[R-br] função de interpolação
Fernando Souza
nandodesouza em gmail.com
Quinta Outubro 2 16:15:45 BRT 2014
Caro Benilton, tudo bem?
O código que você me passou fez exatamente o que eu queria, mas estou
tendo o seguinte problema.
Na função approx () eu determino o número de medidas fixas (n) entre
observações. No entanto eu tenho número de observações diferentes entre
animais e intervalo entre observações diferentes.
Por exemplo: Animal 1 possuo 4 pesagens intervaladas de 10 dias (ou seja
40 observações) ,animal 2 tenho 3 pesagens intervaladas 15 dias (75
observações) etc... e sendo assim ao determinar um número fixo (n) p.ex
aprrox(x,y,n=15) eu terei 60 observações para o animal 1 (excedente de
10) e 75 observações animais 2 (exato)
Eu estou pensando em uma função que pudesse alterar o valor de n para
cada intervalo entre observações. Como é possível fazer isso
dados2<-structure(list(Animal = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 8L,
8L, 8L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 24L, 24L, 24L, 34L, 34L,
34L, 37L, 37L, 37L, 37L, 37L, 37L), .Label = c("1", "12", "14",
"15", "17", "18", "19", "2", "21", "22", "23", "25", "26", "*27",
"28", "3", "30", "32", "34", "35", "37", "38", "39", "4", "40",
"41", "42", "43", "44", "46", "47", "48", "49", "5", "50", "53",
"7", "8", "9"), class = "factor"), Gest = c(140L, 140L, 140L,
140L, 140L, 140L, 100L, 100L, 100L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L,
130L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 100L, 140L, 140L, 140L, 140L,
140L, 140L), Manej = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L), Data = structure(c(-715270, -715256, -715241, -715228, -715214,
-715193, -715270, -715256, -715235, -715270, -715256, -715241,
-715228, -715214, -715200, -715270, -715256, -715235, -715270,
-715256, -715235, -715270, -715256, -715241, -715228, -715214,
-715193), class = "Date"), IntervaloPeso = c(14L, 15L, 13L, 14L,
21L, 0L, 14L, 21L, 0L, 14L, 15L, 13L, 14L, 14L, 0L, 14L, 21L,
0L, 14L, 21L, 0L, 14L, 15L, 13L, 14L, 21L, 0L), Peso = c(37,
38.2, 41, 42.9, 43, 49, 40, 41.8, 40.8, 38, 39.9, 41.9, 45.2,
46.2, 51.8, 40, 40.9, 41.9, 32.3, 34.9, 35, 35.1, 36.5, 35.2,
38.3, 38, 40.5)), .Names = c("Animal", "Gest", "Manej", "Data",
"IntervaloPeso", "Peso"), row.names = c(NA, 27L), class = "data.frame")
library(plyr)
library(zoo)
intervalo<- ddply(dados2, .(Animal), summarise, intervalo = diff(Data))
#intervalo entre medidas
n_observacao<- as.vector(table(dados2$Animal)) #nunero de observações em
cada animal
#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
#isso é que esto tentando fazer ! mas não funciona
myf2<-function(mydf,intervalo){
+ for(i in 1:length(intervalo$periodo)){
+ approx(mydf$Data,mydf$Peso,n=intervalo$periodo[i])}
}
res <- dlply(dados2, .(Animal), myf2)
#-----------------------------------------------------------------------------------------------
Exemplo do Benilton, n fixo igual a 15
myf <- function(mydf)
with(mydf, approx(Data, Peso,n= 15)) #esta funçao realiza a
interpolaçao agrupada por animal
res <- dlply(dados2, .(Animal), myf)
#------------------------------------Conversão da lista Res para
dataframe--------------------------------------------------------------------------------------
df<-data.frame(Data=unlist(sapply(res, "[",
1)),Peso=unlist(sapply(res,"[",2))) #remove os dados da lista e o
converte em data frame
ID<-row.names(df)#captura os nomes das linhas do data frame
df<-cbind(ID,df)#adiciona os nomes da linha como coluna de identificaçao
row.names(df)<-NULL#remove nome das linhas
df$Data<-as.Date(df$Data) #base de dados com formato de data corrigida
df$Animal<-factor(rep(unique(levels(dados2$Animal)),each=50))
On 01-10-2014 15:50, Benilton Carvalho wrote:
> Oi Fernando,
>
> alguns comentarios antes.... Quando vc diz de interpolar, vc quer
> "peso" como sendo sua variavel "Y" e "dia/data/etc" como eixo "X"...
> correto?
>
> Se for este o caso, a sua chamada de 'approx' esta' incorreta... o "X"
> e' o primeiro argumento... e o "Y" e' o segundo.
>
> Alem disso, no codigo abaixo, colocarei a interpolacao para funcionar
> direto das datas... se isso vai fazer sentido (ou nao), deixo pra vc
> "descobrir" (a dica e' que o R vai achar uma representacao numerica
> para data e converte-la antes do ajuste... experimente um pouco e veja
> se e' conveniente para o seu caso. Se nao for, crie a variavel
> adequada a priori).
>
> Usando o seu conjunto de dados de exemplo (colado abaixo apenas para
> conveniencia):
>
> set.seed(20)
> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),
> Peso=rnorm(20,30,4),
> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30), 20),
> day=1:20)
>
> Tudo o que vc precisa e' criar uma funcao que funcione num data.frame
> de mesma estrutura que este acima.... Veja o codigo abaixo:
>
> myf <- function(mydf)
> with(mydf, approx(data, Peso))
>
> Tudo o que a funcao 'myf' faz e' a interpolacao Peso x data num
> data.frame generico chamado 'mydf'... Note que a funcao e' burra o
> suficiente pra nao saber que existem animais diferentes... mas se vc
> tivesse um data.frame para cada animal, isso funcionaria...
>
> Entao agora e' dividir os data.frames por animal e ter os
> resultados... Para isso, eu gosto de usar o pacote 'plyr'... Como a
> entrada de dados e' a partir de um data.frame (d) e a saida eu quero
> que seja numa lista (l), entao vc usa o comando 'dlply'...
>
> library(plyr)
> res <- dlply(dados, .(ANIMAL), myf)
>
> Por fim, o que isso faz e': pegar o seu data.frame completo, quebrar
> em data.frames menores usando a variavel 'ANIMAL' e, em cada
> data.frame menor, aplicar a funcao 'myf'.... Seu resultado 'res', e'
> uma lista... cada elemento da lista e' um resultado do approx para
> cada animal...
>
> b
>
>
> set.seed(20)
> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),
> Peso=rnorm(20,30,4),
> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30), 20),
> day=1:20)
> myf <- function(mydf)
> with(mydf, approx(data, Peso))
> library(plyr)
> res <- dlply(dados, .(ANIMAL), myf)
>
>
>
> Em 1 de outubro de 2014 14:16, Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com
> <mailto:nandodesouza em gmail.com>> escreveu:
>
> Caros amigos
>
> Estou necessitando faze a interpolação de algumas pesagens tomadas
> em diferentes animais. Eu preciso da interpolação feita para cada
> animal separadamente e o intervalo entre medidas não é fixo. Eu
> estou utilizando a função approx() no entanto devido ao número de
> animais utilizados fica muito dispendioso fazer fazer esta
> interpolação uma a uma. Por isso gostaria de uma função onde um
> pudesse automatizar este procedimento.
>
> set.seed(20)
> dados<-data.frame(ANIMAL=factor(rep(1:5,each=4)),Peso=rnorm(20,30,4),
> data=sample(seq(as.Date("01/04/2009",'%d/%m/%Y'),
> as.Date("30/04/2009",'%d/%m/%Y'),length.out=30),20),day=1:20)
>
> Estou tentando fazer uma função que estime os pontos da
> interpolação agrupados por Animal . Entretanto tenho pouco
> conhecimento em programação para fazer isso. Tenho tentado fazer
> isso, sem muito sucesso.
> Alguém poderia me ajudar? Abraços
>
> aprendendo<-function(dados){
> niveis<-levels(dados$ANIMAL)
> dia<-diff(dados$data)
> for(i in min(niveis):max(niveis)){
>
> b<-
> approx(dados[dados$ANIMAL==as.numeric(i),]$Peso,dados[dados$ANIMAL==as.numeric(i),]$data),n=15)
> }
> return(b)
> }
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