[R-br] função image( ) - plotar valores selecionados

Vitor Aguiar vitor.aguiar em me.com
Quinta Maio 31 16:06:32 BRT 2012


Boa tarde,

alguém poderia me ajudar com a função image( )? Me desculpe por abusar do tempo de vocês, o texto abaixo é grande porém simples.

Tenho uma matrix de valores com que estou fazendo um heatmap usando a função image( ). Gostaria de plotar não apenas os valores observados na matrix, mas também valores que seriam possíveis mas não são observados. 

Isso significa o seguinte: 
Tenho uma matrix 16x16. Valores possíveis, mas não observados, correspondem a "0" (zeros) onde a soma (índice da linha + índice da coluna) são iguais ou menores que 15.

Exemplo: Se eu tenho um valor "0" na posição [14, 3], eu NÃO quero plotar, pois 14 + 3 = 17.
Se eu tenho um valor "0" na posição [11, 3], eu quero plotar, pois 11 + 3 = 14.

Eu queria que esses valores fossem plotados em cor diferente do meu heatmap, por exemplo, em azul.

Matrix:
x = c(3045, 893, 692, 830, 617, 155, 246, 657, 105, 60, 18, 7, 7, 4, 2, 11234, 2985, 2242, 2471, 1575, 366, 503, 1283, 170, 79, 32, 6, 4, 1, 3, 19475, 4756, 3233, 3251, 1810, 409, 575, 1210, 139, 41, 11, 4, 2, 0, 0, 20830, 4739, 2990, 2531, 1346, 298, 325, 612, 60, 17, 1, 0, 1, 0, 0, 15304, 3196, 1885, 1440, 610, 117, 115, 185, 14, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 8026, 1535, 806, 539, 223, 33, 37, 39, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3300, 562, 286, 141, 45, 14, 5, 12, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1067, 160, 65, 40, 14, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 277, 47, 6, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 72, 6, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 11, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0)

xmat = matrix(x, ncol = 12)

row15 = rep(0,16)
col12 = rep(0,15)
col13 = rep(0,15)
col14 = rep(0,15)
col15 = rep(0,15)
xmat = cbind(xmat, col12, col13, col14, col15)
xmat = rbind(xmat, row15)
dimnames(xmat) = list(0:15, 0:15)
xmat

# minha matrix original é a primeira xmat (15x12), mas estou criando essa outra com linhas e colunas de zeros pois, por exemplo, 0 + 15 = 15, e preciso plotar esse valor também. Mas se alguém tiver solução mais simples...

Desde já agradeço,

Vitor



Vitor Rezende da Costa Aguiar
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PhD candidate in biotechnology
Rede Nordeste de Biotecnologia
UFES, Brazil
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Current Adress: 
Department of Integrative Biology
University of California, Berkeley
2033 Valley Life Sciences Building #4134
Berkeley, CA 94720
Phone: 1 (510) 473-2070

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