[R-br] função de interpolação
Fernando Souza
nandodesouza em gmail.com
Quinta Outubro 2 21:57:55 BRT 2014
É o seguinte. Os dados que tenho são de pesagens de animais . Em geral
estas pesagens são feitas a intervalos fixos (por exemplo a cada 15
dias). sendo assim para estimar os pesos diários entre duas pesagens eu
pretendo interpolar 13 valores entre as medidas. Acontece que nestes
dados nas pesagens não ocorreram em intervalos fixos e sendo assim para
o animal 1 por e xemplo para a pesagem na data 1 e pesagem na data 2
tenho intervalo de 13 dias, entre a pesagem na data 2 e pesagem na data
3 tenho 10 dias de intervalo e o mesmo ocorre para outros animais. Na
função approx(x,y,n) é possível definir o número de valores interpolados
no argumento n. O default é 50, ou seja ele interpola 50 dados entre
dois pares (x1,y1) (x2,y2) e 50 dados para os pares (x2,y2)(x3,y3).
Acontece que se no intervalo deste último par de coodernada (ond x(i) é
data) necessitar de 20 valores (intervalo de 20 dias) eu não tenho como
controlar, pois será gerado 50 dados. Por isso estou pensando em uma
forma de ler o intervalo entre duas coordenadas (x,y) e fornecer este
valor para o agumento n da função approx.
Pois da forma como está sendo interpolado para alguns animais tenho de
deletar valores enquanto em outros terei de adicionar mais.
Att
On 02-10-2014 19:47, Benilton Carvalho wrote:
>
> Oi Fernando, o problema é que não entendo o que é o valor de n que vc
> quer para cada caso. b
>
> On Oct 2, 2014 4:16 PM, "Fernando Souza" <nandodesouza em gmail.com
> <mailto:nandodesouza em gmail.com>> wrote:
>
> Caro Benilton, tudo bem?
> O código que você me passou fez exatamente o que eu queria, mas
> estou tendo o seguinte problema.
> Na função approx () eu determino o número de medidas fixas (n)
> entre observações. No entanto eu tenho número de observações
> diferentes entre animais e intervalo entre observações diferentes.
> Por exemplo: Animal 1 possuo 4 pesagens intervaladas de 10 dias
> (ou seja 40 observações) ,animal 2 tenho 3 pesagens intervaladas
> 15 dias (75 observações) etc... e sendo assim ao determinar um
> número fixo (n) p.ex aprrox(x,y,n=15) eu terei 60 observações para
> o animal 1 (excedente de 10) e 75 observações animais 2 (exato)
>
> Eu estou pensando em uma função que pudesse alterar o valor de n
> para cada intervalo entre observações. Como é possível fazer isso
>
> dados2<-structure(list(Animal = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
> 1L, 8L,
> 8L, 8L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 24L, 24L, 24L, 34L, 34L,
> 34L, 37L, 37L, 37L, 37L, 37L, 37L), .Label = c("1", "12", "14",
> "15", "17", "18", "19", "2", "21", "22", "23", "25", "26", "*27",
> "28", "3", "30", "32", "34", "35", "37", "38", "39", "4", "40",
> "41", "42", "43", "44", "46", "47", "48", "49", "5", "50", "53",
> "7", "8", "9"), class = "factor"), Gest = c(140L, 140L, 140L,
> 140L, 140L, 140L, 100L, 100L, 100L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L,
> 130L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 140L, 140L, 140L, 140L,
> 140L, 140L), Manej = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
> 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
> 2L), Data = structure(c(-715270, -715256, -715241, -715228, -715214,
> -715193, -715270, -715256, -715235, -715270, -715256, -715241,
> -715228, -715214, -715200, -715270, -715256, -715235, -715270,
> -715256, -715235, -715270, -715256, -715241, -715228, -715214,
> -715193), class = "Date"), IntervaloPeso = c(14L, 15L, 13L, 14L,
> 21L, 0L, 14L, 21L, 0L, 14L, 15L, 13L, 14L, 14L, 0L, 14L, 21L,
> 0L, 14L, 21L, 0L, 14L, 15L, 13L, 14L, 21L, 0L), Peso = c(37,
> 38.2, 41, 42.9, 43, 49, 40, 41.8, 40.8, 38, 39.9, 41.9, 45.2,
> 46.2, 51.8, 40, 40.9, 41.9, 32.3, 34.9, 35, 35.1, 36.5, 35.2,
> 38.3, 38, 40.5)), .Names = c("Animal", "Gest", "Manej", "Data",
> "IntervaloPeso", "Peso"), row.names = c(NA, 27L), class =
> "data.frame")
>
> library(plyr)
> library(zoo)
> intervalo<- ddply(dados2, .(Animal), summarise, intervalo =
> diff(Data)) #intervalo entre medidas
> n_observacao<- as.vector(table(dados2$Animal)) #nunero de
> observações em cada animal
> #----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
> #isso é que esto tentando fazer ! mas não funciona
> myf2<-function(mydf,intervalo){
> + for(i in 1:length(intervalo$periodo)){
> + approx(mydf$Data,mydf$Peso,n=intervalo$periodo[i])}
> }
> res <- dlply(dados2, .(Animal), myf2)
>
> #-----------------------------------------------------------------------------------------------
> Exemplo do Benilton, n fixo igual a 15
>
> myf <- function(mydf)
> with(mydf, approx(Data, Peso,n= 15)) #esta funçao realiza
> a interpolaçao agrupada por animal
>
> res <- dlply(dados2, .(Animal), myf)
>
>
>
> #------------------------------------Conversão da lista Res para
> dataframe--------------------------------------------------------------------------------------
>
> df<-data.frame(Data=unlist(sapply(res, "[",
> 1)),Peso=unlist(sapply(res,"[",2))) #remove os dados da lista e o
> converte em data frame
> ID<-row.names(df)#captura os nomes das linhas do data frame
> df<-cbind(ID,df)#adiciona os nomes da linha como coluna de
> identificaçao
> row.names(df)<-NULL#remove nome das linhas
> df$Data<-as.Date(df$Data) #base de dados com formato de data corrigida
> df$Animal<-factor(rep(unique(levels(dados2$Animal)),each=50))
>
> On 01-10-2014 15:50, Benilton Carvalho wrote:
>> Oi Fernando,
>>
>> alguns comentarios antes.... Quando vc diz de interpolar, vc quer
>> "peso" como sendo sua variavel "Y" e "dia/data/etc" como eixo
>> "X"... correto?
>>
>> Se for este o caso, a sua chamada de 'approx' esta' incorreta...
>> o "X" e' o primeiro argumento... e o "Y" e' o segundo.
>>
>> Alem disso, no codigo abaixo, colocarei a interpolacao para
>> funcionar direto das datas... se isso vai fazer sentido (ou nao),
>> deixo pra vc "descobrir" (a dica e' que o R vai achar uma
>> representacao numerica para data e converte-la antes do ajuste...
>> experimente um pouco e veja se e' conveniente para o seu caso. Se
>> nao for, crie a variavel adequada a priori).
>>
>> Usando o seu conjunto de dados de exemplo (colado abaixo apenas
>> para conveniencia):
>>
>> set.seed(20)
>> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),
>> Peso=rnorm(20,30,4),
>> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
>> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30), 20),
>> day=1:20)
>>
>> Tudo o que vc precisa e' criar uma funcao que funcione num
>> data.frame de mesma estrutura que este acima.... Veja o codigo
>> abaixo:
>>
>> myf <- function(mydf)
>> with(mydf, approx(data, Peso))
>>
>> Tudo o que a funcao 'myf' faz e' a interpolacao Peso x data num
>> data.frame generico chamado 'mydf'... Note que a funcao e' burra
>> o suficiente pra nao saber que existem animais diferentes... mas
>> se vc tivesse um data.frame para cada animal, isso funcionaria...
>>
>> Entao agora e' dividir os data.frames por animal e ter os
>> resultados... Para isso, eu gosto de usar o pacote 'plyr'... Como
>> a entrada de dados e' a partir de um data.frame (d) e a saida eu
>> quero que seja numa lista (l), entao vc usa o comando 'dlply'...
>>
>> library(plyr)
>> res <- dlply(dados, .(ANIMAL), myf)
>>
>> Por fim, o que isso faz e': pegar o seu data.frame completo,
>> quebrar em data.frames menores usando a variavel 'ANIMAL' e, em
>> cada data.frame menor, aplicar a funcao 'myf'.... Seu resultado
>> 'res', e' uma lista... cada elemento da lista e' um resultado do
>> approx para cada animal...
>>
>> b
>>
>>
>> set.seed(20)
>> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),
>> Peso=rnorm(20,30,4),
>> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
>> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30), 20),
>> day=1:20)
>> myf <- function(mydf)
>> with(mydf, approx(data, Peso))
>> library(plyr)
>> res <- dlply(dados, .(ANIMAL), myf)
>>
>>
>>
>> Em 1 de outubro de 2014 14:16, Fernando Souza
>> <nandodesouza em gmail.com <mailto:nandodesouza em gmail.com>> escreveu:
>>
>> Caros amigos
>>
>> Estou necessitando faze a interpolação de algumas pesagens
>> tomadas em diferentes animais. Eu preciso da interpolação
>> feita para cada animal separadamente e o intervalo entre
>> medidas não é fixo. Eu estou utilizando a função approx() no
>> entanto devido ao número de animais utilizados fica muito
>> dispendioso fazer fazer esta interpolação uma a uma. Por
>> isso gostaria de uma função onde um pudesse automatizar este
>> procedimento.
>>
>> set.seed(20)
>> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),Peso=rnorm(20,30,4),
>> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
>> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30),20),day=1:20)
>>
>> Estou tentando fazer uma função que estime os pontos da
>> interpolação agrupados por Animal . Entretanto tenho pouco
>> conhecimento em programação para fazer isso. Tenho tentado
>> fazer isso, sem muito sucesso.
>> Alguém poderia me ajudar? Abraços
>>
>> aprendendo<-function(dados){
>> niveis<-levels(dados$ANIMAL)
>> dia<-diff(dados$data)
>> for(i in min(niveis):max(niveis)){
>>
>> b<-
>> approx(dados[dados$ANIMAL==as.numeric(i),]$Peso,dados[dados$ANIMAL==as.numeric(i),]$data),n=15)
>> }
>> return(b)
>> }
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>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e
>> forneça código mínimo reproduzível.
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