[R-br] Fwd: como trabalhar os dados desbalanceados no R
Gilson Sanchez
gilsonsch em gmail.com
Segunda Maio 2 15:41:33 BRT 2011
Grande Walmes
obrigado pelas dicas, mas eu não domino estatistica muito bem, então os
pacotes contrast::contrast() e a multcomp::glht(), eles vão me apresentar
que resultados, uma anova, comparação de médias (Tukey5%). Eu já trabalhei
com esse comandos mas não entendi os resultados
Assim, eu consegui trabalhar como se segue (Da melhorar em alguma coisa?)
###----------------------------------------------------------###
### ANALIZANDO VARIAVEL ptf ###
###----------------------------------------------------------###
anova.ptf <- lm(ptf ~ rep+subst*cult, data=dados)
anova(anova.ptf)
require(agricolae)
# Coeficiente de variação
cv.model(anova.ptf)
# Compração de médias (Tukey 5% de probabilidade)
compara1 <- HSD.test(anova.ptf, "subst")
compara1 <- HSD.test(anova.ptf, "cult")
# outros comandos
require(contrast)
lapply(levels(dados$subst),
function(i){
contrast(anova.ptf, type="average", list(subst=i,
cult=levels(dados$cult)))})
Erro em gendata.default(fit = list(coefficients = c(32460.5564692982, :
not enough factors
require(multcomp)
summary(glht(anova.ptf, linfct=mcp(subst="Tukey")))
Simultaneous Tests for General Linear Hypotheses
Multiple Comparisons of Means: Tukey Contrasts
Fit: lm(formula = ptf ~ rep + subst * cult, data = dados)
Linear Hypotheses:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
coco - carvão == 0 -5438.4 15818.4 -0.344 0.986
gado - carvão == 0 -5657.2 15818.4 -0.358 0.984
solo - carvão == 0 -11782.2 15818.4 -0.745 0.878
gado - coco == 0 -218.8 14575.8 -0.015 1.000
solo - coco == 0 -6343.8 14575.8 -0.435 0.972
solo - gado == 0 -6125.0 14575.8 -0.420 0.975
(Adjusted p values reported -- single-step method)
Mensagens de aviso perdidas:
In mcp2matrix(model, linfct = linfct) :
covariate interactions found -- default contrast might be inappropriate
---------- Forwarded message ----------
From: Gilson Sanchez <gilsonsch em gmail.com>
Date: 2011/5/2
Subject: Fwd: como trabalhar os dados desbalanceados no R
To: Grupo R-Br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Pessoal disculpa só agora que consegui conectar na internet
Walmes, é assim tenho 4 substratos, 5 cultivares e cada rep (repetiçao) é
considerado um bloco (não sei se é o caso da anaova erro tipo III) e muitas
outras variaveis que também apresentam NA (exemplo de dados embaixo do
texto).
Eu estou tentando trabalhar assim,
dados<-read.table("estatistica.txt", header=TRUE)
dados
library(car)
dados$rep<-as.factor(dados$rep)
modelo <- lm(ptf ~ subst+cult+rep+subst:cult, data=dados, contrasts =
list(subst=contr.sum, cult=contr.sum, rep=contr.sum))
Anova(modelo, type="III")
Até o momento eu consigo rodar os dados de este jeito, mas se eu quero rodar
os dados como segue me baixo não consigo
anova <- lm(PTF~SUBST+CULT+REPET+SUBST:CULT, data=dados)
Edson, não encontrei nada sobre ?complete.case.
Obrigados
subst cult rep pesofresco coco setcopa 1 9218,75 coco setcopa 2
18343,75 coco setcopa 3 26750,00 coco setcopa 4 12450,00 coco olympo 1
7281,25 coco olympo 2 30281,25 coco olympo 3 62468,75 coco olympo 4
27906,25 coco fasinio 1 2531,25 coco fasinio 2 23643,75 coco fasinio 3
29062,50 coco fasinio 4 74968,75 coco duradouro 1 22312,50 coco duradouro
2 35593,75 coco duradouro 3 87062,50 coco duradouro 4 47156,25 coco
debora 1 22218,75 coco debora 2 48000,00 coco debora 3 40406,25 coco
debora 4 19312,50 gado setcopa 1 63093,75 gado setcopa 2 17406,25 gado
setcopa 3 50187,50 gado setcopa 4 29281,25 gado olympo 1 59406,25 gado
olympo 2 44281,25 gado olympo 3 49437,50 gado olympo 4 42156,25 gado
fasinio 1 61406,25 gado fasinio 2 55375,00 gado fasinio 3 6250,00 gado
fasinio 4 48812,50 gado duradouro 1 37281,25 gado duradouro 2 9406,25
gado duradouro 3 75187,50 gado duradouro 4 58687,50 gado debora 1 24250,00
gado debora 2 32750,00 gado debora 3 36843,75 gado debora 4 35218,75
carvão setcopa 1 6125,00 carvão setcopa 2 NA carvão setcopa 3
29562,50 carvão setcopa 4 70375,00 carvão olympo 1 37812,50 carvão olympo
2 NA carvão olympo 3 11062,50 carvão olympo 4 48906,25 carvão fasinio
1 81718,75 carvão fasinio 2 NA carvão fasinio 3 NA carvão fasinio
4 72375,00 carvão duradouro 1 9531,25 carvão duradouro 2 NA carvão
duradouro 3 29812,50 carvão duradouro 4 66343,75 carvão debora 1 39156,25
carvão debora 2 NA carvão debora 3 8625,00 carvão debora 4 66781,25
solo setcopa 1 17656,25 solo setcopa 2 34218,75 solo setcopa 3 11343,75
solo setcopa 4 31718,75 solo olympo 1 35906,25 solo olympo 2 61468,75
solo olympo 3 38750,00 solo olympo 4 42218,75 solo fasinio 1 19750,00
solo fasinio 2 51468,75 solo fasinio 3 60156,25 solo fasinio 4 17687,50
solo duradouro 1 63937,50 solo duradouro 2 32000,00 solo duradouro 3
21437,50 solo duradouro 4 28500,00 solo debora 1 26593,75 solo debora 2
32968,75 solo debora 3 18687,50 solo debora 4 26312,50
---------- Forwarded message ----------
From: Gilson Sanchez <gilsonsch em gmail.com>
Date: 2011/4/30
Subject: como trabalhar os dados desbalanceados no R
To: Grupo R-Br <r-br em listas.c3sl.ufpr.br>
Pessoal,
mais uma vez consultando vc's
tenho um amigo que esta avaliando 4 substratos, 5 cultivares e 4 repetições
e muitas variáves de estudo.
então dentro das avaliações ele perdeu alguns dados, no SAS esses dados
perdidos são inseridos como ponto (.) no R são inseridos como NA, mas quando
eu tento fazer uma anova eu não consigo, sai erro, então como eu posso
trabalhar com esses tipos de dados
dados<-read.table("dados.estatistica.txt", header=TRUE)
dados
attach(dados)
anova <- lm(PTF~SUBST+CULT+REPET+SUBST:CULT, data=dados)
> anova <- lm(PTF~SUBST+CULT+REPET+SUBST:CULT, data=dados.y)
Erro em storage.mode(y) <- "double" :
inválido mudar o modo de armazenamento de um fator
Além disso: Mensagens de aviso perdidas:
In model.response(mf, "numeric") :
usando type="numeric" com um fator resposta será ignorada
outro, eu utlizaria o erro tipo III na anova?
--
MSc. Gilson Sánchez Chia
Laboratório de Fisiologia Vegetal
Embrapa Amazônia Ocidental
Fone: (92) 3303-7841
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