[R-br] Digest R-br, volume 38, assunto 18
Fátima Lima Paula
fatima.lima.paula em gmail.com
Sexta Fevereiro 21 15:48:47 BRT 2014
Existe o pacote survival.
Instale-o no R.
require(survival)
Em 21 de fevereiro de 2014 12:16, Talita andrade ferreira <
tatilitazoo em gmail.com> escreveu:
> Prezados gostaria de saber se tem um pacote no R para trabalhos com
> analise de sobrevivencia, e como faço para acessa-lo.
>
> Obrigada Talita
>
>
> Em 21 de fevereiro de 2014 12:00, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>escreveu:
>
>> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
>> r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>
>> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou
>> corpo da mensagem para
>> r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br
>>
>> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
>> endereço
>> r-br-owner em listas.c3sl.ufpr.br
>>
>> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
>> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>>
>>
>> Tópicos de Hoje:
>>
>> 1. Rpresentation (Ari Clecius)
>> 2. Re: Rpresentation (Fernando Souza)
>> 3. Re: Rpresentation (Bruno Barros)
>> 4. Re: Rpresentation (Ari Clecius)
>> 5. Re: Rpresentation (Alisson Lucrecio)
>> 6. gpData (Giselle Davi)
>> 7. Re: gpData (André Figueiras Rutz)
>> 8. Re: gpData (Giselle Davi)
>> 9. Re: gpData (André Figueiras Rutz)
>> 10. Re: gpData (Éder Comunello)
>>
>>
>> ----------------------------------------------------------------------
>>
>> Message: 1
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 08:05:17 -0800 (PST)
>> From: Ari Clecius <ari072000 em yahoo.com.br>
>> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> Subject: [R-br] Rpresentation
>> Message-ID:
>> <1392912317.58063.YahooMailNeo em web124501.mail.ne1.yahoo.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations,
>> mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
>> alguém saberia resolver?
>>
>> Att,
>>
>> Ari Clecius Alves de Lima
>> Engenheiro Químico
>> Me. Engenharia Civil
>> (085)88412345
>> (085)33669042
>>
>>
>> Biogás
>> ========================================================
>> author: Ari Clecius Alves de Lima
>> date: 19/02/2014
>>
>>
>> Definição de Biogás
>> ========================================================
>>
>>
>>
>> Biogás ...
>>
>>
>> - Bullet 1
>> - Bullet 2
>> - Bullet 3
>>
>> Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido
>> ========================================================
>>
>> ```{r}
>> summary(cars)
>>
>> ```
>>
>> Slide With Plot
>> ========================================================
>>
>> ```{r, echo=FALSE}
>> plot(cars)
>> ```
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/18636ed0/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 2
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 14:25:57 -0300
>> From: Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>
>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Ari Clecius <ari072000 em yahoo.com.br>
>> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
>> Message-ID: <53063AA5.5070405 em gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"
>>
>> Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
>> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
>> att
>>
>> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>> > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
>> > presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem
>> > desconfiguradas, alguém saberia resolver?
>> >
>> > Att,
>> > Ari Clecius Alves de Lima
>> > Engenheiro Químico
>> > Me. Engenharia Civil
>> > (085)88412345
>> > (085)33669042
>> >
>> >
>> > */Biogás/*
>> > */========================================================/*
>> > */author: Ari Clecius Alves de Lima/*
>> > */date: 19/02/2014/*
>> > */
>> > /*
>> > */
>> > /*
>> > */Definição de Biogás/*
>> > */========================================================/*
>> > */
>> > /*
>> > */
>> > /*
>> > */
>> > /*
>> > */Biogás .../*
>> > */
>> > /*
>> > */
>> > /*
>> > */- Bullet 1/*
>> > */- Bullet 2/*
>> > */- Bullet 3/*
>> > */
>> > /*
>> > */Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido/*
>> > */========================================================/*
>> > */
>> > /*
>> > */```{r}/*
>> > */summary(cars)/*
>> > */
>> > /*
>> > */```/*
>> > */
>> > /*
>> > */Slide With Plot/*
>> > */========================================================/*
>> > */
>> > /*
>> > */```{r, echo=FALSE}/*
>> > */plot(cars)/*
>> > *//*
>> > */```/*
>> >
>> >
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-br mailing list
>> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/ec7556b8/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 3
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 14:42:35 -0300
>> From: Bruno Barros <brunosoab em gmail.com>
>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
>> Message-ID:
>> <
>> CAD5Js7hugp9+iPrJHzuWXaLKhVBObdQODSJ9RHNLbHbsDxLaQQ em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Pode tentar também usar:
>>
>> source("file.r", encoding="utf-8")
>>
>> abs,
>>
>> Bruno Barros
>> @brunosoab
>>
>>
>> Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza
>> <nandodesouza em gmail.com>escreveu:
>>
>> > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with
>> enconding,
>> > e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
>> > att
>> >
>> > Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>> >
>> > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
>> presentations,
>> > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
>> > alguém saberia resolver?
>> >
>> > Att,
>> >
>> > Ari Clecius Alves de Lima
>> > Engenheiro Químico
>> > Me. Engenharia Civil
>> > (085)88412345
>> > (085)33669042
>> >
>> >
>> > *Biogás*
>> > *========================================================*
>> > *author: Ari Clecius Alves de Lima*
>> > *date: 19/02/2014*
>> >
>> >
>> > *Definição de Biogás*
>> > *========================================================*
>> >
>> >
>> >
>> > *Biogás ...*
>> >
>> >
>> > *- Bullet 1*
>> > *- Bullet 2*
>> > *- Bullet 3*
>> >
>> > *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido*
>> > *========================================================*
>> >
>> > *```{r}*
>> > *summary(cars)*
>> >
>> > *```*
>> >
>> > *Slide With Plot*
>> > *========================================================*
>> >
>> > *```{r, echo=FALSE}*
>> > *plot(cars)*
>> > *```*
>> >
>> >
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://
>> listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> >
>> >
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-br mailing list
>> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> > código mínimo reproduzível.
>> >
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/0806e82c/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 4
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 09:57:57 -0800 (PST)
>> From: Ari Clecius <ari072000 em yahoo.com.br>
>> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
>> Message-ID:
>> <1392919077.12594.YahooMailNeo em web124504.mail.ne1.yahoo.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Ok obrigado deu certo.
>>
>> Att,
>>
>> Ari Clecius Alves de Lima
>> Engenheiro Químico
>> Me. Engenharia Civil
>> (085)88412345
>> (085)33669042
>>
>>
>>
>> Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 14:42, Bruno Barros <
>> brunosoab em gmail.com> escreveu:
>>
>> Pode tentar também usar:
>>
>> source("file.r",encoding="utf-8")
>>
>>
>> abs,
>>
>> Bruno Barros
>> @brunosoab
>>
>>
>>
>> Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>
>> escreveu:
>>
>> Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
>> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
>> >att
>> >
>> >
>> >Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>> >
>> >Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations,
>> mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
>> alguém saberia resolver?
>> >>
>> >>
>> >>Att,
>> >>
>> >>Ari Clecius Alves de Lima
>> >>Engenheiro Químico
>> >>Me. Engenharia Civil
>> >>(085)88412345
>> >>(085)33669042
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>Biogás
>> >>========================================================
>> >>author: Ari Clecius Alves de Lima
>> >>date: 19/02/2014
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>Definição de Biogás
>> >>========================================================
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>Biogás ...
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>- Bullet 1
>> >>- Bullet 2
>> >>- Bullet 3
>> >>
>> >>
>> >>Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido
>> >>========================================================
>> >>
>> >>
>> >>```{r}
>> >>summary(cars)
>> >>
>> >>
>> >>```
>> >>
>> >>
>> >>Slide With Plot
>> >>========================================================
>> >>
>> >>
>> >>```{r, echo=FALSE}
>> >>plot(cars)
>> >>```
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>
>> >>_______________________________________________
>> R-br mailing list R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo
>> reproduzível.
>> >
>> >_______________________________________________
>> >R-br mailing list
>> >R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> >
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/40df52cc/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 5
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 15:00:01 -0300
>> From: Alisson Lucrecio <alissonluc em gmail.com>
>> To: r-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
>> Message-ID:
>> <CAGE5b4d+BpdF8F94je9+YxUrCZT8r_SGWm=
>> sCeWj-AFPvWc0vw em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> user encoding = "latin1"
>>
>> read.csv("nomedoarquivo.csv", ...., encoding = "latin1")
>>
>> att
>>
>>
>> 2014-02-20 14:42 GMT-03:00 Bruno Barros <brunosoab em gmail.com>:
>>
>> > Pode tentar também usar:
>> >
>> > source("file.r", encoding="utf-8")
>> >
>> > abs,
>> >
>> > Bruno Barros
>> > @brunosoab
>> >
>> >
>> > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <
>> nandodesouza em gmail.com>escreveu:
>> >
>> > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with
>> enconding,
>> >> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
>> >> att
>> >>
>> >> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>> >>
>> >> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
>> >> presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem
>> >> desconfiguradas, alguém saberia resolver?
>> >>
>> >> Att,
>> >>
>> >> Ari Clecius Alves de Lima
>> >> Engenheiro Químico
>> >> Me. Engenharia Civil
>> >> (085)88412345
>> >> (085)33669042
>> >>
>> >>
>> >> *Biogás*
>> >> *========================================================*
>> >> *author: Ari Clecius Alves de Lima*
>> >> *date: 19/02/2014*
>> >>
>> >>
>> >> *Definição de Biogás*
>> >> *========================================================*
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> *Biogás ...*
>> >>
>> >>
>> >> *- Bullet 1*
>> >> *- Bullet 2*
>> >> *- Bullet 3*
>> >>
>> >> *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido*
>> >> *========================================================*
>> >>
>> >> *```{r}*
>> >> *summary(cars)*
>> >>
>> >> *```*
>> >>
>> >> *Slide With Plot*
>> >> *========================================================*
>> >>
>> >> *```{r, echo=FALSE}*
>> >> *plot(cars)*
>> >> *```*
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> _______________________________________________
>> >> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://
>> listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> >>
>> >>
>> >>
>> >> _______________________________________________
>> >> R-br mailing list
>> >> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> >> código mínimo reproduzível.
>> >>
>> >
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-br mailing list
>> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> > código mínimo reproduzível.
>> >
>>
>>
>>
>> --
>> Alisson Lucrecio da Costa
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/61696c61/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 6
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 10:50:11 -0800 (PST)
>> From: Giselle Davi <giselle_davi em yahoo.com.br>
>> To: r-br <R-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> Subject: [R-br] gpData
>> Message-ID:
>> <1392922211.92369.YahooMailNeo em web126102.mail.ne1.yahoo.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Ao rodar esta rotina:
>> #############################################
>> ## Test gpData object and regress
>> ##
>> ##
>> ## author : Hans-Juergen Auinger
>> ## date : 2011 - 11 - 30
>> ##
>> ##############################################
>>
>> # number of locations
>> nLoc <- 3
>> # number of genotypes
>> nEntry <- 10
>> # number of replications
>> nRep <- 2
>> # phenotypic residuals
>> pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
>> Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
>> Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
>> Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
>> loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
>> wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
>> head(pheno)
>> # individual values
>> IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
>> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> head(IDvals)
>> # location values
>> locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
>> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> # replication values
>> repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
>> rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> # sums
>> Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
>> IDvals[pheno$ID, 1]
>> Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
>> IDvals[pheno$ID, 2]
>> Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
>> IDvals[pheno$ID, 3]
>> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
>> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
>> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
>> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
>> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
>> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
>> # genotypic values
>> geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
>> ncol=15)
>> rownames(geno) <- 1:nEntry
>> colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
>> # map infomation
>> map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
>> each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
>> head(map)
>> # create a gpData object
>> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>>
>>
>> O seguinte erro aparece :
>> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> Error: could not find function "create.gpData"
>>
>>
>> Alguém poderia me ajudar ???
>> Desde já agradeço.
>>
>> Att,
>>
>> Giselle
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/16251a0d/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 7
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 17:02:05 -0300
>> From: André Figueiras Rutz <rutzaf em gmail.com>
>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> Subject: Re: [R-br] gpData
>> Message-ID:
>> <CAE7MPagSX85UdBwE-uA5rsc+7NdUM9SKc=
>> ATReFSJ3E5B67mDQ em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
>>
>> Abs
>>
>> "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
>> clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
>> Lao Tzu - Tao Te Ching
>> Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br> escreveu:
>>
>> > Ao rodar esta rotina:
>> > #############################################
>> > ## Test gpData object and regress
>> > ##
>> > ##
>> > ## author : Hans-Juergen Auinger
>> > ## date : 2011 - 11 - 30
>> > ##
>> > ##############################################
>> >
>> > # number of locations
>> > nLoc <- 3
>> > # number of genotypes
>> > nEntry <- 10
>> > # number of replications
>> > nRep <- 2
>> > # phenotypic residuals
>> > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
>> > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
>> > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
>> > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
>> > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
>> > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
>> > head(pheno)
>> > # individual values
>> > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
>> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> > head(IDvals)
>> > # location values
>> > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
>> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> > # replication values
>> > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
>> > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> > # sums
>> > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
>> > IDvals[pheno$ID, 1]
>> > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
>> > IDvals[pheno$ID, 2]
>> > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
>> > IDvals[pheno$ID, 3]
>> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
>> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
>> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
>> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
>> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
>> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
>> > # genotypic values
>> > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
>> > ncol=15)
>> > rownames(geno) <- 1:nEntry
>> > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
>> > # map infomation
>> > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
>> > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
>> > head(map)
>> > # create a gpData object
>> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> >
>> >
>> > O seguinte erro aparece :
>> > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> > Error: could not find function "create.gpData"
>> >
>> >
>> > Alguém poderia me ajudar ???
>> > Desde já agradeço.
>> >
>> > Att,
>> >
>> > Giselle
>> >
>> >
>> > _______________________________________________
>> > R-br mailing list
>> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> > código mínimo reproduzível.
>> >
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7ad7cd81/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 8
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 12:30:09 -0800 (PST)
>> From: Giselle Davi <giselle_davi em yahoo.com.br>
>> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> Subject: Re: [R-br] gpData
>> Message-ID:
>> <1392928209.63193.YahooMailNeo em web126106.mail.ne1.yahoo.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>>
>> Sim, está !!!
>>
>>
>>
>> Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz <
>> rutzaf em gmail.com> escreveu:
>>
>> Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
>> Abs
>> ?Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water
>> is clear? Can you remain unmoving until the right action arises by
>> itself?" Lao Tzu - Tao Te Ching
>> Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br> escreveu:
>>
>> Ao rodar esta rotina:
>> >#############################################
>> >## Test gpData object and regress
>> >##
>> >##
>> >## author : Hans-Juergen Auinger
>> >## date : 2011 - 11 - 30
>> >##
>> >##############################################
>> >
>> >
>> ># number of locations
>> >nLoc <- 3
>> ># number of genotypes
>> >nEntry <- 10
>> ># number of replications
>> >nRep <- 2
>> ># phenotypic residuals
>> >pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
>> > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
>> > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
>> > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
>> > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
>> > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
>> >head(pheno)
>> ># individual values
>> >IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
>> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> >head(IDvals)
>> ># location values
>> >locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
>> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> ># replication values
>> >repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
>> rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> ># sums
>> >Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
>> IDvals[pheno$ID, 1]
>> >Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
>> IDvals[pheno$ID, 2]
>> >Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
>> IDvals[pheno$ID, 3]
>> >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
>> >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
>> >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
>> >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
>> >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
>> >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
>> ># genotypic values
>> >geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
>> ncol=15)
>> >rownames(geno) <- 1:nEntry
>> >colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
>> ># map infomation
>> >map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
>> each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
>> >head(map)
>> ># create a gpData object
>> >gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> >
>> >
>> >
>> >
>> >O seguinte erro aparece :
>> >> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> >Error: could not find function "create.gpData"
>> >
>> >
>> >
>> >
>> >Alguém poderia me ajudar ???
>> >Desde já agradeço.
>> >
>> >
>> >Att,
>> >
>> >
>> >Giselle
>> >
>> >
>> >_______________________________________________
>> >R-br mailing list
>> >R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> >
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>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
>> URL: <
>> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/d6cb18b0/attachment-0001.html
>> >
>>
>> ------------------------------
>>
>> Message: 9
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 17:34:54 -0300
>> From: André Figueiras Rutz <rutzaf em gmail.com>
>> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> Subject: Re: [R-br] gpData
>> Message-ID:
>> <
>> CAE7MPajUcri-EesQGEaghMia4qLuC3qXLaa5UVq_D_jW9Nrv7Q em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Vc carregou ele na sessão com o require?
>>
>> "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
>> clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
>> Lao Tzu - Tao Te Ching
>> Em 20/02/2014 17:30, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br> escreveu:
>>
>> > Sim, está !!!
>> >
>> >
>> > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz <
>> > rutzaf em gmail.com> escreveu:
>> > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
>> > Abs
>> > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water
>> is
>> > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
>> > Lao Tzu - Tao Te Ching
>> > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br>
>> escreveu:
>> >
>> > Ao rodar esta rotina:
>> > #############################################
>> > ## Test gpData object and regress
>> > ##
>> > ##
>> > ## author : Hans-Juergen Auinger
>> > ## date : 2011 - 11 - 30
>> > ##
>> > ##############################################
>> >
>> > # number of locations
>> > nLoc <- 3
>> > # number of genotypes
>> > nEntry <- 10
>> > # number of replications
>> > nRep <- 2
>> > # phenotypic residuals
>> > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
>> > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
>> > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
>> > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
>> > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
>> > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
>> > head(pheno)
>> > # individual values
>> > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
>> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> > head(IDvals)
>> > # location values
>> > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
>> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> > # replication values
>> > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
>> > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>> > # sums
>> > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
>> > IDvals[pheno$ID, 1]
>> > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
>> > IDvals[pheno$ID, 2]
>> > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
>> > IDvals[pheno$ID, 3]
>> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
>> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
>> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
>> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
>> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
>> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
>> > # genotypic values
>> > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
>> > ncol=15)
>> > rownames(geno) <- 1:nEntry
>> > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
>> > # map infomation
>> > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
>> > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
>> > head(map)
>> > # create a gpData object
>> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> >
>> >
>> > O seguinte erro aparece :
>> > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
>> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>> > Error: could not find function "create.gpData"
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>> > Alguém poderia me ajudar ???
>> > Desde já agradeço.
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>> >
>>
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>>
>> Message: 10
>> Date: Thu, 20 Feb 2014 21:09:24 -0400
>> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
>> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> Subject: Re: [R-br] gpData
>> Message-ID:
>> <
>> CABmC8gnsy-EkSDtBAGWBzisEW4VtVpVLkwtLKdjb8JGWvi9qaw em mail.gmail.com>
>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>>
>> Boa noite!
>>
>> A função create.gpData() pertence ao pacote {synbreed}.
>>
>> Inicie com:
>> require(synbreed)
>>
>> --
>> Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
>> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
>> -------------- Próxima Parte ----------
>> Um anexo em HTML foi limpo...
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>>
>> ------------------------------
>>
>> Subject: Legenda do Digest
>>
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>>
>> Fim da Digest R-br, volume 38, assunto 18
>> *****************************************
>>
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