[R-br] NMDS

[Cézar Borges]

Olá Walmes,O NMDS (Escalonamento multidimensional não-métrico) é uma análise multivariada de ordenação, cujo objetivo é avaliar a dissimilaridade da composição de espécies, com base na distância entre matrizes, ou seja, verificar se há distinção entre comunidades analisadas ou não.  O que estou querendo é inserir as variáveis ambientais nesta análise, para avaliar como estas variáveis influenciam na formação das comunidade.
Abaixo segue CRM que executei para tal análise: 
comp<-read.table('NMDS_GF.txt',h=T)> attach(comp)> plant<-comp[,5:6]> metric<-comp[,2:4]result<-metaMDS(plant,distance='bray',k=2,autotransform=F)Run 0 stress 0.08274154Run 1 stress 0.08273573... New best solution... procrustes: rmse 0.0003581494 max resid 0.001666632*** Solution reached> scor2dim<-scores(result)> #PORCENTAGEM DA VARIÂNCIA CAPTADA PELA NMDS> dist.final<-vegdist(scor2dim,'euclid')> summary(lm(vegdist(plant,'bray')~dist.final))Call:lm(formula = vegdist(plant, "bray") ~ dist.final)Residuals:Min 1Q Median 3Q Max-0.092385 -0.014669 0.000651 0.017290 0.144478Coefficients:Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)(Intercept) 0.006296 0.002274 2.768 0.00578 **dist.final 0.496852 0.003991 124.496 < 2e-16 ***---Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1Residual standard error: 0.02822 on 701 degrees of freedomMultiple R-squared: 0.9567, Adjusted R-squared: 0.9567F-statistic: 1.55e+04 on 1 and 701 DF, p-value: < 2.2e-16
Obrigado pela disposição.

Att,

 

Cézar  Fonseca Borges







Mestrando em Ciências Ambientais

UFPA/MPEG/EMBRAPA -
Amazônia Oriental

Geógrafo

Email: cezar-fonseca em hotmail.com/ caborges em museu-goeldi.br

Lattes: http://lattes.cnpq.br/9805721240137485 
 
 
 






Date: Tue, 2 Jul 2013 17:19:03 -0300
From: walmeszeviani em gmail.com
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] NMDS

Como não sou da área ficou comprometida a minha intenção em colaborar com você pelo vocabulário. Não sei o que NMDS. Talvez seja o caso de muitos da lista. Tente usar um vocabulário mais acessível e também fornecer um CMR como ponto de partida.


À disposição.
Walmes.
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