[R-br] Organizacao de dados Netcdf
Jônatan
jdtatsch em gmail.com
Quarta Outubro 3 17:39:14 BRT 2012
Humberto sugiro que dê uma olhada nesse material do Walmes.
http://www.leg.ufpr.br/~walmes/ensino/ce223-2011-01/ce223-2011-01-aula22.R
[ ]'s
2012/10/1 Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com>
> Jonatan,
>
> Muito obrigado! Problema resolvido!!! Porém tenho uma pergunta em relação
> o "time" que na verdade sao datas mm/dd/yy, contudo aparece como numeros
> (ex. 731962) como posso fazer para converter-las para datas mesmo ou
> colocar em colunas dia, mes, ano?
>
>
> Humberto
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> Prof. Dr. Humberto Gomes Hazin
> Universidade Federal Rural de Pernambuco - UFRPE
> Unidade Acadêmica de Serra Talhada - UAST
> Coordenador do Curso de Engenharia de Pesca
> Fazenda Saco, S/N - Caixa Postal 063
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> Date: Sun, 30 Sep 2012 18:58:13 -0300
> From: jdtatsch em gmail.com
> To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
> Subject: Re: [R-br] Organizacao de dados Netcdf
>
>
> Humberto, voce pode fazer isso utilizando a pacote ncdf (versao 1.6.6) e a
> funcao melt do pacote reshape, conforme CMR abaixo.
>
>
> require(ncdf) #‘ncdf’ version 1.6.6
> require(reshape)
>
> nc <- open.ncdf("DML05_12.nc")
> nc
> # [1] "file DML05_12.nc has 4 dimensions:"
> # [1] "LONN55_12 Size: 68"
> # [1] "LAT46_103 Size: 58"
> # [1] "TIME Size: 96"
> # [1] "bnds Size: 2"
> # [1] "------------------------"
> # [1] "file DML05_12.nc has 2 variables:"
> # [1] "double TIME_bnds[bnds,TIME] Longname:TIME_bnds Missval:1e+30"
> # [1] "float MLD[LONN55_12,LAT46_103,TIME] Longname:argo mixed layer
> depth (m) Missval:-999"
>
> lat <- get.var.ncdf(nc, "LAT46_103")
> lon <- get.var.ncdf(nc, "LONN55_12")
> time <- get.var.ncdf(nc, "TIME")
>
> ## array da variavel MLD
> dml <- get.var.ncdf(nc, "MLD")
> str(dml)
> # num [1:68, 1:58, 1:96] 25.4 25.9 26.4 26.9 27.3 ...
>
> ## atribuindo dimnames conforme lon, lat e tempo
> dimnames(dml)[[1]] <- as.character(lon)
> dimnames(dml)[[2]] <- as.character(lat)
> dimnames(dml)[[3]] <- as.character(time)
> str(dml)
> #num [1:68, 1:58, 1:96] 25.4 25.9 26.4 26.9 27.3 ...
> #- attr(*, "dimnames")=List of 3
> #..$ : chr [1:68] "-55.5" "-54.5" "-53.5" "-52.5" ...
> #..$ : chr [1:58] "-44.5" "-43.5" "-42.5" "-41.5" ...
> #..$ : chr [1:96] "731962" "731993" "732021" "732052" ...
>
> ## melt para reestruturacao dos dados
> mdml <- melt(dml)
>
> head(mdml)
> # X1 X2 X3 value
> #1 -55.5 -44.5 731962 25.41
> #2 -54.5 -44.5 731962 25.91
> #3 -53.5 -44.5 731962 26.42
> #4 -52.5 -44.5 731962 26.89
> #5 -51.5 -44.5 731962 27.30
> #6 -50.5 -44.5 731962 27.63
>
> tail(mdml)
> # X1 X2 X3 value
> #378619 6.5 12.5 734853 NA
> #378620 7.5 12.5 734853 NA
> #378621 8.5 12.5 734853 NA
> #378622 9.5 12.5 734853 NA
> #378623 10.5 12.5 734853 NA
> #378624 11.5 12.5 734853 NA
>
> require(lattice)
> levelplot(value~X1+X2|factor(X3),data=mdml)
>
>
>
>
> 2012/9/30 Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com>
>
>
> Bom dia pessoal,
>
> Estou tentando extrair variáveis ambientais de arquivos formato netcdf.
> Até um certo momento consigo separtar em arquivos as Latitudes, Longitudes,
> time (mes/ano) e a dml (exemplo que mando aqui).
>
> Link para baixar os dados do exemplo
> https://www.dropbox.com/s/66dp4rgei791r52/DML05_12.nc
>
> nc <- open.nc("DML05_12.nc", write=TRUE)
> print.nc(nc)
> lat<-var.get.nc(nc, "LAT46_103")
> lon<-var.get.nc(nc, "LONN55_12")
> time<-var.get.nc(nc, "TIME")
> dml<-var.get.nc(nc, "MLD")
>
>
> Meu problema é que nao estou conseguindo organizar eles em colunas com
> seus respectivos valores para cada latitude, longitude, time e dml.
>
> o output final deveria ficar assim:
>
> lat lon time dml
> 1 -44.5 -55.5
> 2 -43.5 -55.5
> 3 -42.5 -55.5
> 4 -41.5 -55.5
> 5 -40.5 -55.5
> 6 -39.5 -55.5
>
>
> Agradeço a ajuda desde já
>
> Humberto
>
>
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