[R-br] Enc: Dúvida Análise de agrupamento

[Nathalia Sousa]

Oie David e todos do grupo



Esses são os dados que eu tenho, com as espécies e a abundância de cada uma de acordo com o registro.

> dat.alim[c(1:10),c(1:5)]

Reg  PEI CAM BRA CRUS GAS
26       0     0     0       0        0   # linha zerada, sem dados
27       1     6     0       0        0
28       1     0     5       0        0
29       3     0     0       0        0
30       0     0     1       0        0
31       0     0     0       0        0  # linha zerada, sem dados
32       0     0     0       0        0  # linha zerada, sem dados
33       2     3     1       0        0
34       0     0     0       0        0  # linha zerada, sem dados
35       0     0     0       1        0

 Também estou mandando os comandos que eu tenho para fazer o agrupamento, onde tenho que retirar as linhas que contenham os zeros.
 

# Dissimilaridade e medidas de distancia para dados (semi) quantitativos

dat.alim2<- dat.alim [c(2:5,8,10:14,16,17,19:31,33,34,36,37,40:42,44:49),]    # nesse comando eu tive que eliminar as linhas com zeros para poder continuar fazendo a dissimilaridade. É nesse ponto que eu preciso de ajuda. Sem eliminar essas linhas com os zeros não funciona,mas eu preciso manter esses dados!

 dis.bra <- vegdist(log1p(dat.alim2))# Bray-Curtis sobre dados transformados por log
head(dis.bra)


Obrigada. Aguardo.

Att., 

Nathalia de Sousa Motta 
Oceanógrafa/Oceanographer 
Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca


________________________________
 De: David Feitosa <contato em davidfeitosa.com>
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Nathalia Sousa <nathalia_sousam em yahoo.com.br> 
Enviadas: Sexta-feira, 3 de Janeiro de 2014 16:22
Assunto: Re: [R-br] Dúvida Análise de agrupamento
 


Nathalia, 

Vc teria como dar um head/tail pra gente ter noção de uma amostra desses dados?
Creio que facilitaria para alguém responder e te ajudar.





Atenciosamente,
David Feitosa


(\_(\
(=°;°)
(("")("")


Em 3 de janeiro de 2014 14:25, Nathalia Sousa <nathalia_sousam em yahoo.com.br> escreveu:

Boa tarde,
>
>
>Sou iniciante no R e queria uma ajuda com meus dados do mestrado.
>Estou tentando fazer uma análise de agrupamento (cluster) com dados de abundância de 5 espécies, porém tenho algumas datas que não tenho nenhum exemplar coletado. Na hora que vou tentar fazer o cluster, tenho que eliminar essas linhas vazias, mas eu preciso delas pois essas ausências das espécies são dados importantes, que quero analisar. 
>Com os comandos que tenho, preciso tirar essas linhas, mas não posso e preciso fazer o cluster com todos esses dados.
> Alguém pode me ajudar com esses comandos???
>
>
>Desde já, agradeço.
>Aguardo.
>Att., 
>
>Nathalia de Sousa Motta 
>Oceanógrafa/Oceanographer 
>Mestranda em Pesca - Instituto de Pesca
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