[R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos

[Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil]

Amigos de R,

Eu nao posso dizer que tenho experiencia nesse topico, no entanto eu tenho
um parceiro que esta envolvido num projeto em comum comigo em que parte do
projeto é simulaçao de dados. Ele me cedeu o script e segue abaixo o pedaço
que fez com que a simulação demorasse de 6 para 1,5 horas. Talvez ajude.

#initiate a cluster to run the analysis and save the results for the
individual samples in parallel
cluster<-makeCluster(4, type = "SOCK")
clusterSetupRNG(cluster, seed = 29012001)
registerDoSNOW(cluster)

# Cycle through the conditions and use the cutpoint-function to generate
1000 samples for each condition and save the result for each group of
samples with the same condition into an csv-file.

foreach(i= 1:length(conditions[,1])) %dopar% {
tmp<-cutpoint(conditions[i,1], conditions[i,2], conditions[i,3],
conditions[i,4])
res<-cbind(conditions[i,1:4], tmp)
name<-paste(conditions[i,1], conditions[i,2], conditions[i,3],
conditions[i,4], ".txt", sep="_")
write.table(res, name)
}


Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil
Curriculum Lattes:  http://lattes.cnpq.br/6597654894290806
Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas
Fundação Oswaldo Cruz
Rio de Janeiro - Brasil
Av. Brasil 4365,
CEP 21040-360,
Tel 55 21 3865-9648
email: pedro.brasil em ipec.fiocruz.br
email: emmanuel.brasil em gmail.com

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Em 7 de março de 2012 11:09, Antonio Silva <aolinto.lst em gmail.com> escreveu:

> Benilton, obrigado. Vou ler sobre o pacote Rclusterpp.
>
> Elias, não sei o que é "CMR", desculpe me. Caso seja algum exemplo que se
> possa reproduzir, o que estou fazendo é a continuação de outra mensagem que
> escrevi e que você me deu uma ótima dica.
>
> dis<-vegdist(dados,"bray")
> clu<-hclust(dis,"ward")
>
> A matriz de dados que estou utilizando 20 mil linhas e 31 colunas. Para
> fazer a linha do hclust estou gastando mais que três horas. Tenho matrizes
> maiores que não rodaram por falta de memória, mas isto já é outro tópico,
> certo?
>
> Abraços,
>
> Antônio
>
>
>
>
>
>
> Em 7 de março de 2012 09:43, Elias T. Krainski <eliaskrainski em yahoo.com.br
> > escreveu:
>
> com um CMR seria mais facil postar uma dica :)
>>
>> Elias T. Krainski
>>
>>   ------------------------------
>> *De:* Antonio Silva <aolinto.lst em gmail.com>
>> *Para:* R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>> *Enviadas:* Quarta-feira, 7 de Março de 2012 9:20
>> *Assunto:* [R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos
>>
>> Olá,
>>
>> Rodo o R 64-bit no Ubuntu 10.04 em uma máquina com processador Core i7 e
>> 8 Gb de RAM.
>>
>> Nesta semana começei a fazer uma análise de cluster, utilizando
>> basicamente o pacote vegan, sobre uma matriz grande.
>>
>> O cálculo das ligações (hclust) levou três hora e meia para ser efetuado
>> (!!!). Vi que apenas um núcleo do processador estava sendo utilizado.
>>
>> Começei então a procurar alternativas que permitissem o aceleramento dos
>> cálculos e a utilização dos outros núcleos, que estão sub-utilizados.
>>
>> Li sobre o pacote multicore e outros, inclusive em mensagens nesta lista.
>> Muitas coisas não ficaram claras para mim e, no final, não compreendi como
>> proceder sua utilização no meu caso (ou mesmo se é possível).
>>
>> É possivel rodar uma análise de cluster fazendo utilização dos diversos
>> núcleos?
>>
>> Agradeço qualquer orientação e/ou indicação de documentação.
>>
>> Abraços,
>>
>> Antônio
>>
>> --
>> Antônio Olinto Ávila da Silva
>> Biólogo / Oceanógrafo
>> Instituto de Pesca
>> São Paulo, Brasil
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing list
>> R-br em listas.c3sl.ufpr.br
>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
>> código mínimo reproduzível.
>>
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> Biólogo / Oceanógrafo
> Instituto de Pesca (Fisheries Institute)
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