[R-br] Modelo Animal - Pedigreemm

Segunda Maio 23 10:32:30 BRT 2011

Ok Fábio, vou conferir a análise bayesiana quando tiver um tempo. Quanto a solução do problema, encontrei um texto na web que pode ajudar, mas não estou conseguindo aplicar. Parece que tem haver com alteração nas funções. Mas não entendo muito desta parte de programação. Segue abaixo. Se vc enxergar uma luz e puder aplicar neste exemplo avise.
Obrigado.
pedigreemm with one observation per individual Here is a somewhat crude fix; it adds an additional parameter
(checklevels) to the lmer_finalize and glmer_finalize functions in
lme4 that turns off the unwanted sanity check.  The default is
checklevels=TRUE, which maintains the previous behavior.  The
pedigreemm function is then changed to set checklevels=FALSE before
calling the appropriate finalizing function.  I'm running these
changes locally and they seem to work fine.

Comments or suggestions are welcome, as is consideration of this
change or some variant on it for inclusion in the pedigreemm and lme4
packages.

----- in lmer.R in the lme4 package -----
lmer_finalize <- function(fr, FL, start, REML, verbose, checklevels=TRUE)
{
...
### This checks that the number of levels in a grouping factor < n
### Only need to check the first factor because it is the one with
### the most levels.
    if (checklevels & !(length(levels(dm$flist[[1]])) < length(Y)))
...

glmer_finalize <- function(fr, FL, glmFit, start, nAGQ, verbose,
checklevels=TRUE)
{
...
### This checks that the number of levels in a grouping factor < n
### Only need to check the first factor because it is the one with
### the most levels.
    if (checklevels & !(length(levels(dm$flist[[1]])) < ncol(dm$Zt)))
...

----- in pedigree.R in the pedigreemm package -----
pedigreemm <-
    function(formula, data, family = NULL, REML = TRUE, pedigree = list(),
...
    lmf$checklevels <- FALSE;
    ans <- do.call(if (!is.null(lmf$glmFit)) lme4:::glmer_finalize
else lme4:::lmer_finalize, lmf)
...
--- Em dom, 22/5/11, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br> escreveu:

De: Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>
Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm
Para: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Data: Domingo, 22 de Maio de 2011, 22:22

Qual o tipo de variável resposta que vc tem?
O fato de vc ter apenas uma repetição por indivíduo pode ser o problema!
A solução que posso oferecer é com o uso de Inferência Bayesiana. Tem uma library muito boa para glmm utilizando bayesiana, ela se chama MCMCglmm. Vc pode colocar a estrutura de covariância que desejar.
Ela é muito rápida, pelo menos nos exemplos que testei!!!
Qualquer coisa é só falar!
Valeu!!!         Fábio Mathias Corrêa

     Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e da
 Terra - DCET

Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia

Tel.: 73-3680-5076
De: Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32 em yahoo.com.br>
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>
Enviadas: Domingo, 22 de Maio de 2011 15:39
Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm

Ok Fábio, verifiquei no Technical note: An R package for fitting generalized linear mixed models in animal. Os exemplos tem dados do próprio pacote e consegui reproduzir. A questão é que estes exemplos tem mais de uma observação por indivíduo e no exemplo que estou pedindo um help tenho indivíduos sem repetição. Este é o problema que gostaria de contornar. Se tiver como resolver e um material sobre esta solução específica me indique. Se não tiver solução via R me avise também. 
Grato.
Marcelo.

--- Em sex, 20/5/11, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br> escreveu:

De: Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>
Assunto: Re: [R-br] Modelo
 Animal - Pedigreemm
Para: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Data: Sexta-feira, 20 de Maio de 2011, 16:08

Eu só consegui reproduzir o exemplo depois de ler o artigo. Recomendo o mesmo.
São dois artigos citados na library. Veja na documentação!
Valeu!!!         Fábio Mathias Corrêa

     Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET

Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia

Tel.: 73-3680-5076
De: Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32 em yahoo.com.br>
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman em yahoo.com.br>
Enviadas: Sexta-feira, 20 de Maio de 2011 13:04
Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm

Certo Ivan. Corrigido o problema de digitação. Mas o erro persiste.???????
Rode os dados abaixo:
Herd<-as.factor(c(1,2,1,2,1)) 

Animal<-as.factor(c(1,2,3,4,5)) 

Sire<-c(0,0,0,1,4) 

Dam<-c(0,0,0,2,3) 

Phenotyp<-c(100,130,120,110,140) 

require(pedigreemm) 

p<- pedigree(sire = Sire, 

dam = Dam, label= 1:5) 

model<-pedigreemm(Phenotyp~
(1|Animal)+ Herd, pedigree=list(Animal=p)) 

--- Em sex, 20/5/11, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman em yahoo.com.br> escreveu:

De: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman em yahoo.com.br>
Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm
Para: "R Brasil" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Data: Sexta-feira, 20 de Maio de 2011, 11:59

Olhe novamente para o seu exemplo. O fator 'Animal' está com seis observações!! Deveria estar como mesmo número de
 observações das demais fontes de variação e variáveis, ou seja, cinco observações.
Allaman(S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman 
Zootecnista
Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA 
email e msn - ivanalaman em yahoo.com.br 
Tel:
 (35)3826-6608/9900-2924
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