Linux - Compilando o R a partir dos fontes
Olá pessoal, Tenho percebido um ganho de velocidade muito grande do R compilando a partir dos fontes no Linux (tenho estado usando o LMDE/Xfce rolling - Linux Mint derivado do Debian com ambiente gráfico Xfce). Creio que todos que estão acompanhando as mudanças da versão 14 tem percebido isso. Quem não está acompanhando sugiro testarem e se informarem a respeito. Abaixo uma breve lista do que venho fazendo para baixar os fontes, atualizar, compilar e instalar. R-patched: --------------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/branches/R-2-13-branch/ R-pat 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install R-dev: -------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-dev 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install Atualizações (R-pat ou R-dev): ----------------------------------------- 1. svn update 2. svn commit 3. make distclean 4. ./tools/rsync-recommended 5. ./configure --with-tcltk 6. make 7. sudo make install Este post tem duplo objetivo: 1- Dar umas dicas básicas (e críticas) para quem está começando; 2- Compartilhar minhas experiências e ver o que poderia fazer de uma forma melhor via sugestões. Para quem não conheçe o svn: http://pt.wikipedia.org/wiki/Subversion Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
As flags que eu uso: ./configure --with-x \ --enable-R-shlib \ --with-lapack \ --with-blas \ F77=gfortran \ LIBnn=lib ATLAS: http://aur.archlinux.org/packages/atlas-lapack/PKGBUILD Compilar uma implementação BLAS com suporte a mais de um núcleo foi o que realmente fez diferença aqui. 2011/8/9 Jose Claudio Faria <joseclaudio.faria@gmail.com>:
Olá pessoal,
Tenho percebido um ganho de velocidade muito grande do R compilando a partir dos fontes no Linux (tenho estado usando o LMDE/Xfce rolling - Linux Mint derivado do Debian com ambiente gráfico Xfce).
Creio que todos que estão acompanhando as mudanças da versão 14 tem percebido isso. Quem não está acompanhando sugiro testarem e se informarem a respeito.
Abaixo uma breve lista do que venho fazendo para baixar os fontes, atualizar, compilar e instalar.
R-patched: --------------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/branches/R-2-13-branch/ R-pat 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install
R-dev: -------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-dev 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install
Atualizações (R-pat ou R-dev): ----------------------------------------- 1. svn update 2. svn commit 3. make distclean 4. ./tools/rsync-recommended 5. ./configure --with-tcltk 6. make 7. sudo make install
Este post tem duplo objetivo: 1- Dar umas dicas básicas (e críticas) para quem está começando; 2- Compartilhar minhas experiências e ver o que poderia fazer de uma forma melhor via sugestões.
Para quem não conheçe o svn: http://pt.wikipedia.org/wiki/Subversion
Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Oi Gustavo, Bacana compartilhar seus conhecimentos! Dá para dar umas dicas (básicas) do que faz cada uma das opções do ./configure? Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Em 9 de agosto de 2011 19:31, Gustavo Carvalho <gustavo.bio@gmail.com> escreveu:
As flags que eu uso:
./configure --with-x \ --enable-R-shlib \ --with-lapack \ --with-blas \ F77=gfortran \ LIBnn=lib
ATLAS:
http://aur.archlinux.org/packages/atlas-lapack/PKGBUILD
Compilar uma implementação BLAS com suporte a mais de um núcleo foi o que realmente fez diferença aqui.
2011/8/9 Jose Claudio Faria <joseclaudio.faria@gmail.com>:
Olá pessoal,
Tenho percebido um ganho de velocidade muito grande do R compilando a partir dos fontes no Linux (tenho estado usando o LMDE/Xfce rolling - Linux Mint derivado do Debian com ambiente gráfico Xfce).
Creio que todos que estão acompanhando as mudanças da versão 14 tem percebido isso. Quem não está acompanhando sugiro testarem e se informarem a respeito.
Abaixo uma breve lista do que venho fazendo para baixar os fontes, atualizar, compilar e instalar.
R-patched: --------------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/branches/R-2-13-branch/ R-pat 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install
R-dev: -------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-dev 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install
Atualizações (R-pat ou R-dev): ----------------------------------------- 1. svn update 2. svn commit 3. make distclean 4. ./tools/rsync-recommended 5. ./configure --with-tcltk 6. make 7. sudo make install
Este post tem duplo objetivo: 1- Dar umas dicas básicas (e críticas) para quem está começando; 2- Compartilhar minhas experiências e ver o que poderia fazer de uma forma melhor via sugestões.
Para quem não conheçe o svn: http://pt.wikipedia.org/wiki/Subversion
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Caros nesta linha lembro que tem um script disponivel (para linux) em http://www.leg.ufpr.br/doku.php/dicas:r-compila instucoies na pagina e inclui dependencias do sistema On Tue, 9 Aug 2011, Jose Claudio Faria wrote:
Oi Gustavo,
Bacana compartilhar seus conhecimentos! Dá para dar umas dicas (básicas) do que faz cada uma das opções do ./configure?
Abs, -- ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica - Prof. Pleno UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\
Em 9 de agosto de 2011 19:31, Gustavo Carvalho <gustavo.bio@gmail.com> escreveu:
As flags que eu uso:
./configure --with-x \ --enable-R-shlib \ --with-lapack \ --with-blas \ F77=gfortran \ LIBnn=lib
ATLAS:
http://aur.archlinux.org/packages/atlas-lapack/PKGBUILD
Compilar uma implementação BLAS com suporte a mais de um núcleo foi o que realmente fez diferença aqui.
2011/8/9 Jose Claudio Faria <joseclaudio.faria@gmail.com>:
Olá pessoal,
Tenho percebido um ganho de velocidade muito grande do R compilando a partir dos fontes no Linux (tenho estado usando o LMDE/Xfce rolling - Linux Mint derivado do Debian com ambiente gráfico Xfce).
Creio que todos que estão acompanhando as mudanças da versão 14 tem percebido isso. Quem não está acompanhando sugiro testarem e se informarem a respeito.
Abaixo uma breve lista do que venho fazendo para baixar os fontes, atualizar, compilar e instalar.
R-patched: --------------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/branches/R-2-13-branch/ R-pat 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install
R-dev: -------- 1. svn checkout https://svn.r-project.org/R/trunk/ R-dev 2. ./tools/rsync-recommended 3. ./configure --with-tcltk 4. make 5. sudo make install
Atualizações (R-pat ou R-dev): ----------------------------------------- 1. svn update 2. svn commit 3. make distclean 4. ./tools/rsync-recommended 5. ./configure --with-tcltk 6. make 7. sudo make install
Este post tem duplo objetivo: 1- Dar umas dicas básicas (e críticas) para quem está começando; 2- Compartilhar minhas experiências e ver o que poderia fazer de uma forma melhor via sugestões.
Para quem não conheçe o svn: http://pt.wikipedia.org/wiki/Subversion
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participantes (3)
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Gustavo Carvalho -
Jose Claudio Faria -
Paulo Justiniano