[R-br] Modelo Animal - Pedigreemm

[Fabio Mathias Corrêa]

Qual o tipo de variável resposta que vc tem?

O fato de vc ter apenas uma repetição por indivíduo pode ser o problema!

A solução que posso oferecer é com o uso de Inferência Bayesiana. Tem uma library muito boa para glmm utilizando bayesiana, ela se chama MCMCglmm. Vc pode colocar a estrutura de covariância que desejar.

Ela é muito rápida, pelo menos nos exemplos que testei!!!

Qualquer coisa é só falar!

Valeu!!!
 
        Fábio Mathias Corrêa


   Universidade Estadual de Santa Cruz
Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET


Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia


Tel.: 73-3680-5076


________________________________
De: Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32 em yahoo.com.br>
Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>
Enviadas: Domingo, 22 de Maio de 2011 15:39
Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm


Ok Fábio, verifiquei no Technical note: An R package for fitting generalized linear mixed models in animal. Os exemplos tem dados do próprio pacote e consegui reproduzir. A questão é que estes exemplos tem mais de uma observação por indivíduo e no exemplo que estou pedindo um help tenho indivíduos sem repetição. Este é o problema que gostaria de contornar. Se tiver como resolver e um material sobre esta solução específica me indique. Se não tiver solução via R me avise também. 

Grato.

Marcelo.

--- Em sex, 20/5/11, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br> escreveu:


>De: Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br>
>Assunto: Re: [R-br] Modelo
 Animal - Pedigreemm
>Para: "r-br em listas.c3sl.ufpr.br" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>Data: Sexta-feira, 20 de Maio de 2011, 16:08
>
>
>Eu só consegui reproduzir o exemplo depois de ler o artigo. Recomendo o mesmo.
>
>
>São dois artigos citados na library. Veja na documentação!
>
>
>Valeu!!!
> 
>        Fábio Mathias Corrêa
>
>
>   Universidade Estadual de Santa Cruz
>Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
>
>
>Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
>CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
>
>
>
>Tel.: 73-3680-5076
>
>
>________________________________
>De: Marcelo Cardoso mello <marcelo_cm32 em yahoo.com.br>
>Para: r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman em yahoo.com.br>
>Enviadas: Sexta-feira, 20 de Maio de 2011 13:04
>Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm
>
>
>Certo Ivan. Corrigido o problema de digitação. Mas o erro persiste.
>???????
>
>
>Rode os dados abaixo:
>
>
>Herd<-as.factor(c(1,2,1,2,1))
>Animal<-as.factor(c(1,2,3,4,5))
>Sire<-c(0,0,0,1,4)
>Dam<-c(0,0,0,2,3)
>Phenotyp<-c(100,130,120,110,140)
> 
>require(pedigreemm)
> 
>p<- pedigree(sire = Sire,
>dam = Dam, label= 1:5)
> 
>model<-pedigreemm(Phenotyp~
(1|Animal)+ Herd, pedigree=list(Animal=p))
> 
>--- Em sex, 20/5/11, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman em yahoo.com.br> escreveu:
>
>
>>De: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman em yahoo.com.br>
>>Assunto: Re: [R-br] Modelo Animal - Pedigreemm
>>Para: "R Brasil" <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
>>Data: Sexta-feira, 20 de Maio de 2011, 11:59
>>
>>
>>Olhe novamente para o seu exemplo. O fator 'Animal' está com seis observações!! Deveria estar como mesmo número de observações das demais fontes de variação e variáveis, ou seja, cinco observações.
>>
>>
>>Allaman
>>(S,f,P)
>> 
>>M.Sc Ivan Bezerra Allaman 
>>Zootecnista
>>Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA 
>>email e msn - ivanalaman em yahoo.com.br 
>>Tel: (35)3826-6608/9900-2924
>>-----Anexo incorporado-----
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