<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:HelveticaNeue, Helvetica Neue, Helvetica, Arial, Lucida Grande, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Bom dia,</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>eu não sei se reparam, mas a dimensão da matriz X continua diferente da citada no manual que seria de 254 x 41731, o que inflaciona na quantidade de dados perdidos e consequentemente, no gráfico que é gerado. Alguém teria alguma sugestão??</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue',
Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Att,</span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span><br></span></div><div style="color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px; font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; background-color: transparent; font-style: normal;"><span>Giselle </span></div><div class="yahoo_quoted" style="display: block;"> <br> <br> <div style="font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-size:
12pt;"> <div style="font-family: HelveticaNeue, 'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, 'Lucida Grande', sans-serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> Em Quinta-feira, 21 de Novembro de 2013 13:01, Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com> escreveu:<br> </font> </div> <div class="y_msg_container"><div id="yiv9364303101"><div><div dir="ltr"><div>Senhores, bom dia!</div><div><br clear="none"></div><div>Talvez seja melhor ler diretamente a partir do arquivo '.gz'...</div><div><br clear="none"></div><div>O código abaixo está testado e aparentemente atende ao que se pede. Está comentado com os principais resultados. Peço avaliar.</div>
<div><br clear="none"></div><div><br clear="none"></div><div><font face="courier new, monospace">### <BEGIN></font></div><div><font face="courier new, monospace">setwd("C:/LAB/Tmp"); getwd() ### alterar!!!</font></div><div><font face="courier new, monospace">dURL <- "<a rel="nofollow" shape="rect" target="_blank" href="https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz">https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s2.gz</a>"</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">gzFile <- strsplit(dURL, "/")[[1]][8]; gzFile</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br clear="none"></font></div><div><font face="courier new, monospace">### fazendo o download</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">download.file(dURL, gzFile, mode='wb') </font></div><div><font face="courier new, monospace">### downloaded 4.3 Mb</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br clear="none">
</font></div><div><font face="courier new, monospace">### uma vez baixados, os arquivos comprimidos com bzip2, xvz, ou gzip podem </font></div><div><font face="courier new, monospace">### ser lidos diretamente com read.table()</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">GBS <- read.table(gzFile, sep=',', header=T, stringsAsFactors=F)</font></div><div><font face="courier new, monospace">dim(GBS)</font></div><div><font face="courier new, monospace">### [1] 41371 258</font></div>
<div><font face="courier new, monospace"><br clear="none"></font></div><div><font face="courier new, monospace">parse.GBS <- function(x) {</font></div><div><font face="courier new, monospace"> unique.x <- unique(x)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace"> alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N"))</font></div><div><font face="courier new, monospace"> y <- rep(0,length(x))</font></div><div><font face="courier new, monospace"> y[which(x==alleles[1])] <- -1</font></div>
<div><font face="courier new, monospace"> y[which(x==alleles[2])] <- 1</font></div><div><font face="courier new, monospace"> y[which(x=="N")] <- NA</font></div><div><font face="courier new, monospace"> return(y)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">}</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br clear="none"></font></div><div><font face="courier new, monospace">X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS)</font></div><div><font face="courier new, monospace">dim(X)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">### [1] 255 41371</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br clear="none"></font></div><div><font face="courier new, monospace">frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(<a rel="nofollow" shape="rect" target="_blank" href="http://is.na/">is.na</a>(z)))/length(z)})</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">length(which(frac.missing<0.5))</font></div><div><font face="courier new, monospace">### [1] 16317</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br clear="none"></font></div><div><font face="courier new, monospace">hist(frac.missing)</font></div>
<div><font face="courier new, monospace">### OK!!!</font></div><div><font face="courier new, monospace"><br clear="none"></font></div><div><font face="courier new, monospace">### <END></font></div><div class="yiv9364303101gmail_extra"><font face="courier new, monospace"><br clear="none">
</font></div><div class="yiv9364303101gmail_extra"><font face="courier new, monospace">Atte.,</font></div><div class="yiv9364303101gmail_extra"><font face="courier new, monospace"><br clear="all"></font><div><div dir="ltr"><font face="courier new, monospace">Éder Comunello <<a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:comunello.eder@gmail.com" target="_blank" href="mailto:comunello.eder@gmail.com">c</a><a rel="nofollow" shape="rect" ymailto="mailto:omunello.eder@gmail.com" target="_blank" href="mailto:omunello.eder@gmail.com">omunello.eder@gmail.com</a>> <br clear="none">
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]<div class="yiv9364303101yqt5134560521" id="yiv9364303101yqtfd72332"><br clear="none"></div></font></div></div><div class="yiv9364303101yqt5134560521" id="yiv9364303101yqtfd86180">
<br clear="none"></div></div></div></div></div><br><div class="yqt5134560521" id="yqtfd96149">_______________________________________________<br clear="none">R-br mailing list<br clear="none"><a shape="rect" ymailto="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br clear="none"><a shape="rect" href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br clear="none">Leia o guia de postagem (<a shape="rect" href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.</div><br><br></div> </div> </div> </div> </div></body></html>