[R-br] Predição lenta - Interpolação Kriging

Thiago Cesar Lima Silveira thiagoclsilveira em yahoo.com.br
Terça Junho 17 09:22:26 BRT 2014



Bom dia pessoal,
Espero que possam me ajudar.

Entro em contato para pedir uma ajuda em uma interpolação que estou tentando fazer. 
Já usei o mesmos comandos abaixo para realizar interpolações de variáveis de um lago por ordinary kriging com 240 pontos, sem problemas.

Agora estou tentando interpolar a batimetria do lago, para tanto criei pontos no limite do lago com valor zero,  cerca de 1200 pontos. 
Usando a mesma metodologia, a predição “predict( )" para o grid passa de 3 horas e não tive paciência para esperar mais, visto que as outras vezes que usei a predição para o grid demorou cerca de 2 minutos para 240 pontos interpolados.
Imagino que a quantidade de pontos seja o problema.

Alguém teria alguma sugestão de caminho que tivesse menos custo computacional, pois acho que a quantidade de pontos seja o problema.

Agradeço desde já a atenção.

Segue abaixo os comandos utilizados:

>library(geoR)
>library(raster)
>library(gstat)
>library(rgdal)
>interpol_pcsand<-data_interpol[,c(1,2,6)]

>coordinates(interpol_pcsand)<- ~long+lat

#setting the CRS for the geospatial data, same as the mask and grid 
>projection(interpol_pcsand)<-'+proj=utm +zone=22 +south +ellps=aust_SA +units=m +no_defs '

#search for duplicated coords
>dup.coords(interpol_pcsand$coords)

#Creating  a gstat object
>g_pcsand <- gstat(id="pcsand", formula=pcsand ~ 1, data=interpol_pcsand)

# variogram with eye ball fitting
> v.eye_sand <- eyefit(variog(as.geodata(interpol_pcsand["pcsand"]), max.dist = 20000))

#saving a readable file for gstat
>ve.fit <- as.vgm.variomodel(v.eye[[1]])

#updating the gstat object
>g_pcsand <- gstat(g_pcsand, id="pcsand", model=ve.fit_pcsand )

#predicting to new data
# grid4 diemensions - 
#features    : 1630464 
#extent      : 468333.3, 499983.3, 6634933, 6681223  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. : +proj=utm +zone=22 +south +ellps=aust_SA +units=m +no_defs 
>p_pcsand <- predict(g_pcsand, model=ve.fit_pcsand , newdata=grid4) 

#write a raster with the interpolated matrix
rasterpcsand_pred <- rasterFromXYZ(as.data.frame(p_pcsand)[, c("x", "y", "data.pred")])

#Create raster tif file

>writeRaster(raster, filename="raster.tif", overwrite=TRUE)


_________________________________
Thiago Cesar Lima Silveira
PhD candidate - Zoology PUCRS - Brazil
Visitor PhD. student - School of Ocean Sciences -  Bangor University
Building Westbury Mouth
Room Nautilus 327
Menai Bridge - Isle of Anglesey - UK
Telephone.: 07843 115244
e-mail: thiago.cesar em acad.pucrs.br
CV: http://lattes.cnpq.br/5960267776845701


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