[R-br] Organizacao de dados Netcdf
Humberto Hazin
hghazin em hotmail.com
Segunda Outubro 1 18:06:57 BRT 2012
Jonatan,
Muito obrigado! Problema resolvido!!! Porém tenho uma pergunta em relação o "time" que na verdade sao datas mm/dd/yy, contudo aparece como numeros (ex. 731962) como posso fazer para converter-las para datas mesmo ou colocar em colunas dia, mes, ano?
Humberto
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Prof. Dr. Humberto Gomes Hazin
Universidade Federal Rural de Pernambuco - UFRPE
Unidade Acadêmica de Serra Talhada - UAST
Coordenador do Curso de Engenharia de Pesca
Fazenda Saco, S/N - Caixa Postal 063
CEP 56900-000
Serra Talhada - PE
Tel.(87) 3831-2206/3831-1927
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Date: Sun, 30 Sep 2012 18:58:13 -0300
From: jdtatsch em gmail.com
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Organizacao de dados Netcdf
Humberto, voce pode fazer isso utilizando a pacote ncdf (versao 1.6.6) e a funcao melt do pacote reshape, conforme CMR abaixo.
require(ncdf) #‘ncdf’ version 1.6.6require(reshape)
nc <- open.ncdf("DML05_12.nc")nc# [1] "file DML05_12.nc has 4 dimensions:"# [1] "LONN55_12 Size: 68"# [1] "LAT46_103 Size: 58"
# [1] "TIME Size: 96"# [1] "bnds Size: 2"# [1] "------------------------"# [1] "file DML05_12.nc has 2 variables:"# [1] "double TIME_bnds[bnds,TIME] Longname:TIME_bnds Missval:1e+30"
# [1] "float MLD[LONN55_12,LAT46_103,TIME] Longname:argo mixed layer depth (m) Missval:-999" lat <- get.var.ncdf(nc, "LAT46_103")lon <- get.var.ncdf(nc, "LONN55_12")
time <- get.var.ncdf(nc, "TIME")
## array da variavel MLD dml <- get.var.ncdf(nc, "MLD") str(dml) # num [1:68, 1:58, 1:96] 25.4 25.9 26.4 26.9 27.3 ...
## atribuindo dimnames conforme lon, lat e tempo dimnames(dml)[[1]] <- as.character(lon) dimnames(dml)[[2]] <- as.character(lat) dimnames(dml)[[3]] <- as.character(time)
str(dml) #num [1:68, 1:58, 1:96] 25.4 25.9 26.4 26.9 27.3 ... #- attr(*, "dimnames")=List of 3 #..$ : chr [1:68] "-55.5" "-54.5" "-53.5" "-52.5" ...
#..$ : chr [1:58] "-44.5" "-43.5" "-42.5" "-41.5" ... #..$ : chr [1:96] "731962" "731993" "732021" "732052" ...
## melt para reestruturacao dos dados mdml <- melt(dml) head(mdml) # X1 X2 X3 value #1 -55.5 -44.5 731962 25.41 #2 -54.5 -44.5 731962 25.91
#3 -53.5 -44.5 731962 26.42 #4 -52.5 -44.5 731962 26.89 #5 -51.5 -44.5 731962 27.30 #6 -50.5 -44.5 731962 27.63 tail(mdml) # X1 X2 X3 value
#378619 6.5 12.5 734853 NA #378620 7.5 12.5 734853 NA #378621 8.5 12.5 734853 NA #378622 9.5 12.5 734853 NA #378623 10.5 12.5 734853 NA #378624 11.5 12.5 734853 NA
require(lattice)levelplot(value~X1+X2|factor(X3),data=mdml)
2012/9/30 Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com>
Bom dia pessoal,
Estou tentando extrair variáveis ambientais de arquivos formato netcdf. Até um certo momento consigo separtar em arquivos as Latitudes, Longitudes, time (mes/ano) e a dml (exemplo que mando aqui).
Link para baixar os dados do exemplo
https://www.dropbox.com/s/66dp4rgei791r52/DML05_12.nc
nc <- open.nc("DML05_12.nc", write=TRUE)
print.nc(nc)
lat<-var.get.nc(nc, "LAT46_103")
lon<-var.get.nc(nc, "LONN55_12")
time<-var.get.nc(nc, "TIME")
dml<-var.get.nc(nc, "MLD")
Meu problema é que nao estou conseguindo organizar eles em colunas com
seus respectivos valores para cada latitude, longitude, time e dml.
o output final deveria ficar assim:
lat lon time dml
1 -44.5 -55.5
2 -43.5 -55.5
3 -42.5 -55.5
4 -41.5 -55.5
5 -40.5 -55.5
6 -39.5 -55.5
Agradeço a ajuda desde já
Humberto
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