[R-br] Digest R-br, volume 38, assunto 18
Talita andrade ferreira
tatilitazoo em gmail.com
Sexta Fevereiro 21 12:16:13 BRT 2014
Prezados gostaria de saber se tem um pacote no R para trabalhos com analise
de sobrevivencia, e como faço para acessa-lo.
Obrigada Talita
Em 21 de fevereiro de 2014 12:00, <r-br-request em listas.c3sl.ufpr.br>escreveu:
> Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
> r-br em listas.c3sl.ufpr.br
>
> Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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> Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo
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>
> Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será
> mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
>
>
> Tópicos de Hoje:
>
> 1. Rpresentation (Ari Clecius)
> 2. Re: Rpresentation (Fernando Souza)
> 3. Re: Rpresentation (Bruno Barros)
> 4. Re: Rpresentation (Ari Clecius)
> 5. Re: Rpresentation (Alisson Lucrecio)
> 6. gpData (Giselle Davi)
> 7. Re: gpData (André Figueiras Rutz)
> 8. Re: gpData (Giselle Davi)
> 9. Re: gpData (André Figueiras Rutz)
> 10. Re: gpData (Éder Comunello)
>
>
> ----------------------------------------------------------------------
>
> Message: 1
> Date: Thu, 20 Feb 2014 08:05:17 -0800 (PST)
> From: Ari Clecius <ari072000 em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] Rpresentation
> Message-ID:
> <1392912317.58063.YahooMailNeo em web124501.mail.ne1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations,
> mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
> alguém saberia resolver?
>
> Att,
>
> Ari Clecius Alves de Lima
> Engenheiro Químico
> Me. Engenharia Civil
> (085)88412345
> (085)33669042
>
>
> Biogás
> ========================================================
> author: Ari Clecius Alves de Lima
> date: 19/02/2014
>
>
> Definição de Biogás
> ========================================================
>
>
>
> Biogás ...
>
>
> - Bullet 1
> - Bullet 2
> - Bullet 3
>
> Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido
> ========================================================
>
> ```{r}
> summary(cars)
>
> ```
>
> Slide With Plot
> ========================================================
>
> ```{r, echo=FALSE}
> plot(cars)
> ```
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/18636ed0/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 2
> Date: Thu, 20 Feb 2014 14:25:57 -0300
> From: Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br, Ari Clecius <ari072000 em yahoo.com.br>
> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
> Message-ID: <53063AA5.5070405 em gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"
>
> Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
> att
>
> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
> > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
> > presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem
> > desconfiguradas, alguém saberia resolver?
> >
> > Att,
> > Ari Clecius Alves de Lima
> > Engenheiro Químico
> > Me. Engenharia Civil
> > (085)88412345
> > (085)33669042
> >
> >
> > */Biogás/*
> > */========================================================/*
> > */author: Ari Clecius Alves de Lima/*
> > */date: 19/02/2014/*
> > */
> > /*
> > */
> > /*
> > */Definição de Biogás/*
> > */========================================================/*
> > */
> > /*
> > */
> > /*
> > */
> > /*
> > */Biogás .../*
> > */
> > /*
> > */
> > /*
> > */- Bullet 1/*
> > */- Bullet 2/*
> > */- Bullet 3/*
> > */
> > /*
> > */Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido/*
> > */========================================================/*
> > */
> > /*
> > */```{r}/*
> > */summary(cars)/*
> > */
> > /*
> > */```/*
> > */
> > /*
> > */Slide With Plot/*
> > */========================================================/*
> > */
> > /*
> > */```{r, echo=FALSE}/*
> > */plot(cars)/*
> > *//*
> > */```/*
> >
> >
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/ec7556b8/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 3
> Date: Thu, 20 Feb 2014 14:42:35 -0300
> From: Bruno Barros <brunosoab em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
> Message-ID:
> <
> CAD5Js7hugp9+iPrJHzuWXaLKhVBObdQODSJ9RHNLbHbsDxLaQQ em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Pode tentar também usar:
>
> source("file.r", encoding="utf-8")
>
> abs,
>
> Bruno Barros
> @brunosoab
>
>
> Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza
> <nandodesouza em gmail.com>escreveu:
>
> > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
> > e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
> > att
> >
> > Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
> >
> > Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations,
> > mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
> > alguém saberia resolver?
> >
> > Att,
> >
> > Ari Clecius Alves de Lima
> > Engenheiro Químico
> > Me. Engenharia Civil
> > (085)88412345
> > (085)33669042
> >
> >
> > *Biogás*
> > *========================================================*
> > *author: Ari Clecius Alves de Lima*
> > *date: 19/02/2014*
> >
> >
> > *Definição de Biogás*
> > *========================================================*
> >
> >
> >
> > *Biogás ...*
> >
> >
> > *- Bullet 1*
> > *- Bullet 2*
> > *- Bullet 3*
> >
> > *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido*
> > *========================================================*
> >
> > *```{r}*
> > *summary(cars)*
> >
> > *```*
> >
> > *Slide With Plot*
> > *========================================================*
> >
> > *```{r, echo=FALSE}*
> > *plot(cars)*
> > *```*
> >
> >
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://
> listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
> >
> >
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/0806e82c/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 4
> Date: Thu, 20 Feb 2014 09:57:57 -0800 (PST)
> From: Ari Clecius <ari072000 em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
> Message-ID:
> <1392919077.12594.YahooMailNeo em web124504.mail.ne1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Ok obrigado deu certo.
>
> Att,
>
> Ari Clecius Alves de Lima
> Engenheiro Químico
> Me. Engenharia Civil
> (085)88412345
> (085)33669042
>
>
>
> Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 14:42, Bruno Barros <
> brunosoab em gmail.com> escreveu:
>
> Pode tentar também usar:
>
> source("file.r",encoding="utf-8")
>
>
> abs,
>
> Bruno Barros
> @brunosoab
>
>
>
> Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com>
> escreveu:
>
> Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e
> altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
> >att
> >
> >
> >Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
> >
> >Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations,
> mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
> alguém saberia resolver?
> >>
> >>
> >>Att,
> >>
> >>Ari Clecius Alves de Lima
> >>Engenheiro Químico
> >>Me. Engenharia Civil
> >>(085)88412345
> >>(085)33669042
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>Biogás
> >>========================================================
> >>author: Ari Clecius Alves de Lima
> >>date: 19/02/2014
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>Definição de Biogás
> >>========================================================
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>Biogás ...
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>- Bullet 1
> >>- Bullet 2
> >>- Bullet 3
> >>
> >>
> >>Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido
> >>========================================================
> >>
> >>
> >>```{r}
> >>summary(cars)
> >>
> >>
> >>```
> >>
> >>
> >>Slide With Plot
> >>========================================================
> >>
> >>
> >>```{r, echo=FALSE}
> >>plot(cars)
> >>```
> >>
> >>
> >>
> >>
> >>_______________________________________________
> R-br mailing list R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo
> reproduzível.
> >
> >_______________________________________________
> >R-br mailing list
> >R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
> >
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/40df52cc/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 5
> Date: Thu, 20 Feb 2014 15:00:01 -0300
> From: Alisson Lucrecio <alissonluc em gmail.com>
> To: r-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] Rpresentation
> Message-ID:
> <CAGE5b4d+BpdF8F94je9+YxUrCZT8r_SGWm=
> sCeWj-AFPvWc0vw em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> user encoding = "latin1"
>
> read.csv("nomedoarquivo.csv", ...., encoding = "latin1")
>
> att
>
>
> 2014-02-20 14:42 GMT-03:00 Bruno Barros <brunosoab em gmail.com>:
>
> > Pode tentar também usar:
> >
> > source("file.r", encoding="utf-8")
> >
> > abs,
> >
> > Bruno Barros
> > @brunosoab
> >
> >
> > Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza em gmail.com
> >escreveu:
> >
> > Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
> >> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
> >> att
> >>
> >> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
> >>
> >> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
> >> presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem
> >> desconfiguradas, alguém saberia resolver?
> >>
> >> Att,
> >>
> >> Ari Clecius Alves de Lima
> >> Engenheiro Químico
> >> Me. Engenharia Civil
> >> (085)88412345
> >> (085)33669042
> >>
> >>
> >> *Biogás*
> >> *========================================================*
> >> *author: Ari Clecius Alves de Lima*
> >> *date: 19/02/2014*
> >>
> >>
> >> *Definição de Biogás*
> >> *========================================================*
> >>
> >>
> >>
> >> *Biogás ...*
> >>
> >>
> >> *- Bullet 1*
> >> *- Bullet 2*
> >> *- Bullet 3*
> >>
> >> *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido*
> >> *========================================================*
> >>
> >> *```{r}*
> >> *summary(cars)*
> >>
> >> *```*
> >>
> >> *Slide With Plot*
> >> *========================================================*
> >>
> >> *```{r, echo=FALSE}*
> >> *plot(cars)*
> >> *```*
> >>
> >>
> >>
> >> _______________________________________________
> >> R-br mailing listR-br em listas.c3sl.ufpr.brhttps://
> listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
> >>
> >>
> >>
> >> _______________________________________________
> >> R-br mailing list
> >> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> >> código mínimo reproduzível.
> >>
> >
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
>
>
>
> --
> Alisson Lucrecio da Costa
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/61696c61/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 6
> Date: Thu, 20 Feb 2014 10:50:11 -0800 (PST)
> From: Giselle Davi <giselle_davi em yahoo.com.br>
> To: r-br <R-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: [R-br] gpData
> Message-ID:
> <1392922211.92369.YahooMailNeo em web126102.mail.ne1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Ao rodar esta rotina:
> #############################################
> ## Test gpData object and regress
> ##
> ##
> ## author : Hans-Juergen Auinger
> ## date : 2011 - 11 - 30
> ##
> ##############################################
>
> # number of locations
> nLoc <- 3
> # number of genotypes
> nEntry <- 10
> # number of replications
> nRep <- 2
> # phenotypic residuals
> pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
> head(pheno)
> # individual values
> IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> head(IDvals)
> # location values
> locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> # replication values
> repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
> rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> # sums
> Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 1]
> Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 2]
> Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 3]
> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
> # genotypic values
> geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
> ncol=15)
> rownames(geno) <- 1:nEntry
> colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
> # map infomation
> map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
> each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
> head(map)
> # create a gpData object
> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>
>
> O seguinte erro aparece :
> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> Error: could not find function "create.gpData"
>
>
> Alguém poderia me ajudar ???
> Desde já agradeço.
>
> Att,
>
> Giselle
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/16251a0d/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 7
> Date: Thu, 20 Feb 2014 17:02:05 -0300
> From: André Figueiras Rutz <rutzaf em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] gpData
> Message-ID:
> <CAE7MPagSX85UdBwE-uA5rsc+7NdUM9SKc=
> ATReFSJ3E5B67mDQ em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
>
> Abs
>
> "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
> clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
> Lao Tzu - Tao Te Ching
> Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br> escreveu:
>
> > Ao rodar esta rotina:
> > #############################################
> > ## Test gpData object and regress
> > ##
> > ##
> > ## author : Hans-Juergen Auinger
> > ## date : 2011 - 11 - 30
> > ##
> > ##############################################
> >
> > # number of locations
> > nLoc <- 3
> > # number of genotypes
> > nEntry <- 10
> > # number of replications
> > nRep <- 2
> > # phenotypic residuals
> > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
> > head(pheno)
> > # individual values
> > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> > head(IDvals)
> > # location values
> > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> > # replication values
> > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
> > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> > # sums
> > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
> > IDvals[pheno$ID, 1]
> > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
> > IDvals[pheno$ID, 2]
> > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
> > IDvals[pheno$ID, 3]
> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
> > # genotypic values
> > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
> > ncol=15)
> > rownames(geno) <- 1:nEntry
> > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
> > # map infomation
> > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
> > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
> > head(map)
> > # create a gpData object
> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> >
> >
> > O seguinte erro aparece :
> > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> > Error: could not find function "create.gpData"
> >
> >
> > Alguém poderia me ajudar ???
> > Desde já agradeço.
> >
> > Att,
> >
> > Giselle
> >
> >
> > _______________________________________________
> > R-br mailing list
> > R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> > código mínimo reproduzível.
> >
> -------------- Próxima Parte ----------
> Um anexo em HTML foi limpo...
> URL: <
> http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7ad7cd81/attachment-0001.html
> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 8
> Date: Thu, 20 Feb 2014 12:30:09 -0800 (PST)
> From: Giselle Davi <giselle_davi em yahoo.com.br>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] gpData
> Message-ID:
> <1392928209.63193.YahooMailNeo em web126106.mail.ne1.yahoo.com>
> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
>
> Sim, está !!!
>
>
>
> Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz <
> rutzaf em gmail.com> escreveu:
>
> Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
> Abs
> ?Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
> clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
> Lao Tzu - Tao Te Ching
> Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br> escreveu:
>
> Ao rodar esta rotina:
> >#############################################
> >## Test gpData object and regress
> >##
> >##
> >## author : Hans-Juergen Auinger
> >## date : 2011 - 11 - 30
> >##
> >##############################################
> >
> >
> ># number of locations
> >nLoc <- 3
> ># number of genotypes
> >nEntry <- 10
> ># number of replications
> >nRep <- 2
> ># phenotypic residuals
> >pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
> >head(pheno)
> ># individual values
> >IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> >head(IDvals)
> ># location values
> >locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> ># replication values
> >repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
> rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> ># sums
> >Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 1]
> >Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 2]
> >Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 3]
> >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
> >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
> >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
> >pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
> >pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
> >pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
> ># genotypic values
> >geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
> ncol=15)
> >rownames(geno) <- 1:nEntry
> >colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
> ># map infomation
> >map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
> each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
> >head(map)
> ># create a gpData object
> >gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> >
> >
> >
> >
> >O seguinte erro aparece :
> >> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> >Error: could not find function "create.gpData"
> >
> >
> >
> >
> >Alguém poderia me ajudar ???
> >Desde já agradeço.
> >
> >
> >Att,
> >
> >
> >Giselle
> >
> >
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> >https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> >Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
> >
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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> >
>
> ------------------------------
>
> Message: 9
> Date: Thu, 20 Feb 2014 17:34:54 -0300
> From: André Figueiras Rutz <rutzaf em gmail.com>
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] gpData
> Message-ID:
> <
> CAE7MPajUcri-EesQGEaghMia4qLuC3qXLaa5UVq_D_jW9Nrv7Q em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Vc carregou ele na sessão com o require?
>
> "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
> clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
> Lao Tzu - Tao Te Ching
> Em 20/02/2014 17:30, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br> escreveu:
>
> > Sim, está !!!
> >
> >
> > Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz <
> > rutzaf em gmail.com> escreveu:
> > Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
> > Abs
> > "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water
> is
> > clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
> > Lao Tzu - Tao Te Ching
> > Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi em yahoo.com.br>
> escreveu:
> >
> > Ao rodar esta rotina:
> > #############################################
> > ## Test gpData object and regress
> > ##
> > ##
> > ## author : Hans-Juergen Auinger
> > ## date : 2011 - 11 - 30
> > ##
> > ##############################################
> >
> > # number of locations
> > nLoc <- 3
> > # number of genotypes
> > nEntry <- 10
> > # number of replications
> > nRep <- 2
> > # phenotypic residuals
> > pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> > Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> > Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> > Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> > loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> > wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
> > head(pheno)
> > # individual values
> > IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> > head(IDvals)
> > # location values
> > locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
> > sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> > # replication values
> > repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
> > rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> > # sums
> > Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
> > IDvals[pheno$ID, 1]
> > Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
> > IDvals[pheno$ID, 2]
> > Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
> > IDvals[pheno$ID, 3]
> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
> > pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
> > pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
> > pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
> > # genotypic values
> > geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
> > ncol=15)
> > rownames(geno) <- 1:nEntry
> > colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
> > # map infomation
> > map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
> > each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
> > head(map)
> > # create a gpData object
> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> >
> >
> > O seguinte erro aparece :
> > > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> > c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> > Error: could not find function "create.gpData"
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> > Alguém poderia me ajudar ???
> > Desde já agradeço.
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> >
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> ------------------------------
>
> Message: 10
> Date: Thu, 20 Feb 2014 21:09:24 -0400
> From: Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com>
> To: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> Subject: Re: [R-br] gpData
> Message-ID:
> <
> CABmC8gnsy-EkSDtBAGWBzisEW4VtVpVLkwtLKdjb8JGWvi9qaw em mail.gmail.com>
> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
>
> Boa noite!
>
> A função create.gpData() pertence ao pacote {synbreed}.
>
> Inicie com:
> require(synbreed)
>
> --
> Éder Comunello <c <comunello.eder em gmail.com>omunello.eder em gmail.com>
> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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> Subject: Legenda do Digest
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> Fim da Digest R-br, volume 38, assunto 18
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