[R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04

Daniel C Bezerra danielcbezerra em gmail.com
Segunda Outubro 28 22:41:26 BRST 2013 

Para resolver o primeiro problema vc pode apagar os arquivos lock:

sudo rm /var/lib/apt/lists/lock

sudo rm /var/cache/apt/archives/lock

Este tipo de problema acontece quando vc tenta usar o apt-get por dois
lugares diferentes (exemplo: pelo terminal e pelo Synaptic). O Ubuntu tende
a travar ("lock") o que vc está usando para evitar problemas na instalação.

Pelo que vc escreveu acima me parece que vc não rodou o "apt-get install
-f" como administrador. Assim, vc poderia também usar como alternativa o
comando:
"sudo apt-get install -f".

Para resolver o problema com os pacotes vc deve ter que apagar a biblioteca
lattice e instalá-la novamente. Para isso verifique onde ela está e depois
apague. Faz assim:
Rode o R e use o comando:

library()

Vc terá a descrição da localização de cada biblioteca do R no seu
computador. O lattice usualmente está instalado em "/usr/lib/R/library"
então para apagar rode no terminal (fora do R):

sudo rm -R /usr/lib/R/library/lattice

Depois sugiro rodar o R como sudo ("sudo R") e instalar os pacotes que vc
precisa. Para usar o R no dia a dia execute-o sem privilégios de
administrador (sem o "sudo", ou seja, apenas usando "R" no terminal).

Abs,

Daniel



2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi em gmail.com>

> Quando uso o Atualizador de programas para atualizar o R ele me retorna a
> seguinte mensagem:
>
> "Verifique se você está utilizando repositórios de terceiros. Se estiver,
> desabilite-os, já que normalmente são fonte de problemas.
> Além disso, execute o seguinte comando em um Terminal: apt-get install -f"
>
> Rodo o comando 'apt-get install -f' no terminal e ele retorna o seguinte:
> "luciano em luciano:~$ apt-get install -f
> E: Não foi possível abrir arquivo de trava /var/lib/dpkg/lock - open (13:
> Permissão negada)
> E: Não foi possível criar acesso exclusivo ao directório de administração
> (/var/lib/dpkg/), é root?"
>
>
> já quando eu tento instalar o pacote 'vegan'
>
> Veja o que acontece:
>
>
> > install.packages('vegan')Installing package into ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0’
> (as ‘lib’ is unspecified)tentando a URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/vegan_2.0-9.tar.gz'Content type 'application/x-gzip' length 1939696 bytes (1.8 Mb)URL aberta==================================================downloaded 1.8 Mb
> * installing *source* package ‘vegan’ ...** package ‘vegan’ successfully unpacked and MD5 sums checked** libsgfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c cepin.f -o cepin.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c data2hill.c -o data2hill.o
> gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c decorana.f -o decorana.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c goffactor.c -o goffactor.o
> gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c monoMDS.f -o monoMDS.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c nestedness.c -o nestedness.o
> gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c ordering.f -o ordering.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c pnpoly.c -o pnpoly.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c stepacross.c -o stepacross.o
> gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe  -g  -c vegdist.c -o vegdist.o
> gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lRinstalling to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan/libs** R** data** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘lattice’ was built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed for package ‘vegan’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan’Warning in install.packages :
>   installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> 	‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>
>
>
> ok, tento instalar o lattice e mas o erro continua.
>
>
> Instalando o pacote lme4 o erro final é o seguinte:
>
>
> installing to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/libs** R** inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘codetools’ was built before R 3.0.0: please re-install itError : unable to load R code in package ‘Rcpp’ERROR: lazy loading failed for package ‘Rcpp’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp’Warning in install.packages :
>   installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘minqa’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/minqa’Warning in install.packages :
>   installation of package ‘minqa’ had non-zero exit statusERROR: dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’Warning in install.packages :
>   installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit statusERROR: dependencies ‘minqa’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’* removing ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/lme4’Warning in install.packages :
>   installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
>
> The downloaded source packages are in
> 	‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’
>
>
> Abraços,
> Luciano
>
>
> Em 28 de outubro de 2013 22:01, Daniel C Bezerra <danielcbezerra em gmail.com
> > escreveu:
>
> Qual o problema? O que aparece?
>>
>>
>> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi em gmail.com>
>>
>>> Prezados,
>>> Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R
>>> (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema
>>> operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit.
>>> Se alguém puder dar uma força serei grato.
>>> Abraços,
>>> Luciano
>>>
>>> --
>>>
>>> *Luciano F. Sgarbi
>>> *
>>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
>>> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
>>> *
>>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
>>>
>>> _______________________________________________
>>> R-br mailing list
>>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>>> código mínimo reproduzível.
>>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
>
> --
>
> *Luciano F. Sgarbi
> *
> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
> *
> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20131028/69987e9a/attachment.html>

Mais detalhes sobre a lista de discussão R-br