boa tarde porque me dá este erro? all.equal(integrate(f=fdp_expweibull,par=c(1,1,1),0,Inf)$value, 1) Error in match.fun(f) : object 'fdp_expweibull' not found Ana Quoting r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br:
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
Tópicos de Hoje:
1. Re: Simulação estocástica (Walmes Zeviani) 2. Re: Coordenadas e distâncias (Tito Conte) 3. Re: Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado (Ivan Bezerra Allaman) 4. Re: Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado (Cesar Rabak) 5. Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear (Fernando Antonio de souza) 6. Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 (Nicolay Cunha) 7. Re: Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear (walmes .) 8. Re: Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 (walmes .) 9. Re: Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 (Nicolay Cunha) 10. Re: Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear (Fernando Antonio de souza) 11. Dados semanais (ARMIN KOENIG) 12. Re: Dados semanais (Edson Lira)
----------------------------------------------------------------------
Message: 1 Date: Thu, 11 Jul 2013 12:14:10 -0300 From: Walmes Zeviani <walmes@ufpr.br> To: Hildemar Calixto <hildemarcalixto@yahoo.com>, r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Simulação estocástica Message-ID: <CAFU=Eka_ka3W7uF_i3rzRMmdkgNDK+SDDMv_mxGLEqTpGdTSng@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Hildemar,
Envie sua mensagem para o endereço da lista (r-br@listas.c3sl.ufpr.br) e não para os administradores dela. Envite enviar arquivos anexos. A lista recomenda que você hospede em algum lugar (na public do DropBox por exemplo) e envie o link para acesso.
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
2013/7/11 Hildemar Calixto <hildemarcalixto@yahoo.com>
Prezados, gostaria de sua ajuda para resolver um problema de simulação, no qual utilizo o método da transformação inversa para gerar valores de uma v.a. com distribuição hipergeométrica. Conforme material anexo (pág. 80) fiz uma função para tal fim, porém está fornece alguns valores "NA" e não sei como solucionar.
Agradeço desde já a ajuda.
-------------------------------- Hildemar Calixto Graduando em Estatística Universidade Federal do Ceará --------------------------------
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/0e9d581e/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 2 Date: Thu, 11 Jul 2013 12:17:13 -0300 From: Tito Conte <tito.conte@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Coordenadas e distâncias Message-ID: <CACqq46xQ0Hm8PnPE0jHiChvqu8vhRtiRpocdX9G3HqKEAAH=9g@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
utilize um laço, o comando for ou while resolvem, dependendo do que você deseje fazer
Tito Conte
2013/7/8 Roberto Guevara <robertoguevara.bio@gmail.com>
Olá pessoal do R-br.
Meus dados consistem basicamente em coordenadas e o horário em que cada ponto foi obtido, como exemplificado a seguir:
obs dia min x y 1 1 400 425 475 2 1 410 425 425 3 1 420 475 325 4 1 430 525 325 5 1 435 525 275 6 1 443 525 275
obs se refere a cada unidade de amostra, dia a cada dia de coleta (um total de 73), min é o horário em unidades de minutos e x e y cada elemento do ponto cartesiano.
O que preciso obter desses dados é a distribuição de distâncias euclidianas entre um ponto escolhido aleatoriamente e todos os pontos seguintes de um mesmo dia. Ou seja, preciso escolher aleatoriamente um ponto por dia, calcular, para todos os dias, a euclidiana entre este ponto e todos os pontos posteriores do mesmo dia e relacionar a distância espacial com a diferença de tempo entre os pontos e o dia em que cada distância está associada.
Eu já elaborei um código pra isso. Caso tenham sugestões para melhorar o código, ficarei agradecido. Porém, não consigo passar para uma próxima etapa. Como poderia fazer para repetir esse procedimento o número de vezes que fosse necessário? Por exemplo, existem milhares de combinações de pontos escolhidos aleatoriamente ao longo dos 73 dias. Eu gostaria de repetir o procedimento 1000 vezes para ter uma ideia da variação de distribuição de distâncias que posso obter em decorrência da escolha aleatória de um ponto de origem por dia.
Código já elaborado:
arquivo<-read.table("arquivo.txt",head=T)
fixo<-numeric() #vetor com origens de cada dia ult<-numeric() #vetor com últimos pontos de cada dia xy<-list() #lista para armazenar a "parte dos pontos de cada dia" delimitadas por fixo e ult hor<-list() #lista para armazenar a "parte dos horarios de cada dia" delimitadas por fixo e ult distancias<-list()#distancias euclidianas tempo<-list()#diferença de tempo entre os pontos dia<-list()#dia de coleta for (i in 1:max(unique(arquivo$dia))){ #repetindo até o total de dias fixo[i]<-sample(arquivo$obs[arquivo$dia==i],1)#sorteio ponto de origem ult[i]<-max(arquivo$obs[arquivo$dia==i])#armazenando último ponto de cada dia xy[[i]]<-arquivo[fixo[i]:ult[i],4:5]#armazenando parte dos pontos de cada dia hor[[i]]<-arquivo[fixo[i]:ult[i],6]#armazenando parte dos horários de cada dia distancias[[i]]<-dist(xy[[i]])[1:nrow(xy[[i]])-1]#somente as distâncias em relação ao primeiro ponto interessam tempo[[i]]<-dist(horarios[[i]])[1:length(horarios[[i]])-1]#somente diferenças ao primeiro ponto dia[[i]]<-rep(i,length(arquivo$dia[fixo[i]:ult[i]])-1)$cada dia de coleta }
distancias<-unlist(distancias) tempo<-unlist(tempo) dia<-unlist(dia)
dtd<-data.frame(distancias,tempo,dia)
Este data.frame seria como uma unidade de amostra das milhares de distribuições que são possíveis de obter. Como otimizar para que qualquer número desejado não seja dispendioso de obter?
Obrigado pela atenção
-- Roberto Guevara Ferreira Lima
Biólogo - CRBio 6ª Região: 73146/06-D Mestre em Zoologia Laboratório de Ecologia e Zoologia de Vertebrados Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal do Pará Rua Augusto Corrêa, nº 01 - Bairro: Guamá. CEP: 66075-110 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/7363382159007600 _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/69054e0a/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 3 Date: Thu, 11 Jul 2013 08:23:33 -0700 (PDT) From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> To: R Brasil <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado Message-ID: <1373556213.31227.YahooMailNeo@web162301.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Esta dúvida já foi sanada a "n" tópicos atrás. Para obter a mesma soma de quadrados do tipo III do SAS, você precisa usar a mesma reparametrização do "DEMO", ou seja, SOMA ZERO.
(s,f,p) Allaman
\begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature} -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/31c1bdcd/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 4 Date: Thu, 11 Jul 2013 15:11:17 -0200 From: Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado Message-ID: <CAKrF98kGO-9eeDX00x9Q59MrHfTqj+LXqGQwqCE-CVcq-+7Tww@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Ivan,
Estou entendendo que você acha que já vale a pena termos um FAQ desta lista?
[]s -- Cesar Rabak
2013/7/11 Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br>
Esta dúvida já foi sanada a "n" tópicos atrás. Para obter a mesma soma de quadrados do tipo III do SAS, você precisa usar a mesma reparametrização do "DEMO", ou seja, SOMA ZERO.
(s,f,p) Allaman * * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com @ \end{signature}
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/03299d22/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 5 Date: Thu, 11 Jul 2013 17:17:52 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear Message-ID: <CAFrWFs=1ozgQT9Y7vfJaczLPwkX8LNsj+taEiFFuj+1unxR0Kg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Caros amigos
Estou tentando criar um gráfico de um modelo não linear utilizando a função gnls (pacote nlme). Utilizei essa função por que meus dados não possuem variâncias homogêneas e a função gnls me permite lidar melhor com isso.
Pois bem. Dei uma lida no post do Walmes em seu blogo (Ridículas) sobre como fazer ( http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/19/bandas-de-confianca-para-modelo-de...) no entanto não consigo obter a matriz gradiente e Hessiana neste modelo e por isso não consigo dar continuidade.
Abaixo segue o CMR, bem como os comando fornecido pelo Walmes até onde consegui evoluir. Este é meu gargalo!
Desde já agradeço a atenção
GM<-structure(list(Animal = c(1L, 60L, 62L, 68L, 72L, 7L, 73L, 98L, 99L, 100L, 91L, 92L, 93L, 51L, 83L, 89L, 86L, 87L, 94L, 95L, 17L, 82L, 84L, 97L, 3L, 76L, 78L, 48L, 52L, 55L, 69L, 13L, 22L, 33L, 63L, 12L, 67L, 77L, 80L, 41L, 42L, 46L, 50L, 25L, 53L, 57L, 64L, 28L, 35L, 58L, 61L, 21L, 24L, 54L, 59L, 20L, 30L, 38L, 45L, 10L, 11L, 19L, 9L, 14L, 18L, 32L, 56L, 2L, 4L, 5L, 23L, 27L, 29L, 40L, 47L, 6L, 8L, 31L, 34L, 36L, 39L, 44L, 65L), Manejo = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), Gest = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L), Fetos = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), NaGLAMA = c(0.515523054, 0.274319898, 0.260406616, 0.345393579, 0.941416811, 3.242298603, 0.543581754, NA, NA, 0.310913983, 0.103119122, 0.242179757, 1.511982572, 0.248561812, 1.377624119, 1.239927094, NA, 0.347712662, NA, 0.907352204, NA, 1.629736193, 0.707560235, 1.260423046, 0.6423459, 1.314054397, NA, 0.728530524, 0.398189115, 0.749234643, 0.544891837, NA, 5.434432736, 1.273166074, NA, 1.055026755, 0.937103858, 1.297767845, 0.691943258, 1.336532109, NA, 1.69233929, 2.762457777, 1.639361362, 1.220678864, 0.696944641, 0.555373873, 2.694735252, 1.593673698, 4.8664716, 1.14279477, 0.952757874, 1.538877833, 3.417410969, NA, 3.827188165, 4.90094219, NA, 1.254578538, 3.997852624, 1.562503764, 2.689082873, 8.459237956, 8.787103701, 2.535628503, 4.715973548, 2.187817632, 1.860875669, 2.656679208, 4.929889812, 2.548334487, 4.177756252, 4.293566946, 5.717494612, 1.55775636, 4.922141642, 4.650077264, 6.112568346, 5.235183032, 1.907048841, 2.814221997, 5.477504341, 5.465705692)), .Names = c("Animal", "Manejo", "Gest", "Fetos", "NaGLAMA"), row.names = c(NA, -83L), class = "data.frame")
library(nlme) NAGLM1<-gnls(NaGLAMA~a*exp(c*Gest),start=list(a=0.04,c=0.03),weight=varIdent(form=~1|Gest),na.action=na.omit,data=GM[-c(59,57,61),],subset=c(Gest>0 & Fetos==1))
#Códigos fornecidos pelo Walmes Adaptado
criando função que representa o modelo, retorna gradidente e hessiano
expo.der <- deriv3(~a*exp(c*Gest), c("a", "c"), function(Gest, a,c) NULL) str(expo.der)
#----------------------------------------------------------------------------- # diagnose gráfica e primeiro chute
plot(NaGLAMA~Gest, data=GM, xlab="idade Gestacional (dias)", ylab="Conteudo de sodio(g)") a <- 0.04; c <-0.03; curve(expo.der(x, a, c), add=TRUE, col=2) start <- list(a=a, c=c)
#----------------------------------------------------------------------------- # ajustando o modelo aos dados a partir dos valores iniciais via gráfico
n0 <- gnls(NaGLAMA~expo.der(Gest, a,c),weight=varIdent(form=~1|Gest),na.action=na.omit, data=GM[-c(59,57,61),], start=start) summary(n0) confint(n0) #---------------------------------------------------------------------------------------------------- #Não consigo acessar estas matrizes. Não consegui progredi. str(n0) str(n0$m$fitted()) c(n0$m$fitted()) attr(n0$m$fitted(), "gradient") attr(n0$m$fitted(), "hessian") -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/daa99be6/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 6 Date: Thu, 11 Jul 2013 18:20:10 -0400 From: Nicolay Cunha <nicolaycunha@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 Message-ID: <CAAPK02Akk8Yzv6bprcRXRf7ZyMig0AjeXC2TgZ9odhDr=LjFTg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
# Prezados, # tenho uma dúvida em relação a ordenação dos boxplots em relação à mediana em um gráfico de três fatores. # quero que os boxplots fiquem ordenados da maior para a menor mediana (escada), dentro de cada nível do fator que confere as cores no gráfico # abaixo o CMR
################################################################################################################################ #install.packages("ggplot2") library(ggplot2) cmr <- read.table ('http://pastebin.com/raw.php?i=61J9W4Gt', header = T) str(cmr)
#ordenando fatores cmr$height <- factor(cmr$height, levels = c('h','m','l')) cmr$Pulse <- factor (cmr$Pulse, levels = c("1LF_Low_Short", "2PF_Low_Short", "2PF_Medium_Medium", "3GF_Medium_Short","3GF_Medium_Long"))
#plot ggplot(cmr, aes( height , variable, colour = factor(pop, levels = pop[order(factor(Pulse))]), fill = factor(Pulse)))+ xlab ('Anther levels')+ ylab ('Length (mm)')+ scale_colour_manual( values = rep("black", 24), legend = FALSE) + scale_fill_manual(name = 'Flood Pulse intensity', values = c("#E5E5E5", "#ACACAC", "#747474", "#3B3B3B", "#030303"))+ geom_boxplot(mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", position = "dodge", outlier.colour = "black", outlier.shape = 8, outlier.size = 1.5, notch = FALSE, notchwidth = 0.5, show_guide = TRUE)+ theme_bw() ################################################################################################################################
# a dúvida é, como ordenar os boxplots dentro de cada nível de Flood em ordem descrescente da mediana (varias escadinhas)? # []
-- Nicolay Leme da Cunha
Biólogo, Mestre, Doutorando em Ecologia e Conservação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, 79070-900 Campo Grande, MS, Brasil E-mail: nicolaycunha@gmail.com lattes.cnpq.br/5916316648872099
------------------------------
Message: 7 Date: Thu, 11 Jul 2013 19:32:00 -0300 From: "walmes ." <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear Message-ID: <CAFU=EkZZ7TPMxfvYfgh8d2GohxdFeVBSZibMRqDs1zgnU1-SvA@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Para você extrair n0 tem que ser de classe 'nls' e você tá usando a 'gnls'. Então as matrizes por fora assim
x <- seq(0,140,20) args(expo.der) m <- expo.der(Gest=x, a=coef(n0)["a"], c=coef(n0)["c"])
c(m) attr(m, "gradient") attr(m, "hessian")
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/acbdb490/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 8 Date: Thu, 11 Jul 2013 20:31:54 -0300 From: "walmes ." <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 Message-ID: <CAFU=Eka7H0-6v2=zivwm0B_3G-r-R9msY+P++WsPA+JQczhbzQ@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Eu sei fazer com a lattice. Está nesse script
http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnj/script2.R
Vá executando desde o começo por causa das manipuções com a base de dados que é feita em sequência e tals. A parte que interessa é em torno da linha 405.
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ========================================================================== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/fcfcbeba/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 9 Date: Thu, 11 Jul 2013 20:20:04 -0400 From: Nicolay Cunha <nicolaycunha@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 Message-ID: <CAAPK02Cd18FgjkUwaFPCz7dOomB13=GtTVBGfQKDNK_kYE_aTw@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
Obrigado Walmes, se não houver como fazer isso no ggplot2 partirei pro lattice como você sugere. Nicolay
2013/7/11 walmes . <walmeszeviani@gmail.com>:
Eu sei fazer com a lattice. Está nesse script
http://www.leg.ufpr.br/~walmes/cursoR/cnj/script2.R
Vá executando desde o começo por causa das manipuções com a base de dados que é feita em sequência e tals. A parte que interessa é em torno da linha 405.
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Nicolay Leme da Cunha
Biólogo, Mestre, Doutorando em Ecologia e Conservação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, 79070-900 Campo Grande, MS, Brasil E-mail: nicolaycunha@gmail.com lattes.cnpq.br/5916316648872099
------------------------------
Message: 10 Date: Thu, 11 Jul 2013 21:56:57 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear Message-ID: <CAFrWFsmgR4r0YkFBbHw-7jvL3NoavXXnohOBJT60peUR5m4u-A@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Mais uma vez, muito obrigado Walmes! Acabei de rodar aqui e pelo jeito é muito mais simples que pelo nls.
Muito obrigado
Em 11 de julho de 2013 19:32, walmes . <walmeszeviani@gmail.com> escreveu:
Para você extrair n0 tem que ser de classe 'nls' e você tá usando a 'gnls'. Então as matrizes por fora assim
x <- seq(0,140,20) args(expo.der) m <- expo.der(Gest=x, a=coef(n0)["a"], c=coef(n0)["c"])
c(m) attr(m, "gradient") attr(m, "hessian")
À disposição. Walmes.
========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/c9902af6/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 11 Date: Thu, 11 Jul 2013 18:16:53 -0700 (PDT) From: ARMIN KOENIG <arminkoenig19@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Dados semanais Message-ID: <1373591813.54894.YahooMailNeo@web162004.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Prezados, Estou lidando com uma série temporal, que tem 55 semanas. Para realizar os cálculos de previsão, utilizei: frequency=7, start=c(....), end=c(...) e funcionou. Mas, quando pedi plot (gerar o gráfico), o R devolveu-me um eixo X muito estranho. Minha dúvida é: como faço para que o "começo" (semana) e o "final" (também semana), seja plotado adequadamente? Obrigado pela ajuda, Armin -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/61ca3c78/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 12 Date: Fri, 12 Jul 2013 05:51:41 -0700 (PDT) From: Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>, ARMIN KOENIG <arminkoenig19@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Dados semanais Message-ID: <1373633501.42969.YahooMailNeo@web161206.mail.bf1.yahoo.com> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Poste um CMR. Umas linhas de seu banco de dados, por exemplo no DatafileHost, DropBox e poste o link para nossos amigos possam ajudá-lo, inclusive o seu script também pode ser postado.
[ ]'s.
Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
________________________________ De: ARMIN KOENIG <arminkoenig19@yahoo.com.br> Para: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Quinta-feira, 11 de Julho de 2013 21:16 Assunto: [R-br] Dados semanais
Prezados, Estou lidando com uma série temporal, que tem 55 semanas. Para realizar os cálculos de previsão, utilizei: frequency=7, start=c(....), end=c(...) e funcionou. Mas, quando pedi plot (gerar o gráfico), o R devolveu-me um eixo X muito estranho. Minha dúvida é: como faço para que o "começo" (semana) e o "final" (também semana), seja plotado adequadamente? Obrigado pela ajuda, Armin _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130712/41966ff1/attachment-0001.html>
------------------------------
Subject: Legenda do Digest
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
------------------------------
Fim da Digest R-br, volume 31, assunto 15 *****************************************
Pq vc não definiu a referida função (veja o erro "object not found") On 12 Jul 2013 13:23, <alanarocha@sapo.pt> wrote:
boa tarde porque me dá este erro? all.equal(integrate(f=fdp_**expweibull,par=c(1,1,1),0,Inf)**$value, 1) Error in match.fun(f) : object 'fdp_expweibull' not found
Ana Quoting r-br-request@listas.c3sl.ufpr.**br<r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> :
Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Para se cadastrar ou descadastrar via WWW, visite o endereço https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> ou, via email, envie uma mensagem com a palavra 'help' no assunto ou corpo da mensagem para r-br-request@listas.c3sl.ufpr.**br<r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br>
Você poderá entrar em contato com a pessoa que gerencia a lista pelo endereço r-br-owner@listas.c3sl.ufpr.br
Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
Tópicos de Hoje:
1. Re: Simulação estocástica (Walmes Zeviani) 2. Re: Coordenadas e distâncias (Tito Conte) 3. Re: Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado (Ivan Bezerra Allaman) 4. Re: Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado (Cesar Rabak) 5. Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear (Fernando Antonio de souza) 6. Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 (Nicolay Cunha) 7. Re: Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear (walmes .) 8. Re: Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 (walmes .) 9. Re: Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 (Nicolay Cunha) 10. Re: Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear (Fernando Antonio de souza) 11. Dados semanais (ARMIN KOENIG) 12. Re: Dados semanais (Edson Lira)
------------------------------**------------------------------** ----------
Message: 1 Date: Thu, 11 Jul 2013 12:14:10 -0300 From: Walmes Zeviani <walmes@ufpr.br> To: Hildemar Calixto <hildemarcalixto@yahoo.com>, r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Simulação estocástica Message-ID: <CAFU=Eka_ka3W7uF_**i3rzRMmdkgNDK+SDDMv_** mxGLEqTpGdTSng@mail.gmail.com<Eka_ka3W7uF_i3rzRMmdkgNDK%2BSDDMv_mxGLEqTpGdTSng@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Hildemar,
Envie sua mensagem para o endereço da lista (r-br@listas.c3sl.ufpr.br) e não para os administradores dela. Envite enviar arquivos anexos. A lista recomenda que você hospede em algum lugar (na public do DropBox por exemplo) e envie o link para acesso.
À disposição. Walmes.
==============================**==============================** ============== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==============================**==============================** ==============
2013/7/11 Hildemar Calixto <hildemarcalixto@yahoo.com>
Prezados, gostaria de sua ajuda para resolver um problema de simulação,
no qual utilizo o método da transformação inversa para gerar valores de uma v.a. com distribuição hipergeométrica. Conforme material anexo (pág. 80) fiz uma função para tal fim, porém está fornece alguns valores "NA" e não sei como solucionar.
Agradeço desde já a ajuda.
------------------------------**-- Hildemar Calixto Graduando em Estatística Universidade Federal do Ceará ------------------------------**--
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/0e9d581e/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/0e9d581e/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 2 Date: Thu, 11 Jul 2013 12:17:13 -0300 From: Tito Conte <tito.conte@gmail.com> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Coordenadas e distâncias Message-ID: <**CACqq46xQ0Hm8PnPE0jHiChvqu8vhR**tiRpocdX9G3HqKEAAH=9g@mail.** gmail.com <9g@mail.gmail.com>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
utilize um laço, o comando for ou while resolvem, dependendo do que você deseje fazer
Tito Conte
2013/7/8 Roberto Guevara <robertoguevara.bio@gmail.com>
Olá pessoal do R-br.
Meus dados consistem basicamente em coordenadas e o horário em que cada ponto foi obtido, como exemplificado a seguir:
obs dia min x y 1 1 400 425 475 2 1 410 425 425 3 1 420 475 325 4 1 430 525 325 5 1 435 525 275 6 1 443 525 275
obs se refere a cada unidade de amostra, dia a cada dia de coleta (um total de 73), min é o horário em unidades de minutos e x e y cada elemento do ponto cartesiano.
O que preciso obter desses dados é a distribuição de distâncias euclidianas entre um ponto escolhido aleatoriamente e todos os pontos seguintes de um mesmo dia. Ou seja, preciso escolher aleatoriamente um ponto por dia, calcular, para todos os dias, a euclidiana entre este ponto e todos os pontos posteriores do mesmo dia e relacionar a distância espacial com a diferença de tempo entre os pontos e o dia em que cada distância está associada.
Eu já elaborei um código pra isso. Caso tenham sugestões para melhorar o código, ficarei agradecido. Porém, não consigo passar para uma próxima etapa. Como poderia fazer para repetir esse procedimento o número de vezes que fosse necessário? Por exemplo, existem milhares de combinações de pontos escolhidos aleatoriamente ao longo dos 73 dias. Eu gostaria de repetir o procedimento 1000 vezes para ter uma ideia da variação de distribuição de distâncias que posso obter em decorrência da escolha aleatória de um ponto de origem por dia.
Código já elaborado:
arquivo<-read.table("arquivo.**txt",head=T)
fixo<-numeric() #vetor com origens de cada dia ult<-numeric() #vetor com últimos pontos de cada dia xy<-list() #lista para armazenar a "parte dos pontos de cada dia" delimitadas por fixo e ult hor<-list() #lista para armazenar a "parte dos horarios de cada dia" delimitadas por fixo e ult distancias<-list()#distancias euclidianas tempo<-list()#diferença de tempo entre os pontos dia<-list()#dia de coleta for (i in 1:max(unique(arquivo$dia))){ #repetindo até o total de dias fixo[i]<-sample(arquivo$obs[**arquivo$dia==i],1)#sorteio ponto de origem ult[i]<-max(arquivo$obs[**arquivo$dia==i])#armazenando último ponto de cada dia xy[[i]]<-arquivo[fixo[i]:ult[**i],4:5]#armazenando parte dos pontos de cada dia hor[[i]]<-arquivo[fixo[i]:ult[**i],6]#armazenando parte dos horários de cada dia distancias[[i]]<-dist(xy[[i]])**[1:nrow(xy[[i]])-1]#somente as distâncias em relação ao primeiro ponto interessam tempo[[i]]<-dist(horarios[[i]]**)[1:length(horarios[[i]])-1]#** somente diferenças ao primeiro ponto dia[[i]]<-rep(i,length(**arquivo$dia[fixo[i]:ult[i]])-**1)$cada dia de coleta }
distancias<-unlist(distancias) tempo<-unlist(tempo) dia<-unlist(dia)
dtd<-data.frame(distancias,**tempo,dia)
Este data.frame seria como uma unidade de amostra das milhares de distribuições que são possíveis de obter. Como otimizar para que qualquer número desejado não seja dispendioso de obter?
Obrigado pela atenção
-- Roberto Guevara Ferreira Lima
Biólogo - CRBio 6ª Região: 73146/06-D Mestre em Zoologia Laboratório de Ecologia e Zoologia de Vertebrados Instituto de Ciências Biológicas Universidade Federal do Pará Rua Augusto Corrêa, nº 01 - Bairro: Guamá. CEP: 66075-110 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/**7363382159007600<http://lattes.cnpq.br/7363382159007600> ______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/69054e0a/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/69054e0a/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 3 Date: Thu, 11 Jul 2013 08:23:33 -0700 (PDT) From: Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> To: R Brasil <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado Message-ID: <1373556213.31227.**YahooMailNeo@web162301.mail.**bf1.yahoo.com<1373556213.31227.YahooMailNeo@web162301.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Esta dúvida já foi sanada a "n" tópicos atrás. Para obter a mesma soma de quadrados do tipo III do SAS, você precisa usar a mesma reparametrização do "DEMO", ou seja, SOMA ZERO.
(s,f,p) Allaman
\begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/**ivanalaman@gmail.com<http://ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature} -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/31c1bdcd/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/31c1bdcd/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 4 Date: Thu, 11 Jul 2013 15:11:17 -0200 From: Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Soma de Quadrado Tipo III no R para analisar um fatorial desbalaceado Message-ID: <CAKrF98kGO-**9eeDX00x9Q59MrHfTqj+LXqGQwqCE-** CVcq-+7Tww@mail.gmail.com<CAKrF98kGO-9eeDX00x9Q59MrHfTqj%2BLXqGQwqCE-CVcq-%2B7Tww@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Ivan,
Estou entendendo que você acha que já vale a pena termos um FAQ desta lista?
[]s -- Cesar Rabak
2013/7/11 Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br>
Esta dúvida já foi sanada a "n" tópicos atrás. Para obter a mesma soma de
quadrados do tipo III do SAS, você precisa usar a mesma reparametrização do "DEMO", ou seja, SOMA ZERO.
(s,f,p) Allaman * * \begin{signature} <<>>= Prof. Dr. Ivan Bezerra Allaman Universidade Estadual de Santa Cruz Departamento de Ciências Exatas e Tecnológicas Ilhéus/BA - Brasil Fone: +55 73 3680-5596 E-mail: ivanalaman@yahoo.com.br/**ivanalaman@gmail.com<http://ivanalaman@yahoo.com.br/ivanalaman@gmail.com> @ \end{signature}
______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/03299d22/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/03299d22/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 5 Date: Thu, 11 Jul 2013 17:17:52 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear Message-ID: <CAFrWFs=1ozgQT9Y7vfJaczLPwkX8**LNsj+taEiFFuj+1unxR0Kg@mail.** gmail.com<1ozgQT9Y7vfJaczLPwkX8LNsj%2BtaEiFFuj%2B1unxR0Kg@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Caros amigos
Estou tentando criar um gráfico de um modelo não linear utilizando a função gnls (pacote nlme). Utilizei essa função por que meus dados não possuem variâncias homogêneas e a função gnls me permite lidar melhor com isso.
Pois bem. Dei uma lida no post do Walmes em seu blogo (Ridículas) sobre como fazer ( http://ridiculas.wordpress.**com/2011/05/19/bandas-de-** confianca-para-modelo-de-**regressao-nao-linear/<http://ridiculas.wordpress.com/2011/05/19/bandas-de-confianca-para-modelo-de-regressao-nao-linear/> ) no entanto não consigo obter a matriz gradiente e Hessiana neste modelo e por isso não consigo dar continuidade.
Abaixo segue o CMR, bem como os comando fornecido pelo Walmes até onde consegui evoluir. Este é meu gargalo!
Desde já agradeço a atenção
GM<-structure(list(Animal = c(1L, 60L, 62L, 68L, 72L, 7L, 73L, 98L, 99L, 100L, 91L, 92L, 93L, 51L, 83L, 89L, 86L, 87L, 94L, 95L, 17L, 82L, 84L, 97L, 3L, 76L, 78L, 48L, 52L, 55L, 69L, 13L, 22L, 33L, 63L, 12L, 67L, 77L, 80L, 41L, 42L, 46L, 50L, 25L, 53L, 57L, 64L, 28L, 35L, 58L, 61L, 21L, 24L, 54L, 59L, 20L, 30L, 38L, 45L, 10L, 11L, 19L, 9L, 14L, 18L, 32L, 56L, 2L, 4L, 5L, 23L, 27L, 29L, 40L, 47L, 6L, 8L, 31L, 34L, 36L, 39L, 44L, 65L), Manejo = c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L), Gest = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 90L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 110L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 130L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L, 140L), Fetos = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L), NaGLAMA = c(0.515523054, 0.274319898, 0.260406616, 0.345393579, 0.941416811, 3.242298603, 0.543581754, NA, NA, 0.310913983, 0.103119122, 0.242179757, 1.511982572, 0.248561812, 1.377624119, 1.239927094, NA, 0.347712662, NA, 0.907352204, NA, 1.629736193, 0.707560235, 1.260423046, 0.6423459, 1.314054397, NA, 0.728530524, 0.398189115, 0.749234643, 0.544891837, NA, 5.434432736, 1.273166074, NA, 1.055026755, 0.937103858, 1.297767845, 0.691943258, 1.336532109, NA, 1.69233929, 2.762457777, 1.639361362, 1.220678864, 0.696944641, 0.555373873, 2.694735252, 1.593673698, 4.8664716, 1.14279477, 0.952757874, 1.538877833, 3.417410969, NA, 3.827188165, 4.90094219, NA, 1.254578538, 3.997852624, 1.562503764, 2.689082873, 8.459237956, 8.787103701, 2.535628503, 4.715973548, 2.187817632, 1.860875669, 2.656679208, 4.929889812, 2.548334487, 4.177756252, 4.293566946, 5.717494612, 1.55775636, 4.922141642, 4.650077264, 6.112568346, 5.235183032, 1.907048841, 2.814221997, 5.477504341, 5.465705692)), .Names = c("Animal", "Manejo", "Gest", "Fetos", "NaGLAMA"), row.names = c(NA, -83L), class = "data.frame")
library(nlme) NAGLM1<-gnls(NaGLAMA~a*exp(c***Gest),start=list(a=0.04,c=0.** 03),weight=varIdent(form=~1|**Gest),na.action=na.omit,data=** GM[-c(59,57,61),],subset=c(**Gest>0 & Fetos==1))
#Códigos fornecidos pelo Walmes Adaptado
criando função que representa o modelo, retorna gradidente e hessiano
expo.der <- deriv3(~a*exp(c*Gest), c("a", "c"), function(Gest, a,c) NULL) str(expo.der)
#-----------------------------**------------------------------** ------------------ # diagnose gráfica e primeiro chute
plot(NaGLAMA~Gest, data=GM, xlab="idade Gestacional (dias)", ylab="Conteudo de sodio(g)") a <- 0.04; c <-0.03; curve(expo.der(x, a, c), add=TRUE, col=2) start <- list(a=a, c=c)
#-----------------------------**------------------------------** ------------------ # ajustando o modelo aos dados a partir dos valores iniciais via gráfico
n0 <- gnls(NaGLAMA~expo.der(Gest, a,c),weight=varIdent(form=~1|**Gest),na.action=na.omit, data=GM[-c(59,57,61),], start=start) summary(n0) confint(n0) #-----------------------------**------------------------------** ------------------------------**----------- #Não consigo acessar estas matrizes. Não consegui progredi. str(n0) str(n0$m$fitted()) c(n0$m$fitted()) attr(n0$m$fitted(), "gradient") attr(n0$m$fitted(), "hessian") -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/daa99be6/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/daa99be6/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 6 Date: Thu, 11 Jul 2013 18:20:10 -0400 From: Nicolay Cunha <nicolaycunha@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: [R-br] Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 Message-ID: <**CAAPK02Akk8Yzv6bprcRXRf7ZyMig0**AjeXC2TgZ9odhDr=LjFTg@mail.** gmail.com <LjFTg@mail.gmail.com>> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
# Prezados, # tenho uma dúvida em relação a ordenação dos boxplots em relação à mediana em um gráfico de três fatores. # quero que os boxplots fiquem ordenados da maior para a menor mediana (escada), dentro de cada nível do fator que confere as cores no gráfico # abaixo o CMR
##############################**##############################** ##############################**##############################**######## #install.packages("ggplot2") library(ggplot2) cmr <- read.table ('http://pastebin.com/raw.php?**i=61J9W4Gt<http://pastebin.com/raw.php?i=61J9W4Gt>', header = T) str(cmr)
#ordenando fatores cmr$height <- factor(cmr$height, levels = c('h','m','l')) cmr$Pulse <- factor (cmr$Pulse, levels = c("1LF_Low_Short", "2PF_Low_Short", "2PF_Medium_Medium", "3GF_Medium_Short","3GF_**Medium_Long"))
#plot ggplot(cmr, aes( height , variable, colour = factor(pop, levels = pop[order(factor(Pulse))]), fill = factor(Pulse)))+ xlab ('Anther levels')+ ylab ('Length (mm)')+ scale_colour_manual( values = rep("black", 24), legend = FALSE) + scale_fill_manual(name = 'Flood Pulse intensity', values = c("#E5E5E5", "#ACACAC", "#747474", "#3B3B3B", "#030303"))+ geom_boxplot(mapping = NULL, data = NULL, stat = "boxplot", position = "dodge", outlier.colour = "black", outlier.shape = 8, outlier.size = 1.5, notch = FALSE, notchwidth = 0.5, show_guide = TRUE)+ theme_bw() ##############################**##############################** ##############################**##############################**########
# a dúvida é, como ordenar os boxplots dentro de cada nível de Flood em ordem descrescente da mediana (varias escadinhas)? # []
-- Nicolay Leme da Cunha
Biólogo, Mestre, Doutorando em Ecologia e Conservação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, 79070-900 Campo Grande, MS, Brasil E-mail: nicolaycunha@gmail.com lattes.cnpq.br/**5916316648872099<http://lattes.cnpq.br/5916316648872099>
------------------------------
Message: 7 Date: Thu, 11 Jul 2013 19:32:00 -0300 From: "walmes ." <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear Message-ID: <CAFU=EkZZ7TPMxfvYfgh8d2GohxdF**eVBSZibMRqDs1zgnU1-SvA@mail.** gmail.com <EkZZ7TPMxfvYfgh8d2GohxdFeVBSZibMRqDs1zgnU1-SvA@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Para você extrair n0 tem que ser de classe 'nls' e você tá usando a 'gnls'. Então as matrizes por fora assim
x <- seq(0,140,20) args(expo.der) m <- expo.der(Gest=x, a=coef(n0)["a"], c=coef(n0)["c"])
c(m) attr(m, "gradient") attr(m, "hessian")
À disposição. Walmes.
==============================**==============================** ============== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==============================**==============================** ============== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/acbdb490/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/acbdb490/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 8 Date: Thu, 11 Jul 2013 20:31:54 -0300 From: "walmes ." <walmeszeviani@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 Message-ID: <CAFU=Eka7H0-6v2=zivwm0B_3G-r-**R9msY+P++WsPA+JQczhbzQ@mail.** gmail.com <zivwm0B_3G-r-R9msY%2BP%2B%2BWsPA%2BJQczhbzQ@mail.gmail.com>> Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Eu sei fazer com a lattice. Está nesse script
Vá executando desde o começo por causa das manipuções com a base de dados que é feita em sequência e tals. A parte que interessa é em torno da linha 405.
À disposição. Walmes.
==============================**==============================** ============== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==============================**==============================** ============== -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/fcfcbeba/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/fcfcbeba/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 9 Date: Thu, 11 Jul 2013 20:20:04 -0400 From: Nicolay Cunha <nicolaycunha@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Ordenação de boxplots pela mediana no ggplot2 Message-ID: <**CAAPK02Cd18FgjkUwaFPCz7dOomB13**=GtTVBGfQKDNK_kYE_aTw@mail.** gmail.com <GtTVBGfQKDNK_kYE_aTw@mail.gmail.com>> Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1
Obrigado Walmes, se não houver como fazer isso no ggplot2 partirei pro lattice como você sugere. Nicolay
2013/7/11 walmes . <walmeszeviani@gmail.com>:
Eu sei fazer com a lattice. Está nesse script
Vá executando desde o começo por causa das manipuções com a base de dados que é feita em sequência e tals. A parte que interessa é em torno da linha 405.
À disposição. Walmes.
==============================**==============================** ============== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==============================**==============================** ==============
______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Nicolay Leme da Cunha
Biólogo, Mestre, Doutorando em Ecologia e Conservação Universidade Federal de Mato Grosso do Sul, 79070-900 Campo Grande, MS, Brasil E-mail: nicolaycunha@gmail.com lattes.cnpq.br/**5916316648872099<http://lattes.cnpq.br/5916316648872099>
------------------------------
Message: 10 Date: Thu, 11 Jul 2013 21:56:57 -0300 From: Fernando Antonio de souza <nandodesouza@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Re: [R-br] Gráfico de intervalo de confiança de modelo não linear Message-ID: <CAFrWFsmgR4r0YkFBbHw-**7jvL3NoavXXnohOBJT60peUR5m4u-** A@mail.gmail.com<CAFrWFsmgR4r0YkFBbHw-7jvL3NoavXXnohOBJT60peUR5m4u-A@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Mais uma vez, muito obrigado Walmes! Acabei de rodar aqui e pelo jeito é muito mais simples que pelo nls.
Muito obrigado
Em 11 de julho de 2013 19:32, walmes . <walmeszeviani@gmail.com> escreveu:
Para você extrair n0 tem que ser de classe 'nls' e você tá usando a
'gnls'. Então as matrizes por fora assim
x <- seq(0,140,20) args(expo.der) m <- expo.der(Gest=x, a=coef(n0)["a"], c=coef(n0)["c"])
c(m) attr(m, "gradient") attr(m, "hessian")
À disposição. Walmes.
==============================**==============================** ============== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br skype: walmeszeviani twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==============================**==============================** ==============
______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/c9902af6/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/c9902af6/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 11 Date: Thu, 11 Jul 2013 18:16:53 -0700 (PDT) From: ARMIN KOENIG <arminkoenig19@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: [R-br] Dados semanais Message-ID: <1373591813.54894.**YahooMailNeo@web162004.mail.**bf1.yahoo.com<1373591813.54894.YahooMailNeo@web162004.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Prezados, Estou lidando com uma série temporal, que tem 55 semanas. Para realizar os cálculos de previsão, utilizei: frequency=7, start=c(....), end=c(...) e funcionou. Mas, quando pedi plot (gerar o gráfico), o R devolveu-me um eixo X muito estranho. Minha dúvida é: como faço para que o "começo" (semana) e o "final" (também semana), seja plotado adequadamente? Obrigado pela ajuda, Armin -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130711/61ca3c78/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130711/61ca3c78/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 12 Date: Fri, 12 Jul 2013 05:51:41 -0700 (PDT) From: Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br> To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>, ARMIN KOENIG <arminkoenig19@yahoo.com.br> Subject: Re: [R-br] Dados semanais Message-ID: <1373633501.42969.**YahooMailNeo@web161206.mail.**bf1.yahoo.com<1373633501.42969.YahooMailNeo@web161206.mail.bf1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Poste um CMR. Umas linhas de seu banco de dados, por exemplo no DatafileHost, DropBox e poste o link para nossos amigos possam ajudá-lo, inclusive o seu script também pode ser postado.
[ ]'s.
Edson Lira Estatístico Manaus-Amazonas
______________________________**__ De: ARMIN KOENIG <arminkoenig19@yahoo.com.br> Para: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Quinta-feira, 11 de Julho de 2013 21:16 Assunto: [R-br] Dados semanais
Prezados, Estou lidando com uma série temporal, que tem 55 semanas. Para realizar os cálculos de previsão, utilizei: frequency=7, start=c(....), end=c(...) e funcionou. Mas, quando pedi plot (gerar o gráfico), o R devolveu-me um eixo X muito estranho. Minha dúvida é: como faço para que o "começo" (semana) e o "final" (também semana), seja plotado adequadamente? Obrigado pela ajuda, Armin ______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível. -------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/**pipermail/r-br/attachments/** 20130712/41966ff1/attachment-**0001.html<http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20130712/41966ff1/attachment-0001.html>
------------------------------
Subject: Legenda do Digest
______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br>
------------------------------
Fim da Digest R-br, volume 31, assunto 15 *******************************************
______________________________**_________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/**cgi-bin/mailman/listinfo/r-br<https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-**guia<http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia>) e forneça código mínimo reproduzível.
participantes (2)
-
alanarocha＠sapo.pt -
Benilton Carvalho