[R-br] Digest R-br, volume 39, assunto 21
Marcos Batista
mrdbatista em gmail.com
Sexta Março 21 16:27:19 BRT 2014
Prezados,
sou biólogo e um dos objetivos da minha pesquisa é examinar os efeitos da
heterogeneidade do ambiente na variabilidade genética. Para isso, eu
estimei a distância genética, geodésica e ecológica e usei uma função do R
- http://datadryad.org/resource/doi:10.5061/dryad.kt71r/1 - para testar a
regressão múltipla dessas matrizes.
O script para realizar o teste eu consegui fazer, entretanto, não encontrei
uma função para fazer o gráfico da regressão linear sobre meus dados. O
único gráfico que consigo fazer é entre duas variáveis é usando a função
splom (matriz1, matriz2, lm=TRUE) e obtive uma resposta de erro (lm object
not found). Mas, o que eu queria era fazer um gráfico de uma matriz1 x
matriz2+matriz3.
Alguém tem uma sugestão de função que eu possa usar?
Agradeço a todos desde já.
Cordialmente,
Marcos Batista
Marcos Roberto Dias Batista
Departamento de Genética, Evolução e Bioagentes
Instituto de Biologia, Unicamp
Caixa Postal 6109, Campinas, São Paulo
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> 3. Iteração com optim (jborssoi .)
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> 10. Re: Grárico de controle (Edson Lira)
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>
> Message: 1
> Date: Fri, 21 Mar 2014 07:17:25 -0400
> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Calendário do pacote googleVis
> Message-ID:
> <CABmC8gnNgPU2mWLFczTUrWYsqOf2A9OjKv5dpF7UnNM=
> aTie6A em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Olá, pessoal! Bom dia!
>
> Tudo indica que o problema está na API do Google e não propriamente no R. O
> link que segue relata o mesmo problema numa aplicação fora do R, feita
> também por um brasileiro, reforçando que o problema está ligado ao
> 'Brazilian
> Portuguese'.
>
>
> https://code.google.com/p/google-visualization-api-issues/issues/detail?id=1477
>
> Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/a91fe90a/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Fri, 21 Mar 2014 05:47:41 -0700 (PDT)
> From: Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br>
> To: "ecomunel em gmail.com" <ecomunel em gmail.com>,
> "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Grárico de controle
> Message-ID:
> <1395406061.56210.YahooMailNeo em web160103.mail.bf1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários
> grupos.
>
> Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um
> único ponto no gráfico.
>
>
> [ ]'s.
>
> Edson Lira
> Estatístico
> Manaus-Amazonas
>
>
>
> Em Terça-feira, 18 de Março de 2014 12:52, Éder Comunello <
> comunello.eder em gmail.com> escreveu:
>
> Edson, boa tarde!
>
> Não sei se irá lhe atender, mas tentei alguma coisa com os dados de
> exemplo que você havia enviado (n=300).
>
> ### <code r>
> ### restaurando dados de exemplo!
> dat <-
>
> data.frame(tempo=c(30.48,32.17,32.32,32.68,33.42,34.1,34.33,35.12,35.95,36.18,36.73,36.75,36.78,37.05,37.18,38.1,38.4,40.05,40.62,40.87,41.33,41.38,41.5,41.63,43.38,43.65,43.85,43.88,44.37,45.67,45.73,46.17,46.5,46.75,47.17,47.55,47.63,47.65,49.62,49.85,49.98,50.65,51.15,51.67,51.7,51.97,53.12,53.23,53.77,54.08,54.18,54.32,54.65,54.98,55.55,56.47,58.13,58.65,58.93,59.2,59.67,59.92,60.08,60.28,60.63,60.93,61.78,62.58,63.42,63.93,64.13,65.12,66.02,66.55,67.23,67.85,71.32,73.03,73.68,75.1,75.52,79.75,79.93,80.88,81.23,91.85,103.73,109.27,115.65,123.63,131.88,173.28,30.68,31.68,32.1,33.12,33.25,33.48,34.5,35.15,35.52,35.87,36.52,36.63,36.75,39.32,40.37,41.4,41.57,41.57,41.78,43.85,44.05,44.97,45.47,45.93,47.03,47.1,47.35,47.63,48.3,48.38,48.62,48.85,48.88,49,49.87,50.65,50.73,51.07,51.42,51.8,52.08,52.72,52.83,53.23,53.32,53.57,53.68,54,54.12,54.23,54.28,54.5,55.13,55.32,55.65,55.85,56.02,56.15,56.43,56.45,56.58,56.58,57.22,57.77,57.78,58.17,58.43,58.57,58
> .58,59.38,59.8,59.87,60.18,60.67,61.35,61.42,61.6,62.07,62.18,62.42,63.07,63.93,64.57,65.2,65.33,65.78,65.8,66.38,66.55,66.78,67.07,67.43,67.57,68.28,68.3,68.32,68.43,68.68,68.82,69,69.55,70.22,70.58,71.42,71.6,72.13,72.17,72.55,72.57,72.67,72.7,72.8,72.8,73.38,73.38,73.67,74.28,75.05,75.4,75.53,75.75,76.6,77.75,78.22,78.42,78.47,78.63,79.27,79.58,79.78,80.18,81.53,81.78,82.17,84.87,85.07,85.2,85.77,86.37,87.25,88.78,88.93,88.98,89.68,91,92.62,93.5,93.83,95.12,97.1,97.23,97.77,98.83,101.47,107.87,108.17,109.07,112.25,112.58,113.53,113.75,119.48,121.32,132.88,139.73,31.95,32.4,35.2,35.35,36.62,36.88,37.62,38.65,39.68,40.05,41.25,41.28,42,42.03,42.23,42.63,42.67,43.02,43.32,43.32,44.23,44.27,44.7,45.08,46.42,48.17,48.25,49.55,50.13,50.85,50.97,51.85,52.28,52.85,52.9,53.13,54.23,54.98,55.45,56.28,56.53,57.33,57.75),
> dia_doa=rep(c(1:3), c(92,165,43)))
>
> table(dat$dia_doa)
>
> ### (r)andom (Pos)itions (dentro de cada dia)
> {set.seed(765); rPos <- unlist(sapply(unique(dat$dia_doa), function(x)
> sample(which(dat$dia_doa==x))))}
>
> ### set.seed() é pra controle do CMR, considere removê-lo
>
> rDat <- dat[rPos,]; head(rDat)
> rDat$dia_doa ### observe que não muda ordem dos dias!
>
> dN <- unique(table(dat$dia_doa)) ### dados em cada dia!
> grp <- NULL; for (n in dN) grp <- c(grp, rep(1:ceiling(n/5), each=5,
> len=n)) ### grupos dentro de dias
>
> DAT <- cbind(rDat, grp); row.names(DAT) <- NULL; head(DAT)
> DAT$id <- DAT$dia_doa*1000+DAT$grp ### cria um id/label único para grupos!
>
> ### Caso deseje remover dados/grupos incompletos...
> grp.i <- names(table(DAT$id))[table(DAT$id)<5];grp.i ### grupos
> incompletos
> dat.i <- unlist(sapply(grp.i, function(x) which(DAT$id==x))); dat.i ###
> dados pertencentes a grupos incompletos
>
> DAT[dat.i,] ### linhas dos grupos incompletos
> DATCompl <- DAT[-dat.i,] ### só grupos completos
> table(DATCompl$dia_doa)
> table(DATCompl$id)
>
> ###
>
> require(qcc)
> qcc(qcc.groups(DAT$tempo, DAT$id)) ### todos
> qcc(qcc.groups(DATCompl$tempo, DATCompl$id)) ### somente completos
> ### </code>
>
>
>
>
> Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/451376a0/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Fri, 21 Mar 2014 10:26:15 -0300
> From: "jborssoi ." <joelmirb em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: [R-br] Iteração com optim
> Message-ID:
> <
> CAEFzrQsPbZ_DxKqC5w3iSYP7851UZaqqCdTUUikwBTnVeSShPA em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Caros,
> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando
> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o
> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo
> anterior?
>
> Grato pela ajuda
> Joelmir
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/85bdad8e/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 4
> Date: Fri, 21 Mar 2014 09:55:59 -0400
> From: Diogo Ferrari <diogoferrari em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Iteração com optim
> Message-ID:
> <
> CAEvjS8Lwo0C5DuQUisvNfATUJ6Zy3Qcao_pa_UxM5jA5G_2eDg em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz exatamente
> isso automaticamente.
> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb em gmail.com> wrote:
>
> > Caros,
> > tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando
> > a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o
> > chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no passo
> > anterior?
> >
> > Grato pela ajuda
> > Joelmir
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
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> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/7fdd0eb1/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 5
> Date: Fri, 21 Mar 2014 10:09:24 -0400
> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>, Edson Lira
> <edinhoestat em yahoo.com.br>
> Subject: Re: [R-br] Grárico de controle
> Message-ID:
> <
> CABmC8gkK_HxJ7wGUqsUhounM84TPkQgzd6ZHcA7O0VyPWPzqAA em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Edson, bom dia!
>
> Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar
> praticamente todo o código anteriormente enviado.
>
> Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize:
>
> ### qcc.groups(data, sample)
> qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa)
> qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa))
>
> Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos.
>
> Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
>
>
> Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br
> >escreveu:
>
> > Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários
> > grupos.
> >
> > Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um
> > único ponto no gráfico.
> >
> >
> > [ ]'s.
> > Edson Lira
> > Estatístico
> > Manaus-Amazonas
> >
> >
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> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/8124fe7c/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 6
> Date: Fri, 21 Mar 2014 11:15:50 -0300
> From: "walmes ." <walmeszeviani em gmail.com>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Iteração com optim
> Message-ID:
> <CAFU=
> EkZMw34AABsMzb9r8Ey5KkbZi6rg1UFgpmBcc0u03wfzUA em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Faça com um laço for por exemplo
>
> chute <- ...
> for(...){
> op <- optim(chute, ...)
> chute <- op$par
> }
>
> À disposição.
> Walmes.
>
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> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140321/d078d6db/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 7
> Date: Fri, 21 Mar 2014 15:16:27 +0100
> From: Wagner Bonat <wbonat em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Iteração com optim
> Message-ID:
> <CANt=
> 4MhG-eB4uOTxSCzmJrdm1aEbpmXa3LF6ax3c_OsaDAfgdw em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados
> diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao consegui
> entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ??
>
>
> Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari em gmail.com
> >escreveu:
>
> > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz
> exatamente
> > isso automaticamente.
> > On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb em gmail.com> wrote:
> >
> >> Caros,
> >> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando
> >> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com o
> >> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no
> passo
> >> anterior?
> >>
> >> Grato pela ajuda
> >> Joelmir
> >>
> >> _______________________________________________
> >> R-br mailing list
> >> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> código mínimo reproduzível.
> >>
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
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> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
>
>
>
> --
> Wagner Hugo Bonat
> LEG - Laboratório de Estatística e Geoinformação
> UFPR - Universidade Federal do Paraná
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 8
> Date: Fri, 21 Mar 2014 11:23:04 -0300
> From: "jborssoi ." <joelmirb em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Iteração com optim
> Message-ID:
> <
> CAEFzrQuNS+oj9FmamJJkmUtp9zp8rYhHXknMdawxnxcmRE151A em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Olá Wagner,
> é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de
> parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por diante)
> o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por
> diante).
> Imagino algo do tipo:
> for(i in 1:J){
> maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS",
> control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)],
> Z=Zi, sigma.e=1)
> }
>
> mas não sei como fazer para que o optim atualize "par".
>
> abraço
>
>
> Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat em gmail.com> escreveu:
>
> > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados
> > diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao
> consegui
> > entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ??
> >
> >
> > Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari em gmail.com
> >escreveu:
> >
> > Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz
> exatamente
> >> isso automaticamente.
> >> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb em gmail.com> wrote:
> >>
> >>> Caros,
> >>> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando
> >>> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor com
> o
> >>> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no
> passo
> >>> anterior?
> >>>
> >>> Grato pela ajuda
> >>> Joelmir
> >>>
> >>> _______________________________________________
> >>> R-br mailing list
> >>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >>> código mínimo reproduzível.
> >>>
> >>
> >> _______________________________________________
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>
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> Message: 9
> Date: Fri, 21 Mar 2014 15:36:43 +0100
> From: Wagner Bonat <wbonat em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Iteração com optim
> Message-ID:
> <CANt=
> 4Mh5gG2QAodJvBDv+3R9vZs3_wf+qRnGZ9Bo0iV-NjjYhw em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Talvez isso ajude !
>
> ll <- function(mu,x){-sum(dnorm(x,mean=mu, sd=1,log=TRUE))}
> ll(mu = 0, x = rnorm(10))
> dados <- matrix(rnorm(1000), ncol=100, nrow=10)
> saida <- list()
> saida[1][[1]] <- optim(par= 0, f = ll, x = dados[,1], method="Brent", upper
> = 10, lower = -10)
> saida[1][[1]]$par
> for(i in 2:100){
> print(saida[c(i-1)][[1]]$par)
> saida[i][[1]] <- optim(par= saida[c(i-1)][[1]]$par, f = ll, x =
> dados[,i], method="Brent", upper = 10, lower = -10)
> }
>
>
>
> Em 21 de março de 2014 15:23, jborssoi . <joelmirb em gmail.com> escreveu:
>
> > Olá Wagner,
> > é isso... tenho 100 conjuntos de dados. Eu preciso maximizar o vetor de
> > parâmetros para a primeira amostra. Já para a segunda (e assim por
> diante)
> > o optim deve utilizar o vetor obtido para a primeira amostra (e assim por
> > diante).
> > Imagino algo do tipo:
> > for(i in 1:J){
> > maxL.rep <- optim(par=???, fn, gr, method="BFGS",
> > control=list(fnscale=-1,maxit=1000),y=W1$y[,i], u=W1$u[,i], X=d[,c(1,2)],
> > Z=Zi, sigma.e=1)
> > }
> >
> > mas não sei como fazer para que o optim atualize "par".
> >
> > abraço
> >
> >
> > Em 21 de março de 2014 11:16, Wagner Bonat <wbonat em gmail.com> escreveu:
> >
> > O que vc quer dizer com 100 amostras ?? Vc tem 100 conjuntos de dados
> >> diferentes e quer estimar para cada um determinado modelo ... Nao
> consegui
> >> entender ... Que metodo vc quer usar para inferencia ??
> >>
> >>
> >> Em 21 de março de 2014 14:55, Diogo Ferrari <diogoferrari em gmail.com
> >escreveu:
> >>
> >> Nao sei se compreendi bem sua questao, mas acredito q optim faz
> >>> exatamente isso automaticamente.
> >>> On Mar 21, 2014 9:26 AM, "jborssoi ." <joelmirb em gmail.com> wrote:
> >>>
> >>>> Caros,
> >>>> tenho 100 amostras e preciso fazer a estimação de parâmetros usando
> >>>> a função optim. Como faço para que, a cada nova estimação, o vetor
> com o
> >>>> chute inicial ("par") seja atualizado com as estimativas obtidas no
> passo
> >>>> anterior?
> >>>>
> >>>> Grato pela ajuda
> >>>> Joelmir
> >>>>
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 10
> Date: Fri, 21 Mar 2014 07:57:30 -0700 (PDT)
> From: Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br>
> To: "ecomunel em gmail.com" <ecomunel em gmail.com>,
> "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Grárico de controle
> Message-ID:
> <1395413850.17732.YahooMailNeo em web160101.mail.bf1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Era isso mesmo que precisava.
>
> Agora tenho as seguintes perguntas:
>
> Como faço para fixar os limites em 2 sigmas, usando o comando que vi no
> help não funcionou, não sei por que.
> Quando uso size ele fixa, mas não me permite mexer no nsigma. tem algo que
> não estou sabendo fazer.
>
> Veja se você consegue alguma sugestão.
>
> Muito obrigado pela sua atenção Eder.
>
>
> [ ]'s.
>
> Edson Lira
> Estatístico
> Manaus-Amazonas
>
>
>
> Em Sexta-feira, 21 de Março de 2014 10:09, Éder Comunello <
> comunello.eder em gmail.com> escreveu:
>
> Edson, bom dia!
>
> Um ponto por dia simplifica bastante o procedimento e você pode dispensar
> praticamente todo o código anteriormente enviado.
>
> Tendo criado (ou restaurado) o objeto de dados 'dat', utilize:
>
> ### qcc.groups(data, sample)
> qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa)
> qcc(qcc.groups(dat$tempo, dat$dia_doa))
>
> Reforçando que serão amostras de tamanhos distintos.
>
>
> Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
>
>
>
> Em 21 de março de 2014 08:47, Edson Lira <edinhoestat em yahoo.com.br>
> escreveu:
>
> Eder, muito obrigado, ajudou muito, vi que tenho no mesmo dia vários
> grupos.
> >
> >Como faço para ter um único resultado por dia? Ou seja, para cada dia um
> único ponto no gráfico.
> >
> >
> >
> >
> >[ ]'s.
> >
> >Edson Lira
> >Estatístico
> >Manaus-Amazonas
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> Fim da Digest R-br, volume 39, assunto 21
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