome das linhas
>> df$Data<-as.Date(df$Data) #base de dados com formato de data corrigida
>> df$Animal<-factor(rep(unique(levels(dados2$Animal)),each=50))
>>
>> On 01-10-2014 15:50, Benilton Carvalho wrote:
>>
>> Oi Fernando,
>>
>> alguns comentarios antes.... Quando vc diz de interpolar, vc quer
>> "peso" como sendo sua variavel "Y" e "dia/data/etc" como eixo "X"...
>> correto?
>>
>> Se for este o caso, a sua chamada de 'approx' esta' incorreta... o "X"
>> e' o primeiro argumento... e o "Y" e' o segundo.
>>
>> Alem disso, no codigo abaixo, colocarei a interpolacao para funcionar
>> direto das datas... se isso vai fazer sentido (ou nao), deixo pra vc
>> "descobrir" (a dica e' que o R vai achar uma representacao numerica para
>> data e converte-la antes do ajuste... experimente um pouco e veja se e'
>> conveniente para o seu caso. Se nao for, crie a variavel adequada a priori).
>>
>> Usando o seu conjunto de dados de exemplo (colado abaixo apenas para
>> conveniencia):
>>
>> set.seed(20)
>> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),
>> Peso=rnorm(20,30,4),
>> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
>> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30),
>> 20),
>> day=1:20)
>>
>> Tudo o que vc precisa e' criar uma funcao que funcione num data.frame
>> de mesma estrutura que este acima.... Veja o codigo abaixo:
>>
>> myf <- function(mydf)
>> with(mydf, approx(data, Peso))
>>
>> Tudo o que a funcao 'myf' faz e' a interpolacao Peso x data num
>> data.frame generico chamado 'mydf'... Note que a funcao e' burra o
>> suficiente pra nao saber que existem animais diferentes... mas se vc
>> tivesse um data.frame para cada animal, isso funcionaria...
>>
>> Entao agora e' dividir os data.frames por animal e ter os resultados...
>> Para isso, eu gosto de usar o pacote 'plyr'... Como a entrada de dados e' a
>> partir de um data.frame (d) e a saida eu quero que seja numa lista (l),
>> entao vc usa o comando 'dlply'...
>>
>> library(plyr)
>> res <- dlply(dados, .(ANIMAL), myf)
>>
>> Por fim, o que isso faz e': pegar o seu data.frame completo, quebrar em
>> data.frames menores usando a variavel 'ANIMAL' e, em cada data.frame menor,
>> aplicar a funcao 'myf'.... Seu resultado 'res', e' uma lista... cada
>> elemento da lista e' um resultado do approx para cada animal...
>>
>> b
>>
>>
>> set.seed(20)
>> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),
>> Peso=rnorm(20,30,4),
>> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
>> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30),
>> 20),
>> day=1:20)
>> myf <- function(mydf)
>> with(mydf, approx(data, Peso))
>> library(plyr)
>> res <- dlply(dados, .(ANIMAL), myf)
>>
>>
>>
>> Em 1 de outubro de 2014 14:16, Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>
>> escreveu:
>>
>>> Caros amigos
>>>
>>> Estou necessitando faze a interpolação de algumas pesagens tomadas em
>>> diferentes animais. Eu preciso da interpolação feita para cada animal
>>> separadamente e o intervalo entre medidas não é fixo. Eu estou utilizando a
>>> função approx() no entanto devido ao número de animais utilizados fica
>>> muito dispendioso fazer fazer esta interpolação uma a uma. Por isso
>>> gostaria de uma função onde um pudesse automatizar este procedimento.
>>>
>>> set.seed(20)
>>> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),Peso=rnorm(20,30,4),
>>> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
>>> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30),20),day=1:20)
>>>
>>> Estou tentando fazer uma função que estime os pontos da interpolação
>>> agrupados por Animal . Entretanto tenho pouco conhecimento em programação
>>> para fazer isso. Tenho tentado fazer isso, sem muito sucesso.
>>> Alguém poderia me ajudar? Abraços
>>>
>>> aprendendo<-function(dados){
>>> niveis<-levels(dados$ANIMAL)
>>> dia<-diff(dados$data)
>>> for(i in min(niveis):max(niveis)){
>>>
>>> b<-
>>> approx(dados[dados$ANIMAL==as.numeric(i),]$Peso,dados[dados$ANIMAL==as.numeric(i),]$data),n=15)
>>> }
>>> return(b)
>>> }
>>> _______________________________________________
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>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
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## Jônatan Dupont Tatsch
## Professor do Departamento de Física
## Centro de Ciências Exatas e Naturais (CCNE)
## Universidade Federal de Santa Maria
## Faixa de Camobi, Prédio 13 - Campus UFSM - Santa Maria, RS, Brasil -
97105-900
## Telefone: +55(55)33012083
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