[R-br] plot CCA

Renata Carvalho renataecology em gmail.com
Quarta Fevereiro 6 09:56:13 BRST 2013 

Ei FH, desculpe mas sou nova na R-br, oq é CMR? Não entendi muito bem sua
sugestão, são 180 linhas na matriz. Na verdade o que me interessa são os
sites que se chamam CODE na minha tabela. São 4 CODES e gostaria de que
fossem plotados como símbolos. O resultado do str(vare.cca) segue abaixo.
Renata



> str(vare.cca)
List of 12
 $ call       : language cca(formula = Y ~ Scale + CODE + AWMSI + NumP +
dIICM1 + CA, data = dados)
 $ grand.total: int 14250
 $ rowsum     : Named num [1:180] 0.01284 0.01221 0.00428 0.00182 0.00295
...
  ..- attr(*, "names")= chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
 $ colsum     : Named num [1:4] 0.0109 0.0147 0.0923 0.8821
  ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
 $ tot.chi    : num 0.0335
 $ pCCA       : NULL
 $ CCA        :List of 15
  ..$ eig      : Named num [1:3] 0.014421 0.001308 0.000155
  .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ u        : num [1:180, 1:3] -0.841 -0.735 0.384 0.311 0.395 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ v        : num [1:4, 1:3] -3.6741 -5.2473 2.1821 -0.0953 -3.3397 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ u.eig    : num [1:180, 1:3] -0.1009 -0.0883 0.0461 0.0374 0.0474 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ v.eig    : num [1:4, 1:3] -0.4412 -0.6301 0.262 -0.0114 -0.1208 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ wa.eig   : num [1:180, 1:3] -0.00198 -0.02677 -0.05176 0.25506
0.02216 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ wa       : num [1:180, 1:3] -0.0165 -0.2229 -0.4311 2.124 0.1845 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ biplot   : num [1:8, 1:3] 2.71e-18 2.64e-01 3.99e-01 5.34e-01
5.38e-01 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
  ..$ rank     : int 3
  ..$ qrank    : int 8
  ..$ tot.chi  : num 0.0159
  ..$ QR       :List of 4
  .. ..$ qr   : num [1:180, 1:8] 282.8427 0.1563 0.0925 0.0604 0.0768 ...
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : chr [1:180] "1" "2" "3" "4" ...
  .. .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ...
  .. ..$ rank : int 8
  .. ..$ qraux: num [1:8] 1.16 1.05 1 1 1.03 ...
  .. ..$ pivot: int [1:8] 1 2 3 4 5 6 7 8
  .. ..- attr(*, "class")= chr "qr"
  ..$ envcentre: Named num [1:8] 600 0.199 0.067 0.235 2.57 ...
  .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ...
  ..$ Xbar     : num [1:180, 1:4] 0.00599 0.00674 0.00346 -0.00445 0.00673
...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
  ..$ centroids: num [1:4, 1:3] -0.919 0.609 1.589 0.983 0.34 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:4] "CODECB" "CODECO" "CODECP" "CODEFR"
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3"
 $ CA         :List of 8
  ..$ eig    : Named num [1:3] 0.011644 0.005342 0.000656
  .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
  ..$ u      : num [1:180, 1:3] 0.997 0.862 -0.981 1.943 0.23 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
  ..$ v      : num [1:4, 1:3] -3.122 -3.472 2.725 -0.189 6.056 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
  ..$ u.eig  : num [1:180, 1:3] 0.1075 0.093 -0.1058 0.2096 0.0248 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
  ..$ v.eig  : num [1:4, 1:3] -0.3369 -0.3747 0.294 -0.0203 0.4426 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
  .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3"
  ..$ rank   : int 3
  ..$ tot.chi: num 0.0176
  ..$ Xbar   : num [1:180, 1:4] 0.00201 0.00393 0.00269 -0.00524 0.00615 ...
  .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ...
  .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen"
 $ method     : chr "cca"
 $ inertia    : chr "mean squared contingency coefficient"
 $ terms      :Classes 'terms', 'formula' length 3 Y ~ Scale + CODE + AWMSI
+ NumP + dIICM1 + CA
  .. ..- attr(*, "variables")= language list(Y, Scale, CODE, AWMSI, NumP,
dIICM1, CA)
  .. ..- attr(*, "factors")= int [1:7, 1:6] 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 ...
  .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. ..$ : chr [1:7] "Y" "Scale" "CODE" "AWMSI" ...
  .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
  .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
  .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1
  .. ..- attr(*, "intercept")= int 1
  .. ..- attr(*, "response")= int 1
  .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
 $ terminfo   :List of 3
  ..$ terms  :Classes 'terms', 'formula' length 2 ~Scale + CODE + AWMSI +
NumP + dIICM1 + CA
  .. .. ..- attr(*, "variables")= language list(Scale, CODE, AWMSI, NumP,
dIICM1, CA)
  .. .. ..- attr(*, "factors")= int [1:6, 1:6] 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 ...
  .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
  .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
  .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
  .. .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP"
...
  .. .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1
  .. .. ..- attr(*, "intercept")= int 1
  .. .. ..- attr(*, "response")= num 0
  .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv>
  ..$ xlev   :List of 1
  .. ..$ CODE: chr [1:4] "CB" "CO" "CP" "FR"
  ..$ ordered: Named logi [1:6] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
  .. ..- attr(*, "names")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ...
 - attr(*, "class")= chr "cca"

2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo em gmail.com>

> Veja o resultado de
>
> > str(vare.cca)
>
> Provavelmente é uma lista... aí você observa nessa lista, se tem alguma
> posicao que se chama sites, dentro dessa posição deve haver uma matriz,
> cujos nomes das linhas devem ser esses aí (row1, row2, row3, ...)
>
> Aí é só você mudar o nome das linhas dessa matriz e boa!
>
> Reportenos seus resultados!
>
> Lembrando que esse é apenas um chute, bem alto por sinal, afinal você não
> nos forneceu um CMR!
>
> att,
> FH
>
> 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology em gmail.com>
>
>> Bom dia, estou tentando fazer um plot de CCA mas não consigo colocar
>> símbolos como referência aos sites. O R renomeou cada site para row1, row2,
>> row3, Fui orientada a transformar cada site em número para depois atribuir
>> os símbolos mas não estou conseguindo. Até agora tenho utilizado estes
>> scripts:
>>
>> as.numeric (dados$CODE)
>>
>> plot(vare.cca, type="n")
>>
>> text(vare.cca, dis="cn")
>>
>> text(vare.cca, display = "sites", col="blue", cex=0.5)  # aqui os sites
>> aparecem no plot mas com o nome de row1, row2...
>>
>> Alguém sabe como posso fazer isso?
>>
>> obrigada
>>
>> Renata
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>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
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