[R-br] Fwd: Re: Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.

Pedro Rafael pedro.rafael.marinho em gmail.com
Sábado Novembro 17 15:45:51 BRST 2012


Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.

[   ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.


Em 17 de novembro de 2012 14:45, Pedro Rafael <
pedro.rafael.marinho em gmail.com> escreveu:

> Obrigado pela opinião Leonard Mendonça.
>
> [   ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 17 de novembro de 2012 12:13, Leonard Mendonça de Assis [via R-br] <
> ml-node+s2285057n4657102h39 em n4.nabble.com> escreveu:
>
>  No meu entendimento é uma nova versão
>>
>> []s
>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>
>> Em 17/11/2012 11:32, Pedro Rafael escreveu:
>>
>> Benilton voce poderia me tirar uma dúvida? Já li a documentacao do R mas
>> nao ficou claro para mim. Caso eu queira fazer uma nova versao do pacote
>> pelo que eu entendi eu devo fazer upload do novo arquivo tar.gz informando
>> a nova versao. Contudo, caso eu precise fazer pequenos ajustes, por
>> exemplo, ajustes na documentacao. Como fazer isso sem mudar a versao do
>> pacote? Isso pode ser feito?
>> ---------- Mensagem encaminhada ----------
>>
>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=0>
>> >
>> Data: 16/11/2012 17:50
>> Assunto: Re: [R-br] Fwd: Re: [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>> Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657102&i=1>
>> >
>>
>>
>> Aguarde 24-48h, é o tempo do ciclo dos "builds".
>>  On 16 Nov 2012 20:47, "Pedro Rafael" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=0>>
>> wrote:
>>
>>>  Pessoal os binarios para windows e Mac sao gerados pelo CRAN? Vi em
>>> alguns pacotes que entraram nos espelhos hoje nao tem esses binarios.
>>> Existe uma mensagem do lado dizendo que os pacotes sao novos. Os binarios
>>> nao sao gerados logo quando o pacofe entra no CRAN?
>>>  ---------- Mensagem encaminhada ----------
>>> De: "beniltoncarvalho [via R-br]" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=1>>
>>>
>>>
>>> Data: 16/11/2012 17:01
>>> Assunto: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>  Para: "Pedro Rafael Diniz Marinho" <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657087&i=2>>
>>>
>>>
>>>
>>> Se vc rodar
>>>
>>>   R CMD check pacote
>>>
>>>  ou seu equivalente para o windows... o que sao os erros e o conteudo
>>> dos logs?
>>>
>>>  2012/11/16 tiago souza marçal <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=0>
>>> >
>>>
>>>  O meu path esta configurado da seguinte forma:
>>>
>>>  C:\Perl\site\bin;C:\Perl\bin;C:\Rtools\bin;C:\MiKTeX2.9\miktex\bin;C:\R\R-2.15.2\bin\i386;C:\MinGW\bin;C:\HTMLHelpWorkshop;C:\Program
>>> Files\Common Files\Microsoft
>>> Shared\WindowsLive;%LINDOAPI_HOME%bin\win32;C:\Windows\system32;C:\Windows;C:\Windows\System32\Wbem;C:\Windows\System32\WindowsPowerShell\v1.0\;C:\Program
>>> Files\Windows Live\Shared;C:\Program Files\Internet Explorer
>>>
>>>  Você vê algum problema?
>>>
>>>  Att.
>>>
>>>  Tiago.
>>>
>>>  ------------------------------
>>> Date: Fri, 16 Nov 2012 13:58:58 -0200
>>>
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=1>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=2>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> na minha vm windows, eu instalei primeiro o miktex, depois instalei o
>>> rtools. Deve ser alguma loucura do windows (Path faltando, por exemplo)
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>
>>> Em 16/11/2012 13:11, tiago souza marçal escreveu:
>>>
>>>  O Rtools eu tenho o problema e quando eu peço para gerar o PDF ( R CMD
>>> Rd2pdf ) ele me retorna uma mensagem de erro falando do MikTex 1.9,
>>> entretanto, eu estou utilizando o MikTex 2.9.
>>>
>>>  Att.
>>>
>>>  Tiago.
>>>
>>>  ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 20:33:21 -0200
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=3>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=4>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> RTools, errei o nome
>>>
>>> voce acha no CRAN
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>
>>> Em 15/11/2012 09:42, tiago souza marçal escreveu:
>>>
>>>  Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>>
>>>  Att.
>>>
>>>  Tiago.
>>>
>>>  ------------------------------
>>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=5>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=6>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>>> estamos usando.
>>>
>>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>>
>>> []s
>>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>>
>>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>>
>>>  Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>>
>>>  Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>>> Observe que foi retornado pra você um  WARNING no check dos arquivos.Rd
>>> com algumas mensagens de erro.
>>>
>>>  Espero ter te ajudado.
>>>
>>>  Att.
>>>
>>>  Tiago.
>>>
>>>  ------------------------------
>>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=7>
>>> To: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=8>
>>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>>
>>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro
>>> na hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>>
>>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>>
>>> * using log directory
>>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>>> * using session charset: UTF-8
>>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>>> * checking extension type ... Package
>>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>>> * checking package namespace information ... OK
>>> * checking package dependencies ... OK
>>> * checking if this is a source package ... OK
>>> * checking if there is a namespace ... OK
>>> * checking for executable files ... OK
>>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>>> * checking installed package size ... OK
>>> * checking package directory ... OK
>>> * checking for portable file names ... OK
>>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>>> * checking top-level files ... OK
>>> * checking index information ... OK
>>> * checking package subdirectories ... OK
>>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>>> * checking R files for syntax errors ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>>> ... OK
>>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>>> * checking replacement functions ... OK
>>> * checking foreign function calls ... OK
>>> * checking R code for possible problems ... OK
>>> * checking Rd files ... WARNING
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>>> * checking Rd metadata ... OK
>>> * checking Rd cross-references ... OK
>>> * checking for missing documentation entries ... OK
>>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>>> * checking Rd \usage sections ... OK
>>> * checking Rd contents ... OK
>>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>>> * checking examples ... OK
>>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>>> Rd conversion errors:
>>> Warning: unknown option '-'
>>> Warning in file(con, "r") :
>>>   cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>>> directory
>>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>>
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=9>
>>> > escreveu:
>>>
>>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas
>>> informações. Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei
>>> meus códigos. Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT  que
>>> eu não acho muito interessante porque quem quiser pode vender o código.
>>> Minha dúvida sobre a licença GPL ou GPL2  é se uma pessoa poderá desmanchar
>>> algum código que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome
>>> dos autores, etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por
>>> uma pessoa e depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara
>>> de fora  e reimplementou  o pacote e tirou o nome dos autores antigos e
>>> depois muita luta o nome dessas pessoas permaneceu  como "autores antigos".
>>> Isso ocorre com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção
>>> do pacote que deve ser respeitada?
>>>
>>> [   ],
>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>>
>>>
>>>  Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657081&i=10>>escreveu:
>>>
>>>
>>>
>>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>>
>>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>>> de submissão?
>>>
>>>  1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions"  que descreve isto
>>> em
>>> detalhes.
>>>
>>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>>
>>> R CMD check SEU_PACOTE
>>>
>>> e corrija todos os eventuais problemas
>>>
>>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>>> atualizações
>>> > fiquem disponíveis?
>>>
>>>  Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>>
>>> >
>>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote
>>> não seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>>> primeira
>>> > vez?
>>> >
>>>
>>>  Bem vindo ao Universo do Software livre
>>>
>>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>>> quiser
>>>
>>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>>
>>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>>> livre-se  destas preocupacoes
>>>
>>> >
>>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>>
>>>  Nao sao somente suas.
>>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>>> controvérsias!
>>>
>>> >
>>> > Obrigado à todos.
>>> > [   ],
>>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>> >
>>> >
>>> >
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>>> código mínimo reproduzível.
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