<font color="#000066"><font face="courier new,monospace">Amigos de R,</font></font><div><font color="#000066"><font face="courier new,monospace"><br></font></font></div><div><font color="#000066"><font face="courier new,monospace">Eu nao posso dizer que tenho experiencia nesse topico, no entanto eu tenho um parceiro que esta envolvido num projeto em comum comigo em que parte do projeto é simulaçao de dados. Ele me cedeu o script e segue abaixo o pedaço que fez com que a simulação demorasse de 6 para 1,5 horas. Talvez ajude.</font></font></div>
<div><font color="#000066"><font face="courier new,monospace"><br></font></font></div><div><font color="#000066"><font face="courier new,monospace"><div>#initiate a cluster to run the analysis and save the results for the individual samples in parallel </div>
<div>cluster<-makeCluster(4, type = "SOCK")</div><div>clusterSetupRNG(cluster, seed = 29012001) </div><div>registerDoSNOW(cluster)</div><div><br></div><div># Cycle through the conditions and use the cutpoint-function to generate 1000 samples for each condition and save the result for each group of samples with the same condition into an csv-file. </div>
<div><br></div><div>foreach(i= 1:length(conditions[,1])) %dopar% {</div><div>tmp<-cutpoint(conditions[i,1], conditions[i,2], conditions[i,3], conditions[i,4])</div><div>res<-cbind(conditions[i,1:4], tmp)</div><div>
name<-paste(conditions[i,1], conditions[i,2], conditions[i,3], conditions[i,4], ".txt", sep="_")</div>
<div>write.table(res, name)</div><div>}</div><div><br></div></font></font></div><div><font color="#000066"><font face="courier new,monospace"><br clear="all"></font></font><font face="'courier new', monospace" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#000066">Dr. Pedro Emmanuel A. A. do Brasil</font><div>
<font face="'courier new', monospace" style="background-color:rgb(255,255,255)" color="#000066">Curriculum Lattes:
<span style="text-align:left"><a href="http://lattes.cnpq.br/6597654894290806" target="_blank">http://lattes.cnpq.br/6597654894290806</a></span> <br>Instituto de Pesquisa Clínica Evandro Chagas<br>Fundação Oswaldo Cruz<br>
Rio de Janeiro - Brasil<br>Av. Brasil 4365, <br>CEP 21040-360,<br>Tel 55 21 3865-9648<br>email: <a href="mailto:pedro.brasil@ipec.fiocruz.br" target="_blank">pedro.brasil@ipec.fiocruz.br</a><br>email: <a href="mailto:emmanuel.brasil@gmail.com" target="_blank">emmanuel.brasil@gmail.com</a><br>
<br>---Apoio aos softwares livres<br><a href="http://www.zotero.org" target="_blank">www.zotero.org</a> - gerenciamento de referências bibliográficas. <br><a href="http://www.broffice.org" target="_blank">www.broffice.org</a> ou <a href="http://www.libreoffice.org/" target="_blank">www.libreoffice.org</a> - textos, planilhas ou apresentações.<br>
<a href="http://www.epidata.dk" target="_blank">www.epidata.dk</a> - entrada de dados.<br><a href="http://www.r-project.org" target="_blank">www.r-project.org</a> - análise de dados.<br><a href="http://www.ubuntu.com" target="_blank">www.ubuntu.com</a> - sistema operacional</font></div>
<br>
<br><br><div class="gmail_quote">Em 7 de março de 2012 11:09, Antonio Silva <span dir="ltr"><<a href="mailto:aolinto.lst@gmail.com">aolinto.lst@gmail.com</a>></span> escreveu:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Benilton, obrigado. Vou ler sobre o pacote Rclusterpp. <br><br>Elias, não sei o que é "CMR", desculpe me. Caso seja algum exemplo que se possa reproduzir, o que estou fazendo é a continuação de outra mensagem que escrevi e que você me deu uma ótima dica.<br>
<br>dis<-vegdist(dados,"bray")<br>clu<-hclust(dis,"ward")<br><br>A matriz de dados que estou utilizando 20 mil linhas e 31 colunas. Para fazer a linha do hclust estou gastando mais que três horas. Tenho matrizes maiores que não rodaram por falta de memória, mas isto já é outro tópico, certo?<br>
<br>Abraços,<br><br>Antônio<br><br><br><br><br><br><br><div class="gmail_quote">Em 7 de março de 2012 09:43, Elias T. Krainski <span dir="ltr"><<a href="mailto:eliaskrainski@yahoo.com.br" target="_blank">eliaskrainski@yahoo.com.br</a>></span> escreveu:<div>
<div class="h5"><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-size:12pt;font-family:times new roman,new york,times,serif"><div><span>com um CMR seria mais facil postar uma dica :)</span></div>
<div> </div><div>Elias T. Krainski<br><blockquote style="border-left:2px solid rgb(16,16,255);margin-left:5px;margin-top:5px;padding-left:5px"> <div style="font-size:12pt;font-family:'times new roman','new york',times,serif">
<div style="font-size:12pt;font-family:'times new roman','new york',times,serif"> <div dir="ltr"> <font face="Arial"> <hr size="1"> <b><span style="font-weight:bold">De:</span></b> Antonio Silva <<a href="mailto:aolinto.lst@gmail.com" target="_blank">aolinto.lst@gmail.com</a>><br>
<b><span style="font-weight:bold">Para:</span></b> R-br <<a href="mailto:r-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">r-br@listas.c3sl.ufpr.br</a>> <br> <b><span style="font-weight:bold">Enviadas:</span></b> Quarta-feira, 7 de Março de 2012 9:20<br>
<b><span style="font-weight:bold">Assunto:</span></b> [R-br] sobre a
utilização de processamento em vários núcleos<br> </font> </div><div><div> <br><div>Olá,<br><br>Rodo o R 64-bit no Ubuntu 10.04 em uma máquina com processador Core i7 e 8 Gb de RAM.<br><br>Nesta semana começei a fazer uma análise de cluster, utilizando basicamente o pacote vegan, sobre uma matriz grande.<br>
<br>O cálculo das ligações (hclust) levou três hora e meia para ser efetuado (!!!). Vi que apenas um núcleo do processador estava sendo utilizado.<br><br>Começei então a procurar alternativas que permitissem o aceleramento dos cálculos e a utilização dos outros núcleos, que estão sub-utilizados.<br>
<br>Li sobre o pacote multicore e outros, inclusive em mensagens nesta lista. Muitas coisas não ficaram claras para mim e, no final, não compreendi como proceder sua utilização no meu caso (ou mesmo se é possível).<br><br>
É possivel rodar uma análise de cluster fazendo utilização dos diversos núcleos?<br><br>Agradeço qualquer orientação e/ou indicação de documentação.<br><br>Abraços,<br><br>Antônio<br clear="all"><br>-- <br>Antônio Olinto Ávila da Silva<div>
Biólogo / Oceanógrafo</div><div>Instituto de Pesca<br></div><div>São Paulo, Brasil</div><br>
</div><br></div></div><div>_______________________________________________<br>R-br mailing list<br><a href="mailto:R-br@listas.c3sl.ufpr.br" target="_blank">R-br@listas.c3sl.ufpr.br</a><br><a href="https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br" target="_blank">https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br</a><br>
Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br><br> </div></div> </div> </blockquote></div> </div></div>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div></div></div><div><div class="h5"><br><br clear="all">
<br>-- <br>Antônio Olinto Ávila da Silva<div>
Biólogo / Oceanógrafo</div></div></div><div>Instituto de Pesca (Fisheries Institute)</div><div>São Paulo, Brasil</div><br>
<br>_______________________________________________<br>
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Leia o guia de postagem (<a href="http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia" target="_blank">http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia</a>) e forneça código mínimo reproduzível.<br></blockquote></div><br></div>