[R-br] Dúvida pedigreemm vs lmer

[Jane Freitas]

Mauro, envio outro anexo. Testei aqui e rodou legal. Segue a rotina abaixo.

Agora, você ou alguém da lista sabe dizer por que os BLUPs do modelo sem
pedigree (Valor genético = aditivo+ dominância + epistático) foi menor que
os BLUPs dom modelo com o pedigree (Valor genético aditivo)???


> dadped<-read.table("genealogia2.csv", head=T, sep=";", dec=",")

> head(dadped)
  Num     Id    Mon    Dad
1   1 GPA518   <NA>   <NA>
2   2  GX458   <NA>   <NA>
3   3 GH3156 GPA518   <NA>
4   4  GS214  GX458   <NA>
5   5 RA1251  GS214 GH3156
6   6 AB1542 RA1251 GPA518

> require(lme4)

> require(pedigreemm)

> pedCana <- pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),
+                     dam = as.integer(dadped$Mon),
+                     label= as.character(1:9))

> fac <- relfactor(pedCana)

> MpedCana <- crossprod(fac)

> dat2<-read.table("dados_sem_ascestrais.csv", head=T, sep=";", dec=",",
na.strings="NA")

> head(dat2)
    geno id bloco corte local   Prod
1 RA1251  5     1     1     1 117.65
2 RA1251  5     2     1     1 125.35
3 RA1251  5     3     1     1 135.02
4 AB1542  6     1     1     1 101.03
5 AB1542  6     2     1     1 108.59
6 AB1542  6     3     1     1 108.45

> attach(dat2)
The following object(s) are masked from 'dat2 (position 3)':

    bloco, corte, geno, id, local, Prod

> Bloco1 <- factor(bloco)

> Corte1 <- factor(corte)

> Local1 <- factor(local)

> fm2 <- pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data
= dat2, pedigree = list(id = pedCana))

> BLUP.a <- ranef(fm2)$id; BLUP.a   # Valor genético aditivo
  (Intercept)
5   0.4146977
6  -1.1289438
7   1.2858838
8   0.1372509
9   0.2615716

> fm3 <-lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)

> BLUP.g <- ranef(fm3)$id; BLUP.g  # Valor genético
  (Intercept)
5  0.04624036
6 -0.51780417
7  0.30066464
8  0.06359092
9  0.10730825

> data.frame(BLUP.g, BLUP.a)
  X.Intercept. X.Intercept..1
5   0.04624036      0.4146977
6  -0.51780417     -1.1289438
7   0.30066464      1.2858838
8   0.06359092      0.1372509
9   0.10730825      0.2615716

>

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Edjane Gonçalves de Freitas
Engenheira Agrônoma - UFAL
Doutoranda - Lab. Genética e Estatística
Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP
Cel: (19) 8102-7790
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Nome: dados_sem_ascestrais.csv
Tipo: text/csv
Tamanho: 2019 bytes
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Nome: genealogia2.csv
Tipo: text/csv
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