[R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos

Antonio Silva aolinto.lst em gmail.com
Quarta Março 7 11:09:55 BRT 2012


Benilton, obrigado. Vou ler sobre o pacote Rclusterpp.

Elias, não sei o que é "CMR", desculpe me. Caso seja algum exemplo que se
possa reproduzir, o que estou fazendo é a continuação de outra mensagem que
escrevi e que você me deu uma ótima dica.

dis<-vegdist(dados,"bray")
clu<-hclust(dis,"ward")

A matriz de dados que estou utilizando 20 mil linhas e 31 colunas. Para
fazer a linha do hclust estou gastando mais que três horas. Tenho matrizes
maiores que não rodaram por falta de memória, mas isto já é outro tópico,
certo?

Abraços,

Antônio






Em 7 de março de 2012 09:43, Elias T. Krainski
<eliaskrainski em yahoo.com.br>escreveu:

> com um CMR seria mais facil postar uma dica :)
>
> Elias T. Krainski
>
>   ------------------------------
> *De:* Antonio Silva <aolinto.lst em gmail.com>
> *Para:* R-br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
> *Enviadas:* Quarta-feira, 7 de Março de 2012 9:20
> *Assunto:* [R-br] sobre a utilização de processamento em vários núcleos
>
> Olá,
>
> Rodo o R 64-bit no Ubuntu 10.04 em uma máquina com processador Core i7 e 8
> Gb de RAM.
>
> Nesta semana começei a fazer uma análise de cluster, utilizando
> basicamente o pacote vegan, sobre uma matriz grande.
>
> O cálculo das ligações (hclust) levou três hora e meia para ser efetuado
> (!!!). Vi que apenas um núcleo do processador estava sendo utilizado.
>
> Começei então a procurar alternativas que permitissem o aceleramento dos
> cálculos e a utilização dos outros núcleos, que estão sub-utilizados.
>
> Li sobre o pacote multicore e outros, inclusive em mensagens nesta lista.
> Muitas coisas não ficaram claras para mim e, no final, não compreendi como
> proceder sua utilização no meu caso (ou mesmo se é possível).
>
> É possivel rodar uma análise de cluster fazendo utilização dos diversos
> núcleos?
>
> Agradeço qualquer orientação e/ou indicação de documentação.
>
> Abraços,
>
> Antônio
>
> --
> Antônio Olinto Ávila da Silva
> Biólogo / Oceanógrafo
> Instituto de Pesca
> São Paulo, Brasil
>
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> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
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Antônio Olinto Ávila da Silva
Biólogo / Oceanógrafo
Instituto de Pesca (Fisheries Institute)
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