[R-br] Problemas com a atualização e instalação de pacotes no R no UBUNTU 13.04

Segunda Outubro 28 22:21:27 BRST 2013

Quando uso o Atualizador de programas para atualizar o R ele me retorna a
seguinte mensagem:

"Verifique se você está utilizando repositórios de terceiros. Se estiver,
desabilite-os, já que normalmente são fonte de problemas.
Além disso, execute o seguinte comando em um Terminal: apt-get install -f"

Rodo o comando 'apt-get install -f' no terminal e ele retorna o seguinte:
"luciano em luciano:~$ apt-get install -f
E: Não foi possível abrir arquivo de trava /var/lib/dpkg/lock - open (13:
Permissão negada)
E: Não foi possível criar acesso exclusivo ao directório de administração
(/var/lib/dpkg/), é root?"

já quando eu tento instalar o pacote 'vegan'

Veja o que acontece:

> install.packages('vegan')Installing package into ‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0’
(as ‘lib’ is unspecified)tentando a URL
'http://cran.rstudio.com/src/contrib/vegan_2.0-9.tar.gz'Content type
'application/x-gzip' length 1939696 bytes (1.8 Mb)URL
aberta==================================================downloaded 1.8
Mb
* installing *source* package ‘vegan’ ...** package ‘vegan’
successfully unpacked and MD5 sums checked** libsgfortran   -fpic  -O3
-pipe  -g  -c cepin.f -o cepin.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe
-g  -c data2hill.c -o data2hill.o
gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c decorana.f -o decorana.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe
-g  -c goffactor.c -o goffactor.o
gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c monoMDS.f -o monoMDS.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe
-g  -c nestedness.c -o nestedness.o
gfortran   -fpic  -O3 -pipe  -g  -c ordering.f -o ordering.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe
-g  -c pnpoly.c -o pnpoly.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe
-g  -c stepacross.c -o stepacross.o
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -pipe
-g  -c vegdist.c -o vegdist.o
gcc -std=gnu99 -shared -o vegan.so cepin.o data2hill.o decorana.o
goffactor.o monoMDS.o nestedness.o ordering.o pnpoly.o stepacross.o
vegdist.o -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib/R/lib -lRinstalling to
/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan/libs** R** data**
inst** preparing package for lazy loadingError : package ‘lattice’ was
built before R 3.0.0: please re-install itERROR: lazy loading failed
for package ‘vegan’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/vegan’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘vegan’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’

ok, tento instalar o lattice e mas o erro continua.

Instalando o pacote lme4 o erro final é o seguinte:

installing to /home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp/libs**
R** inst** preparing package for lazy loadingError : package
‘codetools’ was built before R 3.0.0: please re-install itError :
unable to load R code in package ‘Rcpp’ERROR: lazy loading failed for
package ‘Rcpp’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/Rcpp’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘Rcpp’ had non-zero exit statusERROR:
dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘minqa’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/minqa’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘minqa’ had non-zero exit statusERROR:
dependency ‘Rcpp’ is not available for package ‘RcppEigen’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/RcppEigen’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit statusERROR:
dependencies ‘minqa’, ‘Rcpp’, ‘RcppEigen’ are not available for
package ‘lme4’* removing
‘/home/luciano/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/lme4’Warning in
install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpBQbvDv/downloaded_packages’

Abraços,
Luciano

Em 28 de outubro de 2013 22:01, Daniel C Bezerra
<danielcbezerra em gmail.com>escreveu:

> Qual o problema? O que aparece?
>
>
> 2013/10/28 Luciano F. Sgarbi <luciano.f.sgarbi em gmail.com>
>
>> Prezados,
>> Sou novo no uso do OS linux e estou com problemas na atualização do R
>> (versão 3.0.2) e na instalação de qualquer pacote no R. Meu sistema
>> operacional é o UBUNTU 13.04, 32-bit.
>> Se alguém puder dar uma força serei grato.
>> Abraços,
>> Luciano
>>
>> --
>>
>> *Luciano F. Sgarbi
>> *
>> * Currículo Lattes <http://lattes.cnpq.br/9788198135883354>
>> **Dep. Ecologia, Instituto de Ciências Biológicas I**
>> *
>> *Universidade Federal de Goiás, campus II, Goiânia-GO, Brasil*
>>
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>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
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