[R-br] dim(X)

[Giselle Davi]

Bom dia,

eu não sei se reparam, mas a dimensão da matriz X continua diferente da citada no manual que seria de 254 x 41731, o que inflaciona na quantidade de dados perdidos e consequentemente, no gráfico que é gerado. Alguém teria alguma sugestão??

Att,

Giselle 



Em Quinta-feira, 21 de Novembro de 2013 13:01, Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com> escreveu:
 
Senhores, bom dia!

Talvez seja melhor ler diretamente a partir do arquivo '.gz'...

O código abaixo está testado e aparentemente atende ao que se pede. Está comentado com os principais resultados. Peço avaliar.


### <BEGIN>
setwd("C:/LAB/Tmp"); getwd() ### alterar!!!
dURL   <- "https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz"
gzFile <- strsplit(dURL, "/")[[1]][8]; gzFile

### fazendo o download
download.file(dURL, gzFile, mode='wb') 
### downloaded 4.3 Mb

### uma vez baixados, os arquivos comprimidos com bzip2, xvz, ou gzip podem 
### ser lidos diretamente com read.table()
GBS <- read.table(gzFile, sep=',', header=T, stringsAsFactors=F)
dim(GBS)
### [1] 41371   258

parse.GBS <- function(x) {
   unique.x <- unique(x)
   alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))
   y <- rep(0,length(x))
   y[which(x==alleles[1])] <- -1
   y[which(x==alleles[2])] <- 1
   y[which(x=="N")] <- NA
   return(y)
}

X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)
dim(X)
### [1]   255 41371

frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)})
length(which(frac.missing<0.5))
### [1] 16317

hist(frac.missing)
### OK!!!

### <END>

Atte.,


Éder Comunello <comunello.eder em gmail.com> 
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]



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