[R-br] Organizacao de dados Netcdf

Humberto Hazin hghazin em hotmail.com
Segunda Outubro 1 18:06:57 BRT 2012


Jonatan,

Muito obrigado! Problema resolvido!!! Porém tenho uma pergunta em relação o "time" que na verdade sao datas mm/dd/yy, contudo aparece como numeros (ex. 731962) como posso fazer para converter-las para datas mesmo ou colocar em colunas dia, mes, ano?

Humberto

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Prof. Dr. Humberto Gomes Hazin
Universidade Federal Rural de Pernambuco - UFRPE
Unidade Acadêmica de Serra Talhada - UAST
Coordenador do Curso de Engenharia de Pesca
Fazenda Saco, S/N - Caixa Postal 063
CEP 56900-000
Serra Talhada - PE
Tel.(87) 3831-2206/3831-1927
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Date: Sun, 30 Sep 2012 18:58:13 -0300
From: jdtatsch em gmail.com
To: r-br em listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Organizacao de dados Netcdf

Humberto, voce pode fazer isso utilizando a pacote ncdf (versao 1.6.6) e a funcao melt do pacote reshape, conforme CMR abaixo.

require(ncdf) #‘ncdf’ version 1.6.6require(reshape)
  nc <- open.ncdf("DML05_12.nc")nc#  [1] "file DML05_12.nc has 4 dimensions:"#  [1] "LONN55_12   Size: 68"#  [1] "LAT46_103   Size: 58"
#  [1] "TIME   Size: 96"#  [1] "bnds   Size: 2"#  [1] "------------------------"#  [1] "file DML05_12.nc has 2 variables:"#  [1] "double TIME_bnds[bnds,TIME]  Longname:TIME_bnds Missval:1e+30"
#  [1] "float MLD[LONN55_12,LAT46_103,TIME]  Longname:argo mixed layer depth (m) Missval:-999"  lat <- get.var.ncdf(nc, "LAT46_103")lon <- get.var.ncdf(nc, "LONN55_12")
time <- get.var.ncdf(nc, "TIME")
  ## array da variavel MLD  dml <- get.var.ncdf(nc, "MLD")  str(dml)  # num [1:68, 1:58, 1:96] 25.4 25.9 26.4 26.9 27.3 ...
    ## atribuindo dimnames conforme lon, lat e tempo  dimnames(dml)[[1]] <- as.character(lon)  dimnames(dml)[[2]] <- as.character(lat)  dimnames(dml)[[3]] <- as.character(time)
  str(dml)  #num [1:68, 1:58, 1:96] 25.4 25.9 26.4 26.9 27.3 ...  #- attr(*, "dimnames")=List of 3  #..$ : chr [1:68] "-55.5" "-54.5" "-53.5" "-52.5" ...
  #..$ : chr [1:58] "-44.5" "-43.5" "-42.5" "-41.5" ...  #..$ : chr [1:96] "731962" "731993" "732021" "732052" ... 
    ## melt para reestruturacao dos dados  mdml <- melt(dml)    head(mdml)  #    X1    X2     X3 value  #1 -55.5 -44.5 731962 25.41  #2 -54.5 -44.5 731962 25.91
  #3 -53.5 -44.5 731962 26.42  #4 -52.5 -44.5 731962 26.89  #5 -51.5 -44.5 731962 27.30  #6 -50.5 -44.5 731962 27.63      tail(mdml)  #         X1   X2     X3 value
  #378619  6.5 12.5 734853    NA  #378620  7.5 12.5 734853    NA  #378621  8.5 12.5 734853    NA  #378622  9.5 12.5 734853    NA  #378623 10.5 12.5 734853    NA  #378624 11.5 12.5 734853    NA

require(lattice)levelplot(value~X1+X2|factor(X3),data=mdml)



2012/9/30 Humberto Hazin <hghazin em hotmail.com>






Bom dia pessoal,

Estou tentando extrair variáveis ambientais de arquivos formato netcdf. Até um certo momento consigo separtar em arquivos as Latitudes, Longitudes, time (mes/ano) e a dml (exemplo que mando aqui). 


Link para baixar os dados do exemplo
https://www.dropbox.com/s/66dp4rgei791r52/DML05_12.nc

nc <- open.nc("DML05_12.nc", write=TRUE)

print.nc(nc)
lat<-var.get.nc(nc, "LAT46_103")
lon<-var.get.nc(nc, "LONN55_12")

time<-var.get.nc(nc, "TIME")
dml<-var.get.nc(nc, "MLD")


Meu problema é que nao estou conseguindo organizar eles em colunas com 
seus respectivos valores para cada latitude, longitude, time e dml. 

o output final deveria ficar assim:
   lat   lon   time   dml 
1 -44.5 -55.5
2 -43.5 -55.5
3 -42.5 -55.5
4 -41.5 -55.5
5 -40.5 -55.5
6 -39.5 -55.5
Agradeço a ajuda desde já

Humberto






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