[R-br] Declarar matriz Z modelos mistos
Eder David Borges da Silva
eder em leg.ufpr.br
Terça Agosto 23 14:26:56 BRT 2011
Fabio,
Extamente isso que estava procurando, valeu pela ajuda.
Tinha colocada o mesmo post na R-SIG-MIXED, e segundo o Bates, ele tem
ideias de deixar isso como possibilidade de declarar na lmer
https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mixed-models/2011q3/006587.html
Valeu Fabio
Éder
Em 23 de agosto de 2011 08:28, Fabio Mathias Corrêa <fabio.ufla em yahoo.com.br
> escreveu:
> Éder,
>
> Na verdade, o que ocorre é um modelo de seleção via regressão. Então, cada
> marcador deve ser inserido como um coeficiente de modelo de regressão.
>
> Eu não havia lido a apostila antes...rsrsrsrs.
>
> A lmer não realiza esse tipo de análise. Para isso vc deve utilizar a
> library rrBLUP.
>
> Utilizando os seus dados, deve realizar o procedimento da seguinte maneira.
>
>
> # Veja o help da library!
> cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/rrBLUP.pdf
>
> library(rrBLUP)
>
> dados <- data.frame(ind=c(1:5),
> diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55),
> M1=c(2,1,0,1,1),
> M2=c(0,1,2,0,0),
> M3=c(0,0,0,1,0),
> M4=c(0,0,0,0,1),
> M5=c(2,1,0,1,1),
> M6=c(0,1,0,0,1),
> M7=c(0,0,2,0,0))
> dados
>
> G2 <- dados[,3:ncol(dados)]
>
> # A matriz Z deve ter apenas -1,0 e 1, que corresponde a 1,0 e 2 na sua
> matriz.
>
> G3 <- apply(G2,2,function(x) ifelse(x==1,-1, ifelse(x!=0,1,0)))
>
> # G3 é sua nova matriz!
>
> result <- mixed.solve(y=dados$diametro, Z=G3, K=diag(7))
> result
>
> $Vu
> [1] 0.8537734
>
> $Ve
> [1] 5.45131
>
> $beta
> [1] 11.2199
>
> $u
> [1] -0.40714456 -0.54215342 -0.35285351 0.33237757 -0.40714456 0.02959554
> [7] -0.23937139
>
> $LL
> [1] -9.760329
>
> Valeu!!!
>
> Fábio Mathias Corrêa
>
> Universidade Estadual de Santa Cruz
> Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
>
>
> Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
> CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
>
>
> Tel.: 73-3680-5076
> ------------------------------
> *De:* Eder David Borges da Silva <eder em leg.ufpr.br>
> *Para:* r-br em listas.c3sl.ufpr.br; Fabio Mathias Corrêa <
> fabio.ufla em yahoo.com.br>
> *Enviadas:* Segunda-feira, 22 de Agosto de 2011 14:13
> *Assunto:* Re: [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos
>
> Fabio,
> Esta forma de declarar não funciona, tinha tentado esta opção, desta forma
> para cada Mxx é gerado um efeito para 0 ,1 e 2 caso tenha os três, mas pelo
> exemplo é um efeito para Mxx como se fosse um slope para cada Mxx, e o 0,1,2
> seriam os niveis. Desta forma o teriam um componente para cada Mxx, mas no
> problema só existe um componente único que engloba a variação de todos estes
> Mxx.
> Obrigado pela resposta
> Att
>
> Em 22 de agosto de 2011 07:35, Fabio Mathias Corrêa <
> fabio.ufla em yahoo.com.br> escreveu:
>
> Éder,
>
> Os efeitos aleatórios devem ser especificados como no exemplo abaixo.
>
> m1 <- lmer(diametro~1+(1|M1) + (1|M2) + (1|M3) + (1|M4) + (1|M5) + (1|M6) +
> (1|M7),dados)
> summary(m1)
> ranef(m1)
>
> dotplot(ranef(m1, postVar=TRUE))$M1 # Plota os efeitos aleatórios e seus
> IC's.
>
> Valeu!!!
>
>
> Fábio Mathias Corrêa
>
> Universidade Estadual de Santa Cruz
> Departamento de Ciências Exatas e da Terra - DCET
>
>
> Campus Soane Nazaré de Andrade, km 16 Rodovia Ilhéus-Itabuna
> CEP 45662-900. Ilhéus-Bahia
>
>
> Tel.: 73-3680-5076
> ------------------------------
> *De:* Eder David Borges da Silva <eder em leg.ufpr.br>
> *Para:* R-br em listas.c3sl.ufpr.br
> *Enviadas:* Domingo, 21 de Agosto de 2011 15:52
> *Assunto:* [R-br] Declarar matriz Z modelos mistos
>
> Pessoal,
> dado um modelo y = Xb + Zu + e , modelo misto com Xb parte fixa e Zu parte
> aleatoria, estou tentando entender melhor a analise feita neste documento,
> http://www.infoteca.cnptia.embrapa.br/bitstream/doc/883425/1/Doc210.pdf ,
> pagina 54, ao meu entendimento é um modelo misto, onde a mudança é a forma
> que é construída a matriz Z, que como o autor faz é produzido um
> efeito aleatório para cada marcador. desta forma gostaria de saber
> se alguém ja declarou um matriz Z em uma analise de modelo misto no R em
> especifico na lmer, essa analise é GWS (Seleção genômica ampla),
> caso alguém tenha familiaridade ficaria grato de umas dicas.
>
> dados <- data.frame(ind=c(1:5),
> diametro=c(9.87,14.48,8.91,14.64,9.55),
> M1=c(2,1,0,1,1),
> M2=c(0,1,2,0,0),
> M3=c(0,0,0,1,0),
> M4=c(0,0,0,0,1),
> M5=c(2,1,0,1,1),
> M6=c(0,1,0,0,1),
> M7=c(0,0,2,0,0))
> dados
> require(lme4)
>
> Z <- model.matrix(~-1+M1+M2+M3+M4+M5+M6+M7,dados)
> Z ### Esta é a matriz que querro por no modelo
> m0 <- lmer(diametro~1+(1|?????),dados)
> summary(m0)
> ranef(m0)
> fixef(m0)
> # Meu interesse e ter os componentes de variância e o efeito fixo(Media
> geral), e os efeitos aleatórios (7, uma para cada marcador)
>
> OBS: Creio que não chegaremos ao valor exato do autor, visto que ele fixou
> (sigma.erro/(sigma.g/n)) =1.
> Obrigado
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
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