Re: [R-br] Box's M Test (Pollyanna Alves)
Olá Poliana O "grouping" seria teu vetor de tratamentos, no seu caso (se entendi corretamente), seria a coluna com suas 189 espécies. Se tu for explorar o exemplo dessa função tu verá que nesse caso o vetor de tratamentos é conseguido por "iris[,5]" (seria a coluna das "species" dentro do data frame "iris". Ainda sobre o exemplo, "iris[, -5]" seria os dados com todas as variáveis resposta a serem analisadas (o comando está indicando tudo "menos" a coluna dos "tratamentos", dentro do data frame "iris"). Supondo que em teu caso em especial, o nome do teu data frame com os dados seja "dados" e a primeira coluna seja das tuas espécies e as demais com as variáveis. Nesse caso o comando para teus dados seria mais ou menos assim: boxM(dados[, -1], dados[, 1]) Se não conseguir mesmo assim passe parte dos seus dados para que possamos ajudar melhor. Att, Maurício Sangiogo ________________________________ De: R-br <r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br> em nome de r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> Enviado: sábado, 18 de março de 2017 12:00 Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Assunto: Digest R-br, volume 75, assunto 12 Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português). ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..." Tópicos de Hoje: 1. Box's M Test (Pollyanna Alves) 2. Re: Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote Car (Fernando Antonio de souza) 3. Re: grafico de distribuicao acumulada de uma variavel continua (Cesar Rabak) 4. Ajuda comando restruturação (Edmar Caldas) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Fri, 17 Mar 2017 16:54:38 -0300 From: Pollyanna Alves <pollyalvesb@gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Box's M Test Message-ID: <CAF=U39wgQ5m=A22L-_yfJqS4KRv+Gk=6w8SMttvHe-OxcApCiw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Oi pessoal, estou tentando realizar o teste Box's M que avalia a homogeneidade da matriz var-covar dos dados, pressuposto para MANOVA, mas não estou entendendo o que seria esse *grouping *no script: *Pacote *biotools *Usage* boxM(data, grouping) *Arguments* data a numeric data.frame or matrix containing n observations of p variables; it is expected that n > p. grouping a vector of length n containing the class of each observation; it is usualy a factor. *O exemplo fornecido foi esse:* data(iris) boxM(iris[, -5], iris[, 5]) # End (not run) Os meus dados possuem 23 variáveis (colunas: medidas) e 189 linhas (espécimes) sem contar com o cabeçário. Alguém poderia me ajudar? Agradeço desde já, Att., Pollyanna Alves de Barros Mestranda em Biologia Animal Graduada em Ciências Biológicas Graduação Sanduíche na "University of Western Australia" Museu de Zoologia João Moojen Universidade Federal de Viçosa -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170317/f3284740/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 2 Date: Fri, 17 Mar 2017 19:07:03 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> Subject: Re: [R-br] Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote Car Message-ID: <CAFrWFs=nNtO1xcZyi=Wb3WUsgS9_vwD1FwpogvaW29J6+5HAiQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Veja o pacote phia ele oferece um meio mais fácil de desdobrar interações. O caminho do "split" é embaraçoso e complicado. Em 13/03/2017 16:43, "Cesar Rabak via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Olympio,
O que diz a documentação da função car::Anova()?
2017-03-13 15:17 GMT-03:00 Olympio Neto via R-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br
:
Prezados,
Quero fazer um desdobramento interação em experimento fatorial muito semelhante ao que foi apresentado na página R-íduculas (Desdobramento de interação em experimento fatorial - http://www.leg.ufpr.br/doku.ph p/ridiculas), no entanto, precisaria usar a função Anova do pacote CAR que não aceita o argumento "split" para, justamente, calcular os desdobramentos dados os contrastes. Existe alguma forma de usar algo parecido com o argumento split, mas com a função "Anova" do CAR?
Muito obrigado
Olympio
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170317/41a07cd9/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 3 Date: Sat, 18 Mar 2017 01:51:51 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> To: Nilson Guiotoku <nguiotoku2017@gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] grafico de distribuicao acumulada de uma variavel continua Message-ID: <CAKrF98nFbZY=_EmUA7yXLX6edTc5bCbCsdywYOwyY7tPhyYT4g@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" http://bfy.tw/Ahi3 [http://lmgtfy.com/assets/sticker-b222a421fb6cf257985abfab188be7d6746866850efe2a800a3e57052e1a2411.png]<http://bfy.tw/Ahi3> LMGTFY<http://bfy.tw/Ahi3> bfy.tw LMGTFY 2017-03-16 14:49 GMT-03:00 Nilson Guiotoku via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>:
Bom dia!
Eu preciso construir o gráfico da densidade acumulada de uma variável continua (domínio dos Reais) que não tem um modelo identificado. Usei o gráfico de pareto construído por tabelas de frequência, porém, no eixo x, ele coloca as frequência em ordem decrescente. Eu gostaria de construir esse mesmo gráfico, todavia, em que no eixo x ficasse as classes das tabelas na sequencia crescente (Ex: (-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] ), não usando a sequencia decrescente da frequência como no pareto. Alguma ideia de como fazer isso?
# Grafico de pareto
MT <- Global$Z
head(MT)
[1] 127.45555 23.10762 36.16764 88.45139 142.60974 151.68347
intervalo <- cut(MT, breaks= seq(min(MT), max(MT), 50 ))
x = table(intervalo)
print(x)
intervalo
(-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333]
5 6 9 7 4 5 6
require(qcc)
pareto.chart(x,ylab = "Frequencia", main = "classes do lucro MT",
+ col=rainbow(length(x)))
Pareto chart analysis for x
Frequency Cum.Freq. Percentage Cum.Percent.
(82.9,133] 9 9 21.42857 21.42857
(133,183] 7 16 16.66667 38.09524
(32.9,82.9] 6 22 14.28571 52.38095
(283,333] 6 28 14.28571 66.66667
(-17.1,32.9] 5 33 11.90476 78.57143
(233,283] 5 38 11.90476 90.47619
(183,233] 4 42 9.52381 100.00000
Ver Figura 1 do pareto em anexo.
No eixo x (aparece as classes fora de ordem), mas na ordem decrescente da frequência. Gostaria que as classes ficassem na ordem no eixo x ((-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] )
O ideal é que apareça na ordem crescente no eixo x, como na Figura em anexo (Figura 2).
Nilson Silva.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português).
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170318/ae93d34b/attachment-0001.html> ------------------------------ Message: 4 Date: Sat, 18 Mar 2017 13:44:23 +0000 (UTC) From: Edmar Caldas <edmar_caldas@yahoo.com.br> To: R-br Lista <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Ajuda comando restruturação Message-ID: <189887133.2734358.1489844663180@mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bom Dia! Preciso de uma ajuda e não sei como começar. tenho uma arquivo que está na coluna e quero que ele fique na linha. segue exemplo. Estou procurando um comando de restruturação e não encontro. alguém pode me direcionar. Edmar -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170318/b251304d/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: datauri-file.png Tipo: image/png Tamanho: 20423 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170318/b251304d/attachment-0001.png> ------------------------------ Subject: Legenda do Digest _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português). ------------------------------ Fim da Digest R-br, volume 75, assunto 12 ***************************************** [http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20170318/b251304d/attac...]
Olá Maurício, obrigada pela dica, mas quando o apliquei foi gerado o seguinte erro:
boxM(castoria[,-1],castoria[,1]) Error in boxM(castoria[, -1], castoria[, 1]) : there are one or more levels with less observations than variables!
Seguem meus dados em anexo, caso possa me ajudar. Obrigada, Pollyanna Alves de Barros Mestranda em Biologia Animal Graduada em Ciências Biológicas Graduação Sanduíche na "University of Western Australia" Museu de Zoologia João Moojen Universidade Federal de Viçosa Em 18 de março de 2017 13:48, Maurício Sangiogo via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Olá Poliana
O "grouping" seria teu vetor de tratamentos, no seu caso (se entendi corretamente), seria a coluna com suas 189 espécies.
Se tu for explorar o exemplo dessa função tu verá que nesse caso o vetor de tratamentos é conseguido por "iris[,5]" (seria a coluna das "species" dentro do data frame "iris". Ainda sobre o exemplo, "iris[, -5]" seria os dados com todas as variáveis resposta a serem analisadas (o comando está indicando tudo "menos" a coluna dos "tratamentos", dentro do data frame "iris").
Supondo que em teu caso em especial, o nome do teu data frame com os dados seja "dados" e a primeira coluna seja das tuas espécies e as demais com as variáveis. Nesse caso o comando para teus dados seria mais ou menos assim:
boxM(dados[, -1], dados[, 1])
Se não conseguir mesmo assim passe parte dos seus dados para que possamos ajudar melhor.
Att,
*Maurício Sangiogo *
------------------------------ *De:* R-br <r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br> em nome de r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviado:* sábado, 18 de março de 2017 12:00 *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br *Assunto:* Digest R-br, volume 75, assunto 12
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
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ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
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Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
Tópicos de Hoje:
1. Box's M Test (Pollyanna Alves) 2. Re: Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote Car (Fernando Antonio de souza) 3. Re: grafico de distribuicao acumulada de uma variavel continua (Cesar Rabak) 4. Ajuda comando restruturação (Edmar Caldas)
----------------------------------------------------------------------
Message: 1 Date: Fri, 17 Mar 2017 16:54:38 -0300 From: Pollyanna Alves <pollyalvesb@gmail.com> To: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Box's M Test Message-ID: <CAF=U39wgQ5m=A22L-_yfJqS4KRv+Gk=6w8SMttvHe-OxcApCiw@mail. gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Oi pessoal,
estou tentando realizar o teste Box's M que avalia a homogeneidade da matriz var-covar dos dados, pressuposto para MANOVA, mas não estou entendendo o que seria esse *grouping *no script:
*Pacote *biotools
*Usage* boxM(data, grouping)
*Arguments* data a numeric data.frame or matrix containing n observations of p variables; it is expected that n > p.
grouping a vector of length n containing the class of each observation; it is usualy a factor.
*O exemplo fornecido foi esse:*
data(iris) boxM(iris[, -5], iris[, 5]) # End (not run)
Os meus dados possuem 23 variáveis (colunas: medidas) e 189 linhas (espécimes) sem contar com o cabeçário.
Alguém poderia me ajudar?
Agradeço desde já,
Att.,
Pollyanna Alves de Barros Mestranda em Biologia Animal Graduada em Ciências Biológicas Graduação Sanduíche na "University of Western Australia" Museu de Zoologia João Moojen Universidade Federal de Viçosa -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ 20170317/f3284740/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 2 Date: Fri, 17 Mar 2017 19:07:03 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> Subject: Re: [R-br] Dúvida de como usar o split com o Anova do pacote Car Message-ID: <CAFrWFs=nNtO1xcZyi=Wb3WUsgS9_vwD1FwpogvaW29J6+5HAiQ@mail. gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Veja o pacote phia ele oferece um meio mais fácil de desdobrar interações. O caminho do "split" é embaraçoso e complicado.
Em 13/03/2017 16:43, "Cesar Rabak via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Olympio,
O que diz a documentação da função car::Anova()?
2017-03-13 15:17 GMT-03:00 Olympio Neto via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br
:
Prezados,
Quero fazer um desdobramento interação em experimento fatorial muito semelhante ao que foi apresentado na página R-íduculas (Desdobramento de interação em experimento fatorial - http://www.leg.ufpr.br/doku.ph p/ridiculas), no entanto, precisaria usar a função Anova do pacote CAR que não aceita o argumento "split" para, justamente, calcular os desdobramentos dados os contrastes. Existe alguma forma de usar algo parecido com o argumento split, mas com a função "Anova" do CAR?
Muito obrigado
Olympio
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português).
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br R-br Página de Detalhes <https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> listas.inf.ufpr.br A [R-br] é a lista Brasileira oficial de discussão do programa R e tem o propósito de permitir a troca de informações entre os usuários de R (em português).
Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ 20170317/41a07cd9/attachment-0001.html>
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Message: 3 Date: Sat, 18 Mar 2017 01:51:51 -0300 From: Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> To: Nilson Guiotoku <nguiotoku2017@gmail.com>, a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] grafico de distribuicao acumulada de uma variavel continua Message-ID: <CAKrF98nFbZY=_EmUA7yXLX6edTc5bCbCsdywYOwyY7tPhyYT4g@mail. gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
http://bfy.tw/Ahi3 <http://bfy.tw/Ahi3> LMGTFY <http://bfy.tw/Ahi3> bfy.tw LMGTFY
2017-03-16 14:49 GMT-03:00 Nilson Guiotoku via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>:
Bom dia!
Eu preciso construir o gráfico da densidade acumulada de uma variável continua (domínio dos Reais) que não tem um modelo identificado. Usei o gráfico de pareto construído por tabelas de frequência, porém, no eixo x, ele coloca as frequência em ordem decrescente. Eu gostaria de construir esse mesmo gráfico, todavia, em que no eixo x ficasse as classes das tabelas na sequencia crescente (Ex: (-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] ), não usando a sequencia decrescente da frequência como no pareto. Alguma ideia de como fazer isso?
# Grafico de pareto
MT <- Global$Z
head(MT)
[1] 127.45555 23.10762 36.16764 88.45139 142.60974 151.68347
intervalo <- cut(MT, breaks= seq(min(MT), max(MT), 50 ))
x = table(intervalo)
print(x)
intervalo
(-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333]
5 6 9 7 4 5 6
require(qcc)
pareto.chart(x,ylab = "Frequencia", main = "classes do lucro MT",
+ col=rainbow(length(x)))
Pareto chart analysis for x
Frequency Cum.Freq. Percentage Cum.Percent.
(82.9,133] 9 9 21.42857 21.42857
(133,183] 7 16 16.66667 38.09524
(32.9,82.9] 6 22 14.28571 52.38095
(283,333] 6 28 14.28571 66.66667
(-17.1,32.9] 5 33 11.90476 78.57143
(233,283] 5 38 11.90476 90.47619
(183,233] 4 42 9.52381 100.00000
Ver Figura 1 do pareto em anexo.
No eixo x (aparece as classes fora de ordem), mas na ordem decrescente da frequência. Gostaria que as classes ficassem na ordem no eixo x ((-17.1,32.9] (32.9,82.9] (82.9,133] (133,183] (183,233] (233,283] (283,333] )
O ideal é que apareça na ordem crescente no eixo x, como na Figura em anexo (Figura 2).
Nilson Silva.
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-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ 20170318/ae93d34b/attachment-0001.html>
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Message: 4 Date: Sat, 18 Mar 2017 13:44:23 +0000 (UTC) From: Edmar Caldas <edmar_caldas@yahoo.com.br> To: R-br Lista <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Ajuda comando restruturação Message-ID: <189887133.2734358.1489844663180@mail.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Bom Dia! Preciso de uma ajuda e não sei como começar. tenho uma arquivo que está na coluna e quero que ele fique na linha. segue exemplo. Estou procurando um comando de restruturação e não encontro. alguém pode me direcionar.
Edmar -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ 20170318/b251304d/attachment-0001.html> -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo não-texto foi limpo... Nome: datauri-file.png Tipo: image/png Tamanho: 20423 bytes Descrição: não disponível URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/ 20170318/b251304d/attachment-0001.png>
------------------------------
Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 75, assunto 12 *****************************************
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