[R-br] [OFF] Biblioteca C para matrizes.
Benilton Carvalho
beniltoncarvalho em gmail.com
Sexta Agosto 10 23:04:16 BRT 2012
No básico do basico... Envolva sua função em um extern. Dai use o .Call
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On Aug 11, 2012 2:42 AM, "Pedro Rafael" <pedro.rafael.marinho em gmail.com>
wrote:
> Interessante. Com o comando RcppArmadillo.package.skeleton é possível
> criar a estrutura de diretórios de um pacote R. Digamos que eu tenha
> um código C++ e queria arrumar ele para fazer um pacote para o R. Eu
> queria entender como se da essa comunicação. Só a filosofia mesmo. Eu
> entendo como criar um pacote do R utilizando o sistema de orientação à
> objeto S3 e sei que existe outras como S4 e R5. O que não consigo
> entender bem é como comunicar o código C/C++ com o R e como se dá a
> comunicação desses códigos (C/C++) com o R. Vi que posso chamar
> códigos do R para o C++ mas acho que o mais interessante é o
> contrário. Como chamar um código otimizado de C++ para R e criar um
> pacote caso seja conveniente. Alguém poderia me dar um exemplo com uma
> função bem simplória só para entender por alto como funciona?
>
> Obrigado,
> Pedro Rafael Diniz Marinho.
>
>
> Em 10 de agosto de 2012 22:23, beniltoncarvalho [via R-br]
> <ml-node+s2285057n4655833h0 em n4.nabble.com> escreveu:
> > Sim. Mas antes de qualquer coisa, veja o pacote RcppArmadillo e os
> > documentos de ajuda associados. b
> >
> > 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> >
> >> Uma última dúvida. É fácil integrar códigos C++ com o R? Utilizei as
> >> funções .C() e .Call() para chamar comandos em C para R. Nunca tentei
> >> utilizando C++. A construção de pacotes R feitos utilizando funções
> >> escritas em C++ também é tranquila?
> >>
> >>
> >> Obrigado,
> >> Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >>
> >>
> >> Em 10 de agosto de 2012 22:04, Pedro Rafael
> >> <[hidden email]> escreveu:
> >>> Que legal Benilton, vou olhar bem esse pacote. Muito obrigado pelas
> >>> informações. Vou brincar um pouco com esse pacote. Procurei na web
> >>> outros pacotes de álgebra linear para C++ mas me parece que esse é o
> >>> pacote livre mais completo.
> >>> [ ],
> >>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >>>
> >>>
> >>> Em 10 de agosto de 2012 21:31, beniltoncarvalho [via R-br]
> >>> <[hidden email]> escreveu:
> >>>> Se vc gostou do Armadillo, divirta-se com o pacote RcppArmadillo. b
> >>>>
> >>>> 2012/8/11 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> >>>>
> >>>>> Obrigado Prof. Paulo pela informação, me ajudou bastante. Eu gostei
> >>>>> muito Benilton da biblioteca de álgebra linear "armadillo". Muito
> mais
> >>>>> fácil que a GSL. Eu acho desorganizado os códigos C. O problema que
> >>>>> quando escrevo algum código matemático em C++ sempre tem uma
> estrutura
> >>>>> procedural, deve ser o vício que tenho do C. Acabo usando quase nada
> >>>>> de Classes, Heranças, Polimorfismo, etc. Contudo, acho interessante a
> >>>>> facilidade de se trabalhar com vetores, matrizes e alocação dinâmica
> >>>>> utilizando C++.
> >>>>> [ ],
> >>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >>>>>
> >>>>>
> >>>>> Em 10 de agosto de 2012 20:28, beniltoncarvalho [via R-br]
> >>>>> <[hidden email]> escreveu:
> >>>>>> Pedro,
> >>>>>>
> >>>>>> Há muito deixei de procurar 'a linguagem mais <escolha o adjetivo>
> >>>>>> para <escolha a tarefa>'. Fico contente em usar qualquer linguagem
> que
> >>>>>> se mostre util e nao me force a reinventar a roda. Dito isso, nao
> vejo
> >>>>>> la essas diferencas entre C ou C++. E' obvio que algum especialista
> em
> >>>>>> alguma delas encontrara' inumeros casos que servem de
> contra-exemplo;
> >>>>>> mas enqto ele faz isso, eu sigo adiante resolvendo outros problemas.
> >>>>>>
> >>>>>> b
> >>>>>>
> >>>>>> 2012/8/10 Paulo Justiniano <[hidden email]>:
> >>>>>>
> >>>>>>> Pedro
> >>>>>>>
> >>>>>>> quando se diz em evitar inverter matrizes é porque muitas contas
> >>>>>>> podem
> >>>>>>> ser
> >>>>>>> feitas sem a inversao explícita
> >>>>>>>
> >>>>>>> Por exemplo, a conta
> >>>>>>>
> >>>>>>> X'V^{-1}X
> >>>>>>>
> >>>>>>> pode ser feita evitando inversao a partir da cholesky de V
> >>>>>>> que pode ser aproveitada de calculos anteriores uma vez que já deve
> >>>>>>> ter
> >>>>>>> sido
> >>>>>>> calculada antes para obter as estimativas
> >>>>>>>
> >>>>>>> No exemplo
> >>>>>>>
> >>>>>>> cV <- chol(V)
> >>>>>>> crossprod(backsolve(cV, X, transpose=T))
> >>>>>>>
> >>>>>>> isto é ***muito*** mais rapido (compare com system.time())
> >>>>>>> do que
> >>>>>>>
> >>>>>>> t(X) %*% solve(V) %*% X
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>>
> >>>>>>> On Thu, 9 Aug 2012, Pedro Rafael wrote:
> >>>>>>>
> >>>>>>>> Com respeito a evitar de trabalhar com inversas de matrizes é fato
> >>>>>>>> mas
> >>>>>>>> infelizmente tenho que trabalhar. Para trabalhar com modelos de
> >>>>>>>> regressão heterocedásticos vou precisar de cálculo de inversas de
> >>>>>>>> matrizes para o cálculo da estrutura de covariância de tal
> >>>>>>>> estimador.
> >>>>>>>> [ ],
> >>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >>>>>>>>
> >>>>>>>>
> >>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 17:02, Pedro Rafael
> >>>>>>>> <[hidden email]> escreveu:
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> Verdade Benilton inverter matrizes requer um custo computacional
> >>>>>>>>> bastante elevado. Atualmente programo em C e programei muito
> pouco
> >>>>>>>>> em
> >>>>>>>>> C++ por curiosidade. Você acreditar que códigos em C++ perdem
> muito
> >>>>>>>>> desempenho em comparação à C considerando que a programação em
> >>>>>>>>> ambas
> >>>>>>>>> as linguagens sejam eficientes? Você tem boas experiências na
> >>>>>>>>> utilização de C++ para programação estatística e para uso em
> >>>>>>>>> simulações?
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> Gostei bastante dessa biblioteca que você me passou, muito
> >>>>>>>>> interessante. Não conhecia. A única biblioteca para álgebra
> linear
> >>>>>>>>> livre que eu conhecia era a GSL.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> [ ],
> >>>>>>>>> Pedro Rafael Diniz Marinho.
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>>
> >>>>>>>>> Em 9 de agosto de 2012 15:58, beniltoncarvalho [via R-br]
> >>>>>>>>> <[hidden email]> escreveu:
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Eu ainda sou do time "se vc esta' invertendo matriz, entao vc
> >>>>>>>>>> esta'
> >>>>>>>>>> fazendo algo errado"...
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> Em C++, vc vai querer olhar o que Armadillo tem a oferecer.
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> b
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>> 2012/8/9 Pedro Rafael <[hidden email]>:
> >>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>>> Pessoal gostaria de saber qual uma boa biblioteca livre de C
> para
> >>>>>>>>>>> trabalhar com operações matriciais como inversas e produtos de
> >>>>>>>>>>> matrizes. Qualquer dica será interessante.
> >>>>>>>>>>>
> >>>>>>>>>>> [ ] Pedro Rafael Diniz Marinho.
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> >>>>>>>>>>> forneça
> >>>>>>>>>>> código mínimo reproduzível.
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