Gerar uma matriz de contraste para comparação multivariada
Caros Listeiros, Gostaria de utilizar a função LSmatrix utilizando apc.R do Walmes (http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R) para não ter que montar as matrizes de contraste manualmente e evitar erros para realizar contrastes multivariados com a função adonis() do pacote vegan. No entanto, a função LSmatrix não esta funcionando para o objeto criado para a função adonis(), então pergunto, baseado no CRM abaixo, onde pode estar o erro? Obrigado, #Pacotes require(vegan) require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) source("apc.R.r")##source("http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R") #Dados artificiais colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100))) y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,5,0.1),rnorm(100,3.5,0.1)) y2 <- c(rnorm(100,10,0.3),rnorm(100,11,0.6),rnorm(100,5,0.6)) y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.6),rnorm(100,11,2.5)) y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,7,0.5),rnorm(100,22,0.5)) y5 <- c(rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1)) #Cria o data frame avaliacao <- as.factor(colony) espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5) dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro))) #Manova com adonis function man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99) man.col #Contrastes entre as avaliações M <- LSmatrix(man.col, effect=c("colony1","colony2","colony3")) M # -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com
Caros Listeiros, Tinha um erro no meu CRM, segue corrigido: #Pacotes require(vegan) require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) source("apc.R.r")##source("http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R") #Dados artificiais colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100))) y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,5,0.1),rnorm(100,3.5,0.1)) y2 <- c(rnorm(100,10,0.3),rnorm(100,11,0.6),rnorm(100,5,0.6)) y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.6),rnorm(100,11,2.5)) y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,7,0.5),rnorm(100,22,0.5)) y5 <- c(rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1)) #Cria o data frame avaliacao <- as.factor(colony) espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5) dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro))) #Manova com adonis function man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99) man.col #Contrastes entre as avaliações M <- LSmatrix(man.col, effect="avaliacao") M # On 15/01/2015 10:47, ASANTOS wrote:
Caros Listeiros,
Gostaria de utilizar a função LSmatrix utilizando apc.R do Walmes (http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R) para não ter que montar as matrizes de contraste manualmente e evitar erros para realizar contrastes multivariados com a função adonis() do pacote vegan. No entanto, a função LSmatrix não esta funcionando para o objeto criado para a função adonis(), então pergunto, baseado no CRM abaixo, onde pode estar o erro? Obrigado,
#Pacotes require(vegan) require(multcomp) require(doBy) require(latticeExtra) source("apc.R.r")##source("http://dl.dropboxusercontent.com/u/48140237/apc.R")
#Dados artificiais colony<-as.factor(sort(rep(c("colony1", "colony2","colony3"), 100))) y1 <- c(rnorm(100,1,0.1),rnorm(100,5,0.1),rnorm(100,3.5,0.1)) y2 <- c(rnorm(100,10,0.3),rnorm(100,11,0.6),rnorm(100,5,0.6)) y3 <- c(rnorm(100,10,2.3),rnorm(100,11,2.6),rnorm(100,11,2.5)) y4 <- c(rnorm(100,5,0.5),rnorm(100,7,0.5),rnorm(100,22,0.5)) y5 <- c(rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1),rnorm(100,11,0.1))
#Cria o data frame avaliacao <- as.factor(colony) espectro <- cbind(y1,y2,y3,y4,y5) dados <- data.frame(avaliacao = I(as.matrix(avaliacao)), bands = I(as.matrix(espectro)))
#Manova com adonis function man.col<-adonis(bands ~ avaliacao, data=dados,permutations=99) man.col
#Contrastes entre as avaliações M <- LSmatrix(man.col, effect=c("colony1","colony2","colony3")) M #
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== --- Este email foi escaneado pelo Avast antivírus. http://www.avast.com
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