[R-br] Análise de agrupamento

[Marcos Vital]

Natália, é possível que o problema seja a métrica que você está utilizando.
Aparece um erro quando você calcula a matriz de distância usando Bray
Curtis? É isso? Ou é alguma outra coisa?

Não sei se o coeficiente de Bray Curtis aceita linhas com zeros. Acredito
que não aceite, pois acho que uma linha de zeros não deva fazer muito
sentido nesta métrica. Normalmente usamos Bray Curtis para comparar
comunidades biológicas de acordo com sua similaridade de composição e
abundâncias de espécies (algo como a "estrutura" da comunidade), e neste
contexto uma linha só de zeros não dá informações úteis para compreendermos
as relações de similaridade.

Se for isto mesmo, a questão aqui é encontrar uma métrica que possa
responder a sua pergunta. Aliás, este é um ponto crucial: qual a sua
pergunta? Por que os zeros importam?

Dependendo da situação você pode até criar uma métrica própria usando a
função designdist, também do pacote vegan.

Se precisar de uma boa literatura sobre estas medidas, sugiro começar pelo
Numerical Ecology (Legendre & Legendre).

Abraços

Marcos
-- 
Marcos Vinícius Carneiro Vital
Universidade Federal de Alagoas
Instituto de Ciências Biológicas e da Saúde
Setor de Biodiversidade e Ecologia
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