Re: [R-br] problemas com função nls

Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o seu problema. Do contrário, nos forneça um CMR. (S,f,P) Allaman \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}

Segue o CMR, os datos encontra-se no dput(). Gostaria de acrescentar algo mais. Meus dados estão bastante dispersos. Pode ser por isto que não está convergindo?Há alguma solução? ###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=gestsimp) attach(gestsimp) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1,5,0.0006) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp) curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001)) ##---------------------------------------------------------------------------- #calcula os parâmetros do modelo de gompertz gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=24.599,c=0.026),subset=c(Gest>0,Fetos==1,Manejo==1),data=tabela) summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados dput(gestsimp) Em 10 de março de 2012 19:20, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br>escreveu:
Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o seu problema. Do contrário, nos forneça um CMR.
(S,f,P) Allaman
* * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5076 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
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Fernando, faltou a saida do dput()... 2012/3/10 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Segue o CMR, os datos encontra-se no dput(). Gostaria de acrescentar algo mais. Meus dados estão bastante dispersos. Pode ser por isto que não está convergindo?Há alguma solução?
###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=gestsimp) attach(gestsimp) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1,5,0.0006) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp) curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001)) ##---------------------------------------------------------------------------- #calcula os parâmetros do modelo de gompertz gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=24.599,c=0.026),subset=c(Gest>0,Fetos==1,Manejo==1),data=tabela) summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados dput(gestsimp)
Em 10 de março de 2012 19:20, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> escreveu:
Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o seu problema. Do contrário, nos forneça um CMR.
(S,f,P) Allaman
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Veja se agora foi ###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute simple<-as.data.frame(cbind(Manejo=gestsimp$Manejo,Feto=gestsimp$Fetus,Gest=gestsimp$Gest,PESO.FETO=gestsimp$PESO.FETO)) dput(simple) plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=simple) attach(simple) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1.5,20,0.026) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=simple) curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001)) ##---------------------------------------------------------------------------- #calcula os parâmetros do modelo de gompertz gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=2.12,b=14.99,c=0.018),data=simple) summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados Em 10 de março de 2012 20:39, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>escreveu:
Fernando, faltou a saida do dput()...
2012/3/10 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Segue o CMR, os datos encontra-se no dput(). Gostaria de acrescentar algo mais. Meus dados estão bastante dispersos. Pode ser por isto que não está convergindo?Há alguma solução?
###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=gestsimp) attach(gestsimp) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1,5,0.0006) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp) curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001))
##----------------------------------------------------------------------------
#calcula os parâmetros do modelo de gompertz
gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=24.599,c=0.026),subset=c(Gest>0,Fetos==1,Manejo==1),data=tabela)
summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados dput(gestsimp)
Em 10 de março de 2012 19:20, Ivan Bezerra Allaman < ivanalaman@yahoo.com.br> escreveu:
Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o seu problema. Do contrário, nos forneça um CMR.
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Ainda nao foi dessa vez... mas esta' facil.. Execute o seu codigo, dai' veja no R o que vai aparecer... vai aparecer algo esquisito como abaixo:
dput(data.frame(x=rnorm(10))) structure(list(x = c(-0.543332683249016, -1.72683892829404, -1.46539343776498, -1.39513469551024, 0.809122589671721, -1.58459611384001, -0.818826156554395, -0.391288255253397, -0.579453920817577, 0.473369713399808)), .Names = "x", row.names = c(NA, -10L), class = "data.frame")
dai' vc copia pra gente esse resultado estranho (q no meu caso comeca com "structure")... :) b 2012/3/11 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Veja se agora foi
###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute simple<-as.data.frame(cbind(Manejo=gestsimp$Manejo,Feto=gestsimp$Fetus,Gest=gestsimp$Gest,PESO.FETO=gestsimp$PESO.FETO)) dput(simple) plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=simple) attach(simple) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1.5,20,0.026) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=simple)
curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001)) ##---------------------------------------------------------------------------- #calcula os parâmetros do modelo de gompertz gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=2.12,b=14.99,c=0.018),data=simple) summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados
Em 10 de março de 2012 20:39, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Fernando, faltou a saida do dput()...
2012/3/10 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Segue o CMR, os datos encontra-se no dput(). Gostaria de acrescentar algo mais. Meus dados estão bastante dispersos. Pode ser por isto que não está convergindo?Há alguma solução?
###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=gestsimp) attach(gestsimp) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1,5,0.0006) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp) curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001))
##---------------------------------------------------------------------------- #calcula os parâmetros do modelo de gompertz
gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=24.599,c=0.026),subset=c(Gest>0,Fetos==1,Manejo==1),data=tabela) summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados dput(gestsimp)
Em 10 de março de 2012 19:20, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> escreveu:
Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o seu problema. Do contrário, nos forneça um CMR.
(S,f,P) Allaman
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segue comando: (pode ser devido aos NA's) dput(simple) structure(list(Manejo = c(2, 2, 2, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 1, 1, 1, 1, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), Gest = c(90, 90, 90, 90, 90, 90, 110, 110, 110, 110, 110, 110, 110, 130, 130, 130, 130, 130, 130, 130, 130, 140, 140, 140, 140, 140, 140, 140, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA), PESO.FETO = c(0.555, 0.49, 0.53, 0.225, 0.465, 0.61, 0.215, 1.465, 0.585, 1.755, 0.62, 1.615, 1.045, 2.79, 2.42, 2.286, 2.41, 2.3, 3.1, 3.105, 2.56, 5.38, 0.985, 4.065, 4.258, 3.878, 3.49, 3.032, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA, NA)), .Names = c("Manejo", "Gest", "PESO.FETO"), row.names = c(NA, -57L), class = "data.frame") Em 10 de março de 2012 21:12, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>escreveu:
Ainda nao foi dessa vez... mas esta' facil.. Execute o seu codigo, dai' veja no R o que vai aparecer... vai aparecer algo esquisito como abaixo:
dput(data.frame(x=rnorm(10))) structure(list(x = c(-0.543332683249016, -1.72683892829404, -1.46539343776498, -1.39513469551024, 0.809122589671721, -1.58459611384001, -0.818826156554395, -0.391288255253397, -0.579453920817577, 0.473369713399808)), .Names = "x", row.names = c(NA, -10L), class = "data.frame")
dai' vc copia pra gente esse resultado estranho (q no meu caso comeca com "structure")... :)
b
2012/3/11 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Veja se agora foi
###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute
simple<-as.data.frame(cbind(Manejo=gestsimp$Manejo,Feto=gestsimp$Fetus,Gest=gestsimp$Gest,PESO.FETO=gestsimp$PESO.FETO))
dput(simple) plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=simple) attach(simple) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1.5,20,0.026) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=simple)
curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001))
##----------------------------------------------------------------------------
#calcula os parâmetros do modelo de gompertz
gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=2.12,b=14.99,c=0.018),data=simple)
summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados
Em 10 de março de 2012 20:39, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
Fernando, faltou a saida do dput()...
2012/3/10 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Segue o CMR, os datos encontra-se no dput(). Gostaria de acrescentar algo mais. Meus dados estão bastante dispersos. Pode ser por isto que não está convergindo?Há alguma solução?
###cria a função gompertz e chama a função manipulate para encontrar valores do chute plot(log(gestsimp$PESO.FETO)~gestsimp$Gest,data=gestsimp) attach(gestsimp) gompertz<-function(x,a,b,c){a-b*exp(-c*x)} gompertz(c(90,110,130,140),1,5,0.0006) library(manipulate) start <- list() manipulate({plot(log(PESO.FETO)~Gest,data=gestsimp) curve(gompertz(x,a=a,b=b,c=c),add=TRUE) start <- list(a=a,b=b,c=c)}, a=slider(0.00001, 10, initial=0.001), b=slider(-0.0001, 50, initial=0.01), c=slider(0.00007, 0.5, initial=0.0001))
##----------------------------------------------------------------------------
#calcula os parâmetros do modelo de gompertz
gompertz<-nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=24.599,c=0.026),subset=c(Gest>0,Fetos==1,Manejo==1),data=tabela)
summary(gompertz)#visualiza os parâmetros estimados dput(gestsimp)
Em 10 de março de 2012 19:20, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> escreveu:
Provavelmente seus chutes estão errados! Acesse o site http://ridiculas.wordpress.com/ que provavelmente irás resolver o
seu
problema. Do contrário, nos forneça um CMR.
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note q nao entro na discussao da validade do modelo.... mas a questao eh a selecao dos valores iniciais... b blah = simple[complete.cases(simple),] nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=-24.599,c=-0.026), data=blah) curve(-10.48+6.79*exp(.003915*x), 90, 140) with(blah, points(Gest, log(PESO.FETO)))

Muito obrigado Benilton! Estou iniciando a estudar modelos não lineares e pequenos problemas de início parece se tornar grande. Mas eu fiquei com uma dúvida agora. Quando eu logaritmizo o modelo de Gompertz eu o torno linear? Pergunto isto porque no gráfico o modelo assume a forma de uma reta e acredito que errei nos valores de chute porque estava buscando uma curva que melhor se ajustasse aos dados. Acho que preciso entender mais esta questão. Mas muito obrigado mesmo! tenha um boa noite Em 10 de março de 2012 22:08, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>escreveu:
note q nao entro na discussao da validade do modelo.... mas a questao eh a selecao dos valores iniciais... b
blah = simple[complete.cases(simple),] nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=-24.599,c=-0.026), data=blah) curve(-10.48+6.79*exp(.003915*x), 90, 140) with(blah, points(Gest, log(PESO.FETO))) _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.

O modelo q vc empregou a-b*exp(c*X) nao e' linearizavel por meio de log() para valores gerais (seria, por exemplo, com a=0). O fato de o grafico parecer uma reta, nao quer dizer que seja uma reta... Note que se vc fizer um grafico de uma parabola e der um zoom bastante grande, eventualmente vc vera' "uma reta"... isso mostra uma caracteristica local da funcao e da' uma boa sugestao de como modelar, caso seu interesse esteja nas propriedades locais da funcao. b 2012/3/11 Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com>:
Muito obrigado Benilton! Estou iniciando a estudar modelos não lineares e pequenos problemas de início parece se tornar grande. Mas eu fiquei com uma dúvida agora. Quando eu logaritmizo o modelo de Gompertz eu o torno linear? Pergunto isto porque no gráfico o modelo assume a forma de uma reta e acredito que errei nos valores de chute porque estava buscando uma curva que melhor se ajustasse aos dados. Acho que preciso entender mais esta questão. Mas muito obrigado mesmo! tenha um boa noite
Em 10 de março de 2012 22:08, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> escreveu:
note q nao entro na discussao da validade do modelo.... mas a questao eh a selecao dos valores iniciais... b
blah = simple[complete.cases(simple),] nls(log(PESO.FETO)~a-b*exp(-c*Gest),start=list(a=1.68,b=-24.599,c=-0.026), data=blah) curve(-10.48+6.79*exp(.003915*x), 90, 140) with(blah, points(Gest, log(PESO.FETO))) _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Benilton Carvalho
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Fernando Antonio de souza
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Ivan Bezerra Allaman