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<body class='hmmessage'><div dir='ltr'>Olá Walmes,<div>O NMDS (<i>Escalonamento multidimensional não-métrico</i>) é uma análise multivariada de ordenação, cujo objetivo é avaliar a dissimilaridade da composição de espécies, com base na distância entre matrizes, ou seja, verificar se há distinção entre comunidades analisadas ou não. O que estou querendo é inserir as variáveis ambientais nesta análise, para avaliar como estas variáveis influenciam na formação das comunidade.</div><div><br>Abaixo segue CRM que executei para tal análise: <br><div><font face="Times New Roman">comp<-read.table('NMDS_GF.txt',h=T)</font></div><div><font face="Times New Roman">> attach(comp)</font></div><div><font face="Times New Roman">> plant<-comp[,5:6]</font></div><div><font face="Times New Roman">> metric<-comp[,2:4]</font></div><div><font face="Times New Roman">result<-metaMDS(plant,distance='bray',k=2,autotransform=F)</font></div><div><font face="Times New Roman">Run 0 stress 0.08274154</font></div><div><font face="Times New Roman">Run 1 stress 0.08273573</font></div><div><font face="Times New Roman">... New best solution</font></div><div><font face="Times New Roman">... procrustes: rmse 0.0003581494 max resid 0.001666632</font></div><div><font face="Times New Roman">*** Solution reached</font></div><div><font face="Times New Roman">> scor2dim<-scores(result)</font></div><div><font face="Times New Roman">> #PORCENTAGEM DA VARIÂNCIA CAPTADA PELA NMDS</font></div><div><font face="Times New Roman">> dist.final<-vegdist(scor2dim,'euclid')</font></div><div><font face="Times New Roman">> summary(lm(vegdist(plant,'bray')~dist.final))</font></div><div><font face="Times New Roman">Call:</font></div><div><font face="Times New Roman">lm(formula = vegdist(plant, "bray") ~ dist.final)</font></div><div><font face="Times New Roman">Residuals:</font></div><div><font face="Times New Roman">Min 1Q Median 3Q Max</font></div><div><font face="Times New Roman">-0.092385 -0.014669 0.000651 0.017290 0.144478</font></div><div><font face="Times New Roman">Coefficients:</font></div><div><font face="Times New Roman">Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)</font></div><div><font face="Times New Roman">(Intercept) 0.006296 0.002274 2.768 0.00578 **</font></div><div><font face="Times New Roman">dist.final 0.496852 0.003991 124.496 < 2e-16 ***</font></div><div><font face="Times New Roman">---</font></div><div><font face="Times New Roman">Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1</font></div><div><font face="Times New Roman">Residual standard error: 0.02822 on 701 degrees of freedom</font></div><div><font face="Times New Roman">Multiple R-squared: 0.9567, Adjusted R-squared: 0.9567</font></div><div><font face="Times New Roman">F-statistic: 1.55e+04 on 1 and 701 DF, p-value: < 2.2e-16</font></div><div><br></div><div>Obrigado pela disposição.</div><div><br></div><font color="#366092">
</font><p align="left"></p><p class="ecxMsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt"><font size="3"><b><span style="font-family:Tahoma, sans-serif;color:rgb(54, 96, 146)">Att,</span></b><b><span style="font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#366092;background:white"><br>
</span></b><span style="font-family:Tahoma, sans-serif;color:rgb(54, 96, 146);background-color:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial"> <br>
</span><b><span style="font-family:Tahoma, sans-serif;color:rgb(54, 96, 146)">Cézar Fonseca Borges</span></b><span style="font-family:'Times New Roman', serif"></span></font></p>
<div class="ecxMsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;background-color:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial"><b><span style="font-family:Tahoma, sans-serif;color:rgb(54, 96, 146)"><font size="3">
<hr size="3" width="395" style="width:295.9pt" align="left">
</font></span></b></div>
<p class="ecxMsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;background-color:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial"><font size="3"><b><span style="font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#366092">Mestrando em Ciências Ambientais</span></b><span style="font-family:Tahoma, sans-serif;color:rgb(42, 42, 42)"><br>
</span><b><span style="font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#366092">UFPA/MPEG/EMBRAPA -
Amazônia Oriental</span></b><span style="font-family:"Segoe UI","sans-serif";color:#2A2A2A"></span></font></p>
<p class="ecxMsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;background-color:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial"><font size="3"><b><span style="font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#366092">Geógrafo</span></b><span style="font-family:"Segoe UI","sans-serif";color:#2A2A2A"></span></font></p>
<p class="ecxMsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;background-color:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial"><font size="3"><b><span style="font-family:Tahoma, sans-serif;color:rgb(54, 96, 146)">Email: cezar-fonseca@hotmail.com/ caborges@museu-goeldi.br</span></b><span style="font-family:"Segoe UI","sans-serif";color:#2A2A2A"></span></font></p>
<p class="ecxMsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;background-color:white;background-position:initial initial;background-repeat:initial initial"><font size="3"><b><span style="font-family:"Tahoma","sans-serif";color:#366092">Lattes: <a href="http://lattes.cnpq.br/9805721240137485" target="_blank"><span style="color:#366092">http://lattes.cnpq.br/9805721240137485</span></a><i> </i></span></b><span style="font-family:"Segoe UI","sans-serif";color:#2A2A2A"></span></font></p><BR><p align="left"><font size="3"> </font><br><b><i><font size="3"></font></i></b> <br><b><i><font size="3"></font></i></b> <br><br><br><br><br></p><br><br><div><hr id="stopSpelling">Date: Tue, 2 Jul 2013 17:19:03 -0300<br>From: walmeszeviani@gmail.com<br>To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br<br>Subject: Re: [R-br] NMDS<br><br><font face="trebuchet ms,sans-serif">Como não sou da área ficou comprometida a minha intenção em colaborar com você pelo vocabulário. Não sei o que NMDS. Talvez seja o caso de muitos da lista. Tente usar um vocabulário mais acessível e também fornecer um CMR como ponto de partida.<br>
<br>À disposição.<br>Walmes.<br><br clear="all"></font><div><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">==========================================================================</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">Walmes Marques Zeviani</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">fone: (+55) 41 3361 3573</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">VoIP: (3361 3600) 1053 1173</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">e-mail: <a href="mailto:walmes@ufpr.br" target="_blank">walmes@ufpr.br</a><br>
skype: walmeszeviani<br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;"></span><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">twitter: @walmeszeviani</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">homepage: <a href="http://www.leg.ufpr.br/~walmes" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/~walmes</a></span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">
<span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">linux user number: 531218</span><br style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;"><span style="font-family:trebuchet ms,sans-serif;">==========================================================================</span><br>
</div><br>
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.</div></div> </div></body>
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