[R-br] ANOVA por medidas repetidas

[Evandro Malanski]

Pessoal, tenho algumas dúvidas quanto a ANOVA. Se puderem me ajudar, ficarei muito grato.

Montei o seguinte experimento com medição de organismos:
3 analisadores diferentes
3 magnificações no microscópio possíveis
2 técnicas de medição diferentes
90 organismos

Dos 90 organismos, 30 foram medidos pela magnificação 1, outros 30 na magnificação 2, e os últimos 30 na magnificação 3, por cada um dos 3 analisadores, e usando as 2 técnicas.
Ou seja, para cada organismo, tenho 6 medidas.
Eu montei a planilha da seguinte forma, mostrando somente as 10 primeiras medições:

> compara
    Larva     Técnica Analisador Magnificação  Medida
1       1      1                    1          20x  3.8303
2       2      1                    1          20x  4.2159
3       3      1                    1          20x  4.4470
4       4      1                    1          20x  4.9549
5       5      1                    1          20x  4.0265
6       6      1                    1          20x  3.9235
7       7      1                    1          20x  3.7697
8       8      1                    1          20x  3.9166
9       9      1                    1          20x  3.5777
10     10      1                    1          20x  3.7515
...

Como eu tenho medidas repetidas, usei a seguinte análise do R:

compara.aov<- aov(Medida~Analisador+Magnificação+Técnica+
    Analisador:Magnificação+Analisador:Técnica+Magnificação:Técnica+
    Analisador:Magnificação:Técnica)

Ou seja, até mesmo a interação entre os fatores analiso.
Contudo, agora que enviei para correção o meu trabalho, questionaram que a análise está incorreta.
Segue o sumário da análise que fiz, e destaco o grau de liberdade do resíduo, que foi a partir daí que me questionaram:

> summary(compara.aov)
                                                  Df  Sum Sq Mean Sq  F value Pr(>F)    
Analisador                                    2    0.43    0.21   0.2253 0.7984    
Magnificação                                2 1278.94  639.47 672.4928 <2e-16 ***
Técnica                                        1    0.03    0.03   0.0288 0.8654    
Analisador:Magnificação                4    0.13    0.03   0.0330 0.9979    
Analisador:Técnica                       2    0.44    0.22   0.2336 0.7918    
Magnificação:Técnica                   2    0.86    0.43   0.4521 0.6366    
Analisador:Magnificação:Técnica   4    0.10    0.03   0.0269 0.9986    
Residuals                                 522  496.37    0.95                    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Esta análise eu fiz para observar se haveriam diferenças significativas entre técnicas.
Falaram que minha comparação não está baseada nas 90 larvas medidas, mas sim em todas as 540 medidas que eu tenho, como verificado nos graus de liberdade dos resíduos.
Alguém saberia me explicar melhor isso?
E, como eu poderia solucionar esse erro? Modificando a organização da planilha dos dados? Modificando a análise?
Agradeço a ajuda.

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Evandro Malanski, Oc. 
Curso de Mestrado em Oceanografia Biológica
Laboratório de Ecologia do Ictioplâncton - LEI
Instituto de Oceanografia - IO
Universidade Federal de Rio Grande - FURG
+55(53)3233-6529 / +55(53)8439-6755

Master Course in Biological Oceanography
Ichthyoplankton Ecology Laboratory - LEI
Oceanography Institute - IO
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