[R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.

Quinta Novembro 15 17:48:21 BRST 2012

*O engraçado é que o pacote instala e funciona sem problemas. Consigo ver a
documentação em html mas o PDF não foi gerado. Quando dou o R CMD check na
hora de gerar o pdf ocorre o seguinte erro:*

* checking for missing documentation entries ... OK
* checking for code/documentation mismatches ... OK
* checking Rd \usage sections ... OK
* checking Rd contents ... OK
* checking for unstated dependencies in examples ... OK
* checking examples ... OK
* checking PDF version of manual ... ERROR
Rd conversion errors:
Warning: unknown option '-'
Warning in file(con, "r") :
  cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
directory
Error in file(con, "r") : cannot open the connection

*No arquivo 00install.out aparece como se tivesse tudo ok:*

* installing *source* package ‘PRDM’ ...
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded

* DONE (PRDM)

[   ],
Pedro Rafael Diniz Marinho.

Em 15 de novembro de 2012 12:47, Pedro Rafael <
pedro.rafael.marinho em gmail.com> escreveu:

> O erro persiste. Eu acho que o problema não está no exemplo, tanto que
> posso omitir. O meu exemplo poderia ser um comentário.
>
>
> * checking PDF version of manual ... ERROR
> Rd conversion errors:
> Warning: unknown option '-'
> Warning in file(con, "r") :
>
>
> [   ],
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 15 de novembro de 2012 12:39, Tiago de Souza [via R-br] <
> ml-node+s2285057n4657028h45 em n4.nabble.com> escreveu:
>
>  Vamos fazer o seguinte eu te envio um exemplo que esta dando certo aqui
>> e você tenta fazer ele ai.
>>
>> anova.fat.dic<-function(fat1, fat2,resp){
>>
>> fat1<-factor(fat1)
>>
>> fat2<-factor(fat2)
>>
>> av<-aov(resp ~ fat1*fat2)
>>
>> y<-summary(av)
>>
>> return(y)
>>
>> }
>>
>> Eu não uso o linux mas espero que o exemplo te ajude.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 11:24:42 -0300
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Olá  Tiago de Souza como vai? Obrigado pela ajuda. No arquivo .Rd que
>> você me enviou está ocorrendo o erro que segue:
>>
>> * checking examples ... ERROR
>> Running examples in ‘PRDM-Ex.R’ failed
>> The error most likely occurred in:
>>
>> > ### Name: prdm
>> > ### Title: Meu Pacote
>> > ### Aliases: prdm
>> >
>> > ### ** Examples
>> >
>> >  fdp<- #defina o quem e esta variavel
>> +  fda<- #defina o quem e esta variavel
>> +  chuetes<- #defina o quem e esta variavel
>> +  dados<- #defina qual o conjunto de dados
>> +  prdm(fdp, fda, chutes, dados, method = "Nelder-Mead")
>> Error in optim(chutes, fn = vero, x = dados, control = list(maxit =
>> 50000),  :
>>   object 'chutes' not found
>> Calls: prdm -> optim
>> Execution halted
>>
>> Você acredita que o erro estava no exemplo?
>>
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 10:02, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=2>> escreveu:
>>
>>  Pedro, fiz algumas alterações no tópico arguments da uma olhada para
>> ver se você concorda. Deixei algumas instruções no tópico examples caso
>> o problema persista me envie este arquivo com as variáveis fdp, fda, chutes
>> e dados definidas no tópico examples e eu posso tentar te ajudar.
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>>
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:42 -0300
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Segue em anexo o pacote. Basta descompactar. Não estou vendo o erro.
>>
>>
>>
>> Obrigado.
>>
>>
>>
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 08:52, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=2>
>> > escreveu:
>>
>> No INSTALL não deu nenhum erro. O processo de instalação foi normal. Será
>> que eu poderia anexar meu exemplos para vocês dá uma olhada?
>>
>>
>> Obrigado.
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 15 de novembro de 2012 08:42, Tiago de Souza [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=3>> escreveu:
>>
>>  Leonard onde eu consigo baixar esse rutil?
>>
>> Att.
>>
>> Tiago.
>>
>> ------------------------------
>> Date: Thu, 15 Nov 2012 09:28:46 -0200
>>
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=0>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=1>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> No Windows tem que instalar o rutil recomendado para a versão do R que
>> estamos usando.
>>
>> Tenho uma VM windows 64 bits comigo e todos os problemas que encontrei
>> quando fuçei com pacotes foram referentes ao R não localizar todos os
>> 'bichinhos' do Rutil os quais precisava.
>>
>> []s
>> Leonard de Assishttp://about.me/ldeassis
>>
>> Em 15/11/2012 08:06, tiago souza marçal escreveu:
>>
>>  Estou com um problema parecido com o seu, porém, no Windows . No meu
>> caso o check do PDF está ok mas quando eu peço para ele ser gerado (R
>> CMD Rd2pdf) uma mensagem de erro e retornada informando uma versão
>> antiga do MikTex que eu não estou usando.
>>
>>  Mas no seu caso você observou mensagem de erro no processo de
>> instalação do pacote (R CMD INSTALL) ? Caso isso tenha ocorrido este
>> pode ter sido o problema, em função de algum erro na edição do arquivo.Rd.
>> Observe que foi retornado pra você um  WARNING no check dos arquivos.Rd
>> com algumas mensagens de erro.
>>
>>  Espero ter te ajudado.
>>
>>  Att.
>>
>>  Tiago.
>>
>>  ------------------------------
>> Date: Wed, 14 Nov 2012 23:27:37 -0300
>> From: [hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=2>
>> To: [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=3>
>> Subject: Re: [R-br] [Dúvida] Criando pacotes para o R.
>>
>> Pessoal estou estudando como criar pacotes no R e tive o seguinte erro na
>> hora de dar o check. Consigo gerar o arquivo tar.gz mas o pdf da
>> documentação não é criado. Alguém saberia me informar onde estaria o erro?
>>
>> OBS: Estou em uma máquina Linux.
>>
>> * using log directory
>> ‘/home/pedro/Documentos/Gama_Log_Logistica/FUNCAO_CODIGO/PRDM.Rcheck’
>> * using R version 2.15.1 (2012-06-22)
>> * using platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
>> * using session charset: UTF-8
>> * checking for file ‘PRDM/DESCRIPTION’ ... OK
>> * checking extension type ... Package
>> * this is package ‘PRDM’ version ‘1.0’
>> * checking package namespace information ... OK
>> * checking package dependencies ... OK
>> * checking if this is a source package ... OK
>> * checking if there is a namespace ... OK
>> * checking for executable files ... OK
>> * checking whether package ‘PRDM’ can be installed ... OK
>> * checking installed package size ... OK
>> * checking package directory ... OK
>> * checking for portable file names ... OK
>> * checking for sufficient/correct file permissions ... OK
>> * checking DESCRIPTION meta-information ... OK
>> * checking top-level files ... OK
>> * checking index information ... OK
>> * checking package subdirectories ... OK
>> * checking R files for non-ASCII characters ... OK
>> * checking R files for syntax errors ... OK
>> * checking whether the package can be loaded ... OK
>> * checking whether the package can be loaded with stated dependencies ...
>> OK
>> * checking whether the package can be unloaded cleanly ... OK
>> * checking whether the namespace can be loaded with stated dependencies
>> ... OK
>> * checking whether the namespace can be unloaded cleanly ... OK
>> * checking for unstated dependencies in R code ... OK
>> * checking S3 generic/method consistency ... OK
>> * checking replacement functions ... OK
>> * checking foreign function calls ... OK
>> * checking R code for possible problems ... OK
>> * checking Rd files ... WARNING
>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:30: All text must be in a section
>> prepare_Rd: PRDM-package.Rd:31: All text must be in a section
>> prepare_Rd: prdm.Rd:36-42: Dropping empty section \value
>> * checking Rd metadata ... OK
>> * checking Rd cross-references ... OK
>> * checking for missing documentation entries ... OK
>> * checking for code/documentation mismatches ... OK
>> * checking Rd \usage sections ... OK
>> * checking Rd contents ... OK
>> * checking for unstated dependencies in examples ... OK
>> * checking examples ... OK
>> * checking PDF version of manual ... ERROR
>> Rd conversion errors:
>> Warning: unknown option '-'
>> Warning in file(con, "r") :
>>   cannot open file '/home/pedro/Documentos/MESTRADO': No such file or
>> directory
>> Error in file(con, "r") : cannot open the connection
>>
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>> Em 14 de novembro de 2012 20:43, Pedro Rafael <[hidden email]<http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=4>
>> > escreveu:
>>
>> Grande Paulo Justiniano, como vai? Muito obrigado pelas suas informações.
>> Uso o Linux faz uns 6 anos mas nunca contribui ou publiquei meus códigos.
>> Estava vendo que a linguagem Julia vem com a licença MIT  que eu não acho
>> muito interessante porque quem quiser pode vender o código. Minha dúvida
>> sobre a licença GPL ou GPL2  é se uma pessoa poderá desmanchar algum código
>> que fiz ou mudar completamente o foco do pacote, retirar nome dos autores,
>> etc. Existe um pacote hoje muito usado no R que foi feito por uma pessoa e
>> depois de um tempo parou de ser mantido. Chegou um outro cara de fora  e
>> reimplementou  o pacote e tirou o nome dos autores antigos e depois muita
>> luta o nome dessas pessoas permaneceu  como "autores antigos". Isso ocorre
>> com certa frequência? Existe alguma periodicidade de manutenção do pacote
>> que deve ser respeitada?
>>
>> [   ],
>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>>
>>
>>  Em 14 de novembro de 2012 20:28, Paulo Justiniano [via R-br] <[hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657017&i=5>> escreveu:
>>
>>
>>
>> On Wed, 14 Nov 2012, Pedro Rafael wrote:
>>
>> > Pessoal, digamos que faço um pacote para o R. Como funciona o professo
>> de submissão?
>>
>>  1. Leia atentamente o manual "Writing R extensions"  que descreve isto
>> em
>> detalhes.
>>
>> 2 certifique-se que voce testou o seu pacote :
>>
>> R CMD check SEU_PACOTE
>>
>> e corrija todos os eventuais problemas
>>
>> > Digamos que eu submeta um pacote "meu_pacote" e depois queira
>> > fazer modificações no mesmo. Para acrescentar essas modificações eu
>> tenho que submeter novamente o pacote com o mesmo nome para que as
>> atualizações
>> > fiquem disponíveis?
>>
>>  Sim. Para isto voce alter a numero da versao no arquivo DESCRIPTION
>>
>> >
>> > Outra dúvida que tenho é sobre a segurança que tenho que meu pacote não
>> seja modificado. Qualquer pessoa pode pegar esse pacote e alterar ele
>> > completamente sem nenhuma permissão minha ou qualquer modificação tem
>> que ser acompanhada por intermédio da pessoa que submeteu o pacote pela
>> primeira
>> > vez?
>> >
>>
>>  Bem vindo ao Universo do Software livre
>>
>> Note que se voce quiser voce pode baixar os fontes do R e mudar o que
>> quiser
>>
>> Falando mais seriamente no DESCRIPTION voce define a licenca.
>> Leia sobre licxancas GPL e análogas
>>
>> Minha sugestao: internalize completamente o conceito de software livre e
>> livre-se  destas preocupacoes
>>
>> >
>> > São dúvidas bestas mas que nunca entendi direito.
>>
>>  Nao sao somente suas.
>> Não é por acaso que há uma diversidade de tipos de licensas, não sem
>> controvérsias!
>>
>> >
>> > Obrigado à todos.
>> > [   ],
>> > Pedro Rafael Diniz Marinho.
>> >
>> >
>> >
>>  _______________________________________________
>> R-br mailing list
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>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> ------------------------------
>>  If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657009.html
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>>
>>
>>
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>>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=4>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657020&i=5>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> *prdm.Rd* (1K) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657020/0/prdm.Rd>
>>
>>
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>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657020.html
>>  To unsubscribe from R-br, click here.
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble:email.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble:email.naml-instant_emails%21nabble:email.naml-send_instant_email%21nabble:email.naml>
>>
>>
>>
>> _______________________________________________ R-br mailing list [hidden
>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=3>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de
>> postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo
>> reproduz�vel.
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> [hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4657028&i=4>
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
>> *anova.fat.dic.Rd* (904 bytes) Download Attachment<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/attachment/4657028/0/anova.fat.dic.Rd>
>>
>>
>> ------------------------------
>>  If you reply to this email, your message will be added to the
>> discussion below:
>>
>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Duvida-Criando-pacotes-para-o-R-tp4657007p4657028.html
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>> .
>> NAML<http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
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>
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