Banco de dados muito grande
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas. Estou usando: tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding= "UTF-8") Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space O que devo fazer? [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Use o Revolution R... Abs Edson...Tudo bem em Manaus???? Gilbert. ________________________________ De: Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> Para: R-br Lista <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Segunda-feira, 16 de Setembro de 2013 18:11 Assunto: [R-br] Banco de dados muito grande Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas. Estou usando: tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding= "UTF-8") Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space O que devo fazer? [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Vc usa Windows ou Linux? Seu SO é 32 bits ou 64 bits? E o R, 32 ou 64 bits? Enfim. O banco não é grande, é problema de alocação de memória do java (ou java virtual machine, não estou certo). O read.xlsx usa a biblioteca rjava, que por sua vez usa java em algumas de suas funções. Tente o comando abaixo, para dizer o computador para suar até 100 mega de memória. O "m"do final indica que sáo megas (100 megas). Se quiser colocar algo como um giga, só declarar 1g. options(java.parameters = "-Xmx1000m") 2013/9/16 Gilbert Queiroz <gilbert_queiroz@yahoo.com.br>
Use o Revolution R... Abs Edson...Tudo bem em Manaus???? Gilbert.
------------------------------ *De:* Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> *Para:* R-br Lista <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviadas:* Segunda-feira, 16 de Setembro de 2013 18:11 *Assunto:* [R-br] Banco de dados muito grande
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding= "UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
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-- Manoel Galdino https://sites.google.com/site/galdinomcz/
On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding= "UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson, Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema. Observe algumas coisas: 1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space) 2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes .... []s Tura
On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding= "UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson, Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema. Observe algumas coisas: 1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space) 2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes .... []s Tura Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar.
Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV. Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa. --- Atenciosamente,Raphael Saldanha rfsaldanha@outlook.com From: sznelwar@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 17 Sep 2013 08:31:53 -0300 Subject: Re: [R-br] Banco de dados muito grande On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
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Edson, Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema. Observe algumas coisas: 1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space) 2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes .... []s Tura Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
Olá pessoal boa tarde. estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma: 6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race))) A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default? abraços #################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ################################### ________________________________ De: Raphael Saldanha <rfsaldanha@outlook.com> Para: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 8:37 Assunto: Re: [R-br] Banco de dados muito grande Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV. Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa. --- Atenciosamente, Raphael Saldanha rfsaldanha@outlook.com ________________________________ From: sznelwar@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 17 Sep 2013 08:31:53 -0300 Subject: Re: [R-br] Banco de dados muito grande On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson, Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema. Observe algumas coisas: 1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space) 2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes .... []s Tura Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero). se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira... b Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>escreveu:
Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
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Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
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On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
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Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
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Obrigado benilton abraços Uma outra dúvida, esta dando uma menssagem, na hora de plotar o gráfico, andei pesquisando eles informaram que não é erro, apenas um bug do ggplot2. Veja o erro geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. ### ################################# #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ################################### ________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>; geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 15:27 Assunto: Re: [R-br] loess ggplot2 0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero). se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira... b Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu: Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
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Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
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On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa
noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil
linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
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Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
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entao, neste caso, vc precisa ler direitinho a documentacao.... o ggplot esta' te dizendo que optou por usar o GAM ao inves de loess... e, com GAM, e' um esquema diferente para escolha de parametros de alisamento.... (minha - fraca - memoria nao se recorda de "span" para GAMs).... Em 17 de setembro de 2013 15:36, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>escreveu:
Obrigado benilton
abraços
Uma outra dúvida, esta dando uma menssagem, na hora de plotar o gráfico, andei pesquisando eles informaram que não é erro, apenas um bug do ggplot2. Veja o erro
geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method.
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0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero).
se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira...
b
Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>escreveu:
Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
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------------------------------ *De:* Raphael Saldanha <rfsaldanha@outlook.com> *Para:* "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviadas:* Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 8:37 *Assunto:* Re: [R-br] Banco de dados muito grande
Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
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Atenciosamente, Raphael Saldanha
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------------------------------ From: sznelwar@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 17 Sep 2013 08:31:53 -0300 Subject: Re: [R-br] Banco de dados muito grande
On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Pois é consultei uma lista fora me disseram que é um bug que ocorre no ggplot2. #################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ################################### ________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 16:37 Assunto: Re: [R-br] loess ggplot2 entao, neste caso, vc precisa ler direitinho a documentacao.... o ggplot esta' te dizendo que optou por usar o GAM ao inves de loess... e, com GAM, e' um esquema diferente para escolha de parametros de alisamento.... (minha - fraca - memoria nao se recorda de "span" para GAMs).... Em 17 de setembro de 2013 15:36, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu: Obrigado benilton
abraços
Uma outra dúvida, esta dando uma menssagem, na hora de plotar o gráfico, andei pesquisando eles informaram que não é erro, apenas um bug do ggplot2. Veja o erro
geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. ###
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0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero).
se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira...
b
Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu:
Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
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________________________________ De: Raphael Saldanha <rfsaldanha@outlook.com> Para: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 8:37 Assunto: Re: [R-br] Banco de dados muito grande
Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
---
Atenciosamente, Raphael Saldanha
rfsaldanha@outlook.com
________________________________ From: sznelwar@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 17 Sep 2013 08:31:53 -0300 Subject: Re: [R-br] Banco de dados muito grande
On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa
noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil
linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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isso nao e' um bug.. e' uma msg de aviso te dizendo que nao e' o loess que esta' sendo utilizado... Em 17 de setembro de 2013 16:46, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>escreveu:
Pois é consultei uma lista fora me disseram que é um bug que ocorre no ggplot2.
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------------------------------ *De:* Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> *Para:* geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> *Cc:* "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Enviadas:* Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 16:37
*Assunto:* Re: [R-br] loess ggplot2
entao, neste caso, vc precisa ler direitinho a documentacao.... o ggplot esta' te dizendo que optou por usar o GAM ao inves de loess... e, com GAM, e' um esquema diferente para escolha de parametros de alisamento.... (minha - fraca - memoria nao se recorda de "span" para GAMs)....
Em 17 de setembro de 2013 15:36, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>escreveu:
Obrigado benilton
abraços
Uma outra dúvida, esta dando uma menssagem, na hora de plotar o gráfico, andei pesquisando eles informaram que não é erro, apenas um bug do ggplot2. Veja o erro
geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method.
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0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero).
se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira...
b
Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br>escreveu:
Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
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Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
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------------------------------ From: sznelwar@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 17 Sep 2013 08:31:53 -0300 Subject: Re: [R-br] Banco de dados muito grande
On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Olá pessoal boa tarde tenho comando abaixo que gera uma linha suave sobre os meus dados, ou seja, uma loess com span=0.75. Estou classificando a variável pressão por categorias de raça, tenho 3 categorias, porem gostaria de colocar cores neutras como faço? tipo assim Negros _____________, Pardos ------------------, Brancos +++++++. Algo proximo a isso, como faço? c <- ggplot(data2.masc.3raca, aes(y=Padajuste.masc, x=IDADEA, colour=factor(Cor2))) p8<- c + stat_smooth(method="lm")+ xlab("years")+ylab("Diastolic blood pressure (mmHg)")+scale_colour_hue(name="Ethnicity")+labs(title = "Male")+ylim(67,81) #################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ################################### ________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Quinta-feira, 19 de Setembro de 2013 0:15 Assunto: Re: [R-br] loess ggplot2 isso nao e' um bug.. e' uma msg de aviso te dizendo que nao e' o loess que esta' sendo utilizado... Em 17 de setembro de 2013 16:46, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu: Pois é consultei uma lista fora me disseram que é um bug que ocorre no ggplot2.
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Assunto: Re: [R-br] loess ggplot2
entao, neste caso, vc precisa ler direitinho a documentacao.... o ggplot esta' te dizendo que optou por usar o GAM ao inves de loess... e, com GAM, e' um esquema diferente para escolha de parametros de alisamento.... (minha - fraca - memoria nao se recorda de "span" para GAMs)....
Em 17 de setembro de 2013 15:36, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu:
Obrigado benilton
abraços
Uma outra dúvida, esta dando uma menssagem, na hora de plotar o gráfico, andei pesquisando eles informaram que não é erro, apenas um bug do ggplot2. Veja o erro
geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. ###
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0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero).
se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira...
b
Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu:
Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
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Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
---
Atenciosamente, Raphael Saldanha
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On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa
noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil
linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Consegui modificar agora ele esta trazendo apenas a cor azul, porém quero a cor preta, segue em o código. Usei o comando linetype, porém ele esta fazendo as modificações de estilo da linha na cor azul. c <- ggplot(data2.fem.3raca, aes(y=Pasajuste.fem, x=IDADEA, linetype=factor(Cor2))) p5<-c + stat_smooth(method="loess",span=0.75)+ xlab("years")+ylab("Systolic blood pressure (mmHg)")+scale_colour_hue(name="Ethnicity")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "Female")+opts(legend.position = "none") #################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ################################### ________________________________ De: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> Para: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Quinta-feira, 26 de Setembro de 2013 16:00 Assunto: ggplot2 Olá pessoal boa tarde tenho comando abaixo que gera uma linha suave sobre os meus dados, ou seja, uma loess com span=0.75. Estou classificando a variável pressão por categorias de raça, tenho 3 categorias, porem gostaria de colocar cores neutras como faço? tipo assim Negros _____________, Pardos ------------------, Brancos +++++++. Algo proximo a isso, como faço? c <- ggplot(data2.masc.3raca, aes(y=Padajuste.masc, x=IDADEA, colour=factor(Cor2))) p8<- c + stat_smooth(method="lm")+ xlab("years")+ylab("Diastolic blood pressure (mmHg)")+scale_colour_hue(name="Ethnicity")+labs(title = "Male")+ylim(67,81) #################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ################################### ________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Quinta-feira, 19 de Setembro de 2013 0:15 Assunto: Re: [R-br] loess ggplot2 isso nao e' um bug.. e' uma msg de aviso te dizendo que nao e' o loess que esta' sendo utilizado... Em 17 de setembro de 2013 16:46, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu: Pois é consultei uma lista fora me disseram que é um bug que ocorre no ggplot2.
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________________________________ De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Para: geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> Cc: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 16:37
Assunto: Re: [R-br] loess ggplot2
entao, neste caso, vc precisa ler direitinho a documentacao.... o ggplot esta' te dizendo que optou por usar o GAM ao inves de loess... e, com GAM, e' um esquema diferente para escolha de parametros de alisamento.... (minha - fraca - memoria nao se recorda de "span" para GAMs)....
Em 17 de setembro de 2013 15:36, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu:
Obrigado benilton
abraços
Uma outra dúvida, esta dando uma menssagem, na hora de plotar o gráfico, andei pesquisando eles informaram que não é erro, apenas um bug do ggplot2. Veja o erro
geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. geom_smooth: method="auto" and size of largest group is >=1000, so using gam with formula: y ~ s(x, bs = "cs"). Use 'method = x' to change the smoothing method. ###
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0.75 e' provavelmente o valor utilizado (seguindo as recomendacoes da ajuda foi q cheguei a este numero).
se vc nao estiver confiante, fixe manualmente o valor que vc queira...
b
Em 17 de setembro de 2013 15:02, geovane barbosa <geovanecb@yahoo.com.br> escreveu:
Olá pessoal boa tarde.
estou utilizando um comando do ggplot2 de método de suavização da seguinte forma:
6<-c + stat_smooth(method="auto")+ xlab("years")+ylab("")+scale_colour_hue(name=" ")+xlim(35,74)+ylim(105,130)+labs(title = "") c <- ggplot(data, aes(y=pressured, x=age, colour=factor(race)))
A pergunta é, qual o span ele está utilizando como default?
abraços
#################################### #################################### Prof. Geovane Carlos Barbosa UCL - Faculdade do Centro Leste ################################### ###################################
________________________________ De: Raphael Saldanha <rfsaldanha@outlook.com> Para: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 8:37 Assunto: Re: [R-br] Banco de dados muito grande
Seguindo a sugestão do pessoal, tendo o arquivo em TXT, você pode usar o read.fwf, ou o read.csv (read.csv2 para ponto-e-virgula) para arquivos CSV.
Havendo necessidade de permanecer no Excel, faça um teste com um arquivo menor, com apenas uma dezena de linhas, para ver se há algum problema/incompatibilidade no pacote que faz a leitura, ou no cabeçalho do arquivo, ou alguma outra coisa.
---
Atenciosamente, Raphael Saldanha
rfsaldanha@outlook.com
________________________________ From: sznelwar@uol.com.br To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Tue, 17 Sep 2013 08:31:53 -0300 Subject: Re: [R-br] Banco de dados muito grande
On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa
noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil
linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson,
Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema.
Observe algumas coisas:
1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space)
2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes ....
[]s Tura
Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Obrigado a todos pela sugestão, vou fazer a conversão e tentar novamente. [ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas ________________________________ De: Mauro Sznelwar <sznelwar@uol.com.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 7:31 Assunto: Re: [R-br] Banco de dados muito grande On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding=
"UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em
.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, :
java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson, Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema. Observe algumas coisas: 1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space) 2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes .... []s Tura Aproveitando a sugestão do Tura. seria talvez conveniente transformar em .txt e experimentar. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Obrigado Tura, vou converter para csv e tentar novamente. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas ________________________________ De: Bernardo Rangel Tura <tura@centroin.com.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> Enviadas: Terça-feira, 17 de Setembro de 2013 5:26 Assunto: Re: [R-br] Banco de dados muito grande On 09/16/2013 06:11 PM, Edson Lira wrote:
Caros amigos, boa noite, tenho um banco de dados com 10 mb e 176 mil linhas com 11 colunas.
Estou usando:
tra<-read.xlsx("/Users/edsonlira/Minuza/Dados_geral.xlsx",1,header=T,encoding= "UTF-8")
Me mostra o seguinte erro: Erro em .jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
O que devo fazer?
[ ]'s. Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
Edson, Não acho este banco em si grande. Já trabalhei com bancos na ordem de milhões de linhas sem problema. Observe algumas coisas: 1- Pela mensagem de erro, o problema está ocorrendo no Java (java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space) 2- Sempre trabalhe com tipos de arquivos mais simples, o csv por exemplo. Assim você não depende de outros pacotes .... []s Tura
participantes (8)
-
Benilton Carvalho -
Bernardo Rangel Tura -
Edson Lira -
geovane barbosa -
Gilbert Queiroz -
Manoel Galdino -
Mauro Sznelwar -
Raphael Saldanha