<div dir="ltr"><div>Mauro, envio outro anexo. Testei aqui e rodou legal. Segue a rotina abaixo.</div><div> </div><div>Agora, você ou alguém da lista sabe dizer por que os BLUPs do modelo sem pedigree (Valor genético = aditivo+ dominância + epistático) foi menor que os BLUPs dom modelo com o pedigree (Valor genético aditivo)???</div>
<div> </div><div> </div><div>> dadped<-read.table("genealogia2.csv", head=T, sep=";", dec=",")</div><p>> head(dadped)<br>  Num     Id    Mon    Dad<br>1   1 GPA518   <NA>   <NA><br>
2   2  GX458   <NA>   <NA><br>3   3 GH3156 GPA518   <NA><br>4   4  GS214  GX458   <NA><br>5   5 RA1251  GS214 GH3156<br>6   6 AB1542 RA1251 GPA518</p><p>> require(lme4)</p><p>> require(pedigreemm)</p>
<p>> pedCana <- pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),<br>+                     dam = as.integer(dadped$Mon),<br>+                     label= as.character(1:9))</p><p>> fac <- relfactor(pedCana)</p><p>> MpedCana <- crossprod(fac)</p>
<p>> dat2<-read.table("dados_sem_ascestrais.csv", head=T, sep=";", dec=",", na.strings="NA")</p><p>> head(dat2)<br>    geno id bloco corte local   Prod<br>1 RA1251  5     1     1     1 117.65<br>
2 RA1251  5     2     1     1 125.35<br>3 RA1251  5     3     1     1 135.02<br>4 AB1542  6     1     1     1 101.03<br>5 AB1542  6     2     1     1 108.59<br>6 AB1542  6     3     1     1 108.45</p><p>> attach(dat2)<br>
The following object(s) are masked from 'dat2 (position 3)':</p><p>    bloco, corte, geno, id, local, Prod</p><p>> Bloco1 <- factor(bloco)</p><p>> Corte1 <- factor(corte)</p><p>> Local1 <- factor(local)</p>
<p>> fm2 <- pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2, pedigree = list(id = pedCana))</p><p>> BLUP.a <- ranef(fm2)$id; BLUP.a   # Valor genético aditivo<br>  (Intercept)<br>5   0.4146977<br>
6  -1.1289438<br>7   1.2858838<br>8   0.1372509<br>9   0.2615716</p><p>> fm3 <-lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)</p><p>> BLUP.g <- ranef(fm3)$id; BLUP.g  # Valor genético<br>
  (Intercept)<br>5  0.04624036<br>6 -0.51780417<br>7  0.30066464<br>8  0.06359092<br>9  0.10730825</p><p>> data.frame(BLUP.g, BLUP.a)<br>  X.Intercept. X.Intercept..1<br><font style="background-color:rgb(255,0,0)">5   0.04624036      0.4146977<br>
6  -0.51780417     -1.1289438<br>7   0.30066464      1.2858838<br>8   0.06359092      0.1372509<br>9   0.10730825      0.2615716</font></p><p>> <br clear="all"><br>-- <br><span style="color:rgb(102,102,102)">=================================================</span><br style="color:rgb(102,102,102)">
<span style="color:rgb(102,102,102)">Edjane Gonçalves de Freitas</span><br style="color:rgb(102,102,102)"><span style="color:rgb(102,102,102)">Engenheira Agrônoma - UFAL</span><br style="color:rgb(102,102,102)"><span style="color:rgb(102,102,102)">Doutoranda - Lab. Genética e Estatística</span><br style="color:rgb(102,102,102)">
<font color="#888888" style="color:rgb(102,102,102)">Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP<br>Cel: (19) 8102-7790</font><br style="color:rgb(102,102,102)"><span style="color:rgb(102,102,102)">==================================================</span><br>

</p></div>