[R-br] Desdobramento de interações em dados com distribuição de Poisson inflacionada por zeros
ASANTOS
alexandresantosbr em yahoo.com.br
Domingo Setembro 29 23:29:58 BRT 2013
Walmes,
Atendi a sua sugestão e resolvi ajustar os modelos, no entanto,
fiz as comparações múltiplas para saber a diferença entre os tratamentos
e tudo bem, todos foram significativamente diferentes, porém na hora de
fazer as curvas para cada tratamento no tempo não consigo obter os
coeficientes do modelo para cada um dos tratamentos ou seja quando faço
o summary() do modelo completo tenho apenas um coeficiente para trat e
outro para tempo. Gostrai o que posso fazer para obter os coeficientes
para cada tratamento? Segue CRM:
## Desdobramento de dados com distribuição de Poisson inflacionado por
zeros ---
require(pscl)
require(multicomp)
y1<- c(mapply(rpois, lambda=c(4,45,93), MoreArgs=list(n=400)))##Criação
da variável resposta Poisson
y2<- c(mapply(rbinom, size=c(1,0,0), prob=c(0.5,1,1),
MoreArgs=list(n=200)))##Criação da variável resposta Binomial
y<-c(y1,y2)
trat <- as.factor(gl(3,600)) ##Criação dos tratamentos
tempo<- as.factor(rep(gl(6,100),3)) ### Criação da variável tempo
dados<-as.data.frame(cbind(trat,tempo, y))
#-------------------------------------------------------------------------------
# Análise de variância do dados inflacionados
summary(m1 <- zeroinfl(y ~ trat*tempo | trat*tempo, data = dados)) ##
Modelo completo
mnull <- update(m1, . ~ 1) ### Modelo nulo
pchisq(2 * (logLik(m1) - logLik(mnull)), df = 2, lower.tail = FALSE) ##
Teste de Chi o modelo completo foi significativo
## Comparando com GLM Poisson sem inflação por zeros
---------------------------
summary(p1 <- glm(y ~ trat + tempo, family = poisson, data = dados))
##Teste de
Vuong----------------------------------------------------------------
vuong(p1, m1) ## O GLM Poisson estava tão mal ajustado que o Poisson
iflacionado é a única opção
#
### Interação entre os tratamamentos no
tempo-----------------------------------
zi_m1<-zeroinfl(y ~ trat*tempo | trat*tempo, data = dados, link = "logit")
summary(zinb_edanx2) ## Modelos completo
## Calculando os contrastes para o modelo
inflacionado--------------------------
nr <- length(levels(trat))
contr <- matrix(0, nrow = nr, ncol = length(coef(zi_m1)))
colnames(contr) <- names(coef(zi_m1))
rownames(contr) <- paste(levels(trat)[c(2, 3, 3)],
levels(trat)[c(1, 1, 2)], sep = " - ")
contr[,3:4] <- contrMat(numeric(nrow(contr)), type = "Tukey")[,-2]
glht_zi <- glht(zi_m1, linfct = contr)
## Comparações
multiplas-------------------------------------------------------------------
summary(glht_zi)
## Realizando um ajuste para cada tratamento - Primeiro para Poisson
sort(tapply(y,trat,mean))
levels(trat)
zi_final<-zeroinfl(y ~ trat+tempo | trat+tempo, data = dados, link =
"logit")
summary(zi_final)
## Aqui não consigo descobrir os coeficientes para cada tratamento para
fazer as curvas!!!!!
Obrigado,
Alexandre
Em 26/09/2013 16:28, walmes . escreveu:
> Desdobrar as deviances tal como fazemos o desdobramento de somas de
> quadrados em modelos lineares gaussianos seria interessante mas eu
> acredito que os gráficos com os modelos ajutados (com bandas) já são
> suficientes para discutir os resultados. Isso é bem mais fácil de
> obter. Quando o leitor for ver os resultados ele vai gastar 5 segundos
> na tabela de desdobramento e 2 minutos vendo o seu gráfico.
>
> À disposição.
> Walmes.
>
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> Walmes Marques Zeviani
> LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
> Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
> fone: (+55) 41 3361 3573
> skype: walmeszeviani
> homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes
> <http://www.leg.ufpr.br/%7Ewalmes>
> linux user number: 531218
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>
>
> 2013/9/23 ASANTOS <alexandresantosbr em yahoo.com.br
> <mailto:alexandresantosbr em yahoo.com.br>>
>
> Walmes,
>
> Na verdade eu gostaria de saber quais tratamentos tiveram
> mesmo desempenho no tempo e representá-las através de curvas, mas
> não sei como lidar com a decomposição das somas de quadrados
> quando tenho duas distribuições (Poisson e Binomial), pois espero
> dois resultados: 1) Poisson: a quantidade de insetos representada
> para cada um dos tratamentos no tempo e; 2)Binomial: a ocorrência
> ou não dos insetos em cada um dos tratamentos no tempo. Teria
> alguma abordagem para sugerir?
>
> Obrigado,
>
> Alexandre
>
> CRM:
>
> ## Desdobramento de dados com distribuição de Poisson inflacionado
> por zeros ---
>
> require(pscl)
>
> y1<- c(mapply(rpois, lambda=c(5,20,45),
> MoreArgs=list(n=400)))##Criação da variável resposta Poisson
> y2<- c(mapply(rbinom, size=c(1,0,0), prob=c(0.5,1,1),
> MoreArgs=list(n=200)))##Criação da variável resposta Binomial
> y<-c(y1,y2)
>
> trat <- as.factor(gl(3,600)) ##Criação dos tratamentos
>
> tempo<- as.factor(rep(gl(6,100),3)) ### Criação da variável tempo
>
> dados<-as.data.frame(cbind(trat,tempo, y))
>
> #-------------------------------------------------------------------------------
> # Análise de variância do dados inflacionados
>
> summary(m1 <- zeroinfl(y ~ trat | tempo, data = dados)) ## Modelo
> completo
>
> mnull <- update(m1, . ~ 1) ### Modelo nulo
>
> pchisq(2 * (logLik(m1) - logLik(mnull)), df = 2, lower.tail =
> FALSE) ## Teste de Chi o modelo completo foi significativo
>
> ## Comparando com GLM Poisson sem inflação por zeros
> ---------------------------
>
> summary(p1 <- glm(y ~ trat + tempo, family = poisson, data = dados))
>
>
> ##Teste de
> Vuong----------------------------------------------------------------
>
> vuong(p1, m1) ## O GLM Poisson estava tão mal ajustado que o
> Poisson iflacionado é a única opção
>
> #
>
> ## E agora, como desdobrar isto? Faço um desdobramento para parte
> de poisson e outra para parte binomial?
>
>
>
> Em 23/09/2013 09:26, walmes . escreveu:
>> Antes de desdobrar a interação é preciso saber qual o objetivo da
>> análise. É possível desdobrar de várias formas, fazendo
>> contrastes específicos, comparações múltiplas. Eu gosto da
>> abordagem de gráficos com os valores preditos (médias) e
>> intervalos de confiança (ou bandas). Todavia existem pessoas da
>> escola antiga que querer ver tabelas com letras ao lado de médias
>> um em CV baixo, infelizmente.
>>
>> À disposição.
>> Walmes.
>>
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>> Walmes Marques Zeviani
>> LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S,
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