[R-br] Sugestao de pacote

[Benilton Carvalho]

Entendi, Marcelo, agora esta' mais claro seu cenario e, de fato, o
snpStats nao se aplica diretamente. Voce ate' pode mudar os seus dados
para o formato pelo snpStats, mas vejo que o basico que vc precisa e'
comparacao de curvas de sobrevivencia...

Neste caso, vc precisa mudar o formato para utilizar o padrao de
sobrevivencia (individuo, tempo, censura, covariavel) e utilizar algo
como regressao de Cox....

b

Em 8 de julho de 2013 12:41, Marcelo Laia <marcelolaia em gmail.com> escreveu:
> Benilton,
>
> Ce tem certeza que o snpStats do Bioconductor pode ser considerado?
> Estive lendo sobre ele e vi tratar-se de SNPs.
>
> Por favor, não vi como rodar meus dados nele.
>
> Nesse meio tempo vi alguns pacotes: drc, eha e survival. No entanto,
> eles analisam do lado do inseto. Eu quero analisar do lado da
> planta. O pacote drc faz algo interessante, mas, considera
> dosagens. Eu modifiquei o exemplo desse pacote e troquei doses para
> tempo e herbicidas para genótipos. Ele fez o gráfico [1], mas, não sei
> se a estatística por de trás está correta a essa questão.
>
> 1. https://dl.dropboxusercontent.com/u/34009642/Rplots.pdf
>
> Alguma outra sugestão?
>
> Laia
>
> On 07/07/13 at 11:55pm, Benilton Carvalho wrote:
>> snpStats é um pacote a considerar
>> On 7 Jul 2013 18:50, "Marcelo Laia" <marcelolaia em gmail.com> wrote:
>>
>> > Preciso realizar uma análise sobre a resistência de dado genótipo a
>> > uma praga. O experimento foi o seguinte:
>> >
>> > genotipo   T0            T1  T2
>> > 1          10            8   3
>> > 2          10            10  10
>> > 3          10            2   0
>> > 4          10            1   0
>> > 5          10            10  10
>> > (...)
>> > n          10            8   2
>> >
>> > Em cada genótipo foram adicionados 10 insetos no tempo zero e
>> > passou-se a contar o número de sobreviventes a cada dia. Genótipos
>> > onde os insetos morreram de início são mais resistentes que aqueles em
>> > que os insetos sobreviveram mais tempo.
>> >
>> > Há repetição desse mesmo experimento ao longo do tempo. Foi observado
>> > que em determinada época do ano a mortalidade varia.
>> >
>> > Poderia sugerir um pacote que auxilia nesse tipo de análise? Ou
>> > sugerir material bibliográfico? Funções, etc...?
>> >
>> > Obrigado
>> >
>> >
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