[R-br] Rstudio Muitos dados

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Pessoal gostaria de comportilhar com vocês,
Primeiramente gostaria de dizer que o Rstudio tem uma interface muito
amigavel, porem estou usando o RStudio Desktop 0.93.89 - Windows
XP/Vista/7 em um computador I7, 4gb Ram, 3Tb hd, Windows 7 64 bit e R
2.12.0, Quando gero por exemplo uma matrix de 500 x 500 e mando executa-la
ele trava, travando toda a maquina, quando um procedimento destes é feito
no RGui tudo roda sem problemas algum, desta forma gostaria de saber se
alguem de vocês já teve problema similar com o Rstudio no Windows. Outra
coisa que percebi é que quando se gera um objeto por exemplo uma matrix
500x500, avaliando o Rgui com o R executado no Rstudio o Rstudio aloca
muito mais memória para o processo, acho isso muito estranho.
Att