[R-br] Medidas repetidas no tempo: erro com cld() do multcomp

[Marcelo Laia]

Após algumas idas e vindas, comecei a analisar os dados que tenho
aqui. Brincar com eles.

Tudo ia bem até que fui tentar fazer um grafico das interações
utilizando a função cld() do pacote multcomp.

Para os dados analisados sem intereção ela funciona perfeitamente. O
problema está quando faço o gráfico da interação. Por favor, poderia
rodar o código abaixo para visualizar o problema?

datafilename="http://dl.dropbox.com/u/34009642/Dados_Omissao.csv"
data.min <- read.table(datafilename, header=T, sep="\t", dec=",")
head(data.min)
data.min <- within(data.min, {
  Clone <- factor(Clone)
  Dia <- factor(Dia)
  Trat <- factor(Trat)
  Planta <- factor(Planta)
})
summary(data.min)

library(nlme)

anova.lme.repetida <- lme(d ~ Clone * Trat * Dia, random =
~1|Planta/Dia, method = "ML", data = data.min)

anova(anova.lme.repetida)

library(multcomp)

Trat.h.Tukey <- glht(anova.lme.repetida, linfct=mcp(Trat="Tukey"))

letras <- cld(Trat.h.Tukey)

plot(letras)

#####################
# ATÉ AQUI O GRÁFICO ESTÁ OK
#####################

data.min$CloneTrat <- interaction(data.min$Clone, data.min$Trat)

head(data.min)

anova.lme.repetida.CloneTrat <- lme(h ~ CloneTrat, random =
~1|Planta/Dia, method = "ML", data = data.min)

anova(anova.lme.repetida.CloneTrat)

CloneTrat.Tukey <- glht(anova.lme.repetida.CloneTrat,
linfct=mcp(CloneTrat="Tukey"))

summary(CloneTrat.Tukey)

letras <- cld(CloneTrat.Tukey)

#par(cex=0.6)
opar <- par(mai=c(1,1,2.5,1))

plot(letras)

par(opar)

#######################

Aqui ele gera um gráfico diferente. Veja que no eixo y ele não coloca
o linear predictor, mas, sim, escreve os valores clone 144 e 224. Os
boxplots estão esquisitos. Como posso corrigir esse gráfico e seguir
com essa brincadeira?

Obrigado

-- 
Marcelo
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