Re: [R-br] Dendrograma com UPGMA e Mahalanobis

Bom dia Hugo! Após passar dias estudando para chegar em um gráfico semelhante ao que você estava querendo, creio consegui me aproximar uns 90%. Perceberás que o eixo x não está no topo como no da figura do artigo. Mandei um email para o criador da ggplot2 (pacote que usei para elaborar o gráfico) e ele me disse que não é possível ainda colocar o eixo x no topo do gráfico, mais que está trabalhando para que isso seja possível nas próximas versões. Creio que com o CMR que lhe enviarei será possível você manipulá-lo da maneira que lhe for mais conveniente. Para outros esclarecimentos consulte o site http://had.co.nz/ggplot2/. Segue o CMR abaixo: require(graphics) require(utils) require(ggplot2) require(NeatMap) dHN <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/DadosHugoNeto.txt',h=T) dendHN <- hclust(dist(sqrt(dHN)),method='complete') clones=c("RB92579","RB768647","Q124","RB75126","RB925211","RB835486","RB946022", "RB912825","SP80-3280","RB855511","RB867515","SP83-5073","RB72454","SP80-1816", "RB825336","RB855156","RB855536","SP83-2847","RB855453","TUC77-42","SP70-2233", "RB931555","RB835054","RB855206","RB925345","RB8317","RB947501","RB93509", "RB813804","RB855113","RB83102","SP77-5181","RB845257","RB855046","RB845197", "RB835089","RB8495","RB825548","RB855463","RB925453","RB855595","RB945951", "RB946903","RB855035","RB92606","RB735200","RB945961","SP70-1143","RB855036", "IAC87-3396","CO62175","RB956911","TUC71-7","RB9350","RB966928","RB912850", "RB845210","L60-14","SP81-3250","RB928064","RB721012","SP79-1011","SP801842", "IAC52-326","RB935915","RB806043") ggplot.default() + opts(panel.background = theme_blank(), panel.grid.major = theme_blank(), panel.grid.minor = theme_blank(), legend.position ='none', axis.title.x = theme_blank(), axis.title.y = theme_blank(), axis.text.y = theme_text(angle=0,size=8))+ scale_x_continuous(breaks=seq(0:11),labels=seq(0,0.5,by=0.045))+ scale_y_continuous(breaks=seq(1:66),labels=clones) + geom_vline(xintercept=2.2,colour='red',linetype=2)+ geom_text(aes(x=2.6,y=-1,label='0.06',colour='red',size=5)) + geom_text(aes(x=3.1,y=67,label='Magic method',colour='red',size=5))+ geom_text(aes(x=5.3,y=30,label='88',colour='green',size=5))+ draw.dendrogram(dendHN, dendro.dir="right") Allaman (S,f,P) M.Sc Ivan Bezerra Allaman Zootecnista Doutorando em Produção Animal/Aquicultura - UFLA email e msn - ivanalaman@yahoo.com.br Tel: (35)3826-6608/9900-2924

Em 27 de junho de 2011 12:52, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> escreveu:
dHN <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/DadosHugoNeto.txt',h=T)
Ivan, Parabens pela disposição em ajudar o colega. De bandeja, ajudou-me, tambem! Mas, tenho duas perguntas: 1. Hugo, os valores nesses dados sao o quê (metro, peso, porcentagem, etc)? São dados quantitativos? 2. Por que escolher Mahalanobis ao inves da Euclidiana? Há alguma explicação estatística para isso? Muito obrigado! -- O__ --- Marcelo Luiz de Laia Rodovia MGT 367, Km 583 c/ /' _ -- Dep. de Engenharia Florestal nº 5000, Alto da Jacuba (*) \ (*) - UFVJM, Diamantina, MG, Brasil Ph: (+55) 38 3532 1248 ~~~~~~- (www.ufvjm.edu.br/floresta) FAX: (+55) 38 3532 1200 ^^^^^^^^^^- Linux user number 487797 CEP: 39.100-000 - Brazil

mahalanobis considera a variancia associada para a determinacao de distancias... distancia euclidiana nao. b 2011/6/27 Marcelo Laia <marcelolaia@gmail.com>:
Em 27 de junho de 2011 12:52, Ivan Bezerra Allaman <ivanalaman@yahoo.com.br> escreveu:
dHN <- read.table('http://dl.dropbox.com/u/33619290/DadosHugoNeto.txt',h=T)
Ivan,
Parabens pela disposição em ajudar o colega. De bandeja, ajudou-me, tambem!
Mas, tenho duas perguntas:
1. Hugo, os valores nesses dados sao o quê (metro, peso, porcentagem, etc)? São dados quantitativos?
2. Por que escolher Mahalanobis ao inves da Euclidiana? Há alguma explicação estatística para isso?
Muito obrigado!
-- O__ --- Marcelo Luiz de Laia Rodovia MGT 367, Km 583 c/ /' _ -- Dep. de Engenharia Florestal nº 5000, Alto da Jacuba (*) \ (*) - UFVJM, Diamantina, MG, Brasil Ph: (+55) 38 3532 1248 ~~~~~~- (www.ufvjm.edu.br/floresta) FAX: (+55) 38 3532 1200 ^^^^^^^^^^- Linux user number 487797 CEP: 39.100-000 - Brazil _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- Successful people ask better questions, and as a result, they get better answers. (Tony Robbins)

Boa tarde pessoal, Ivan <ivanalaman@yahoo.com.br>, Eu rodei agora o código que você me passou e parece que é isso mesmo. Essa semana está corrida demais, e vou testar com calma todas as ideias nesse seu código. Inclusive algumas ideias dos amigos Alexandre dos Santos e do Wevergton Adão precisam ser vistas por mim. Até porque Ivan, naquele primeiro código que passei aqui vi que eu estava errando numa linha pois estava tentando transformar o arquivo que JÁ são as distâncias de Mahalanobis em outras distâncias novamente, entendeu? Se não me falhe a memoria era essa: x=dist(soca35,method="euclidean"), ou seja, o arquivo "soca35" já são as distâncias de Mahalanobis prontas! e nessa linha de comando eu estava pegando os dados que não precisariam ser mexidos, e transformando-os nas distâncias euclidianas, ficando "x" como a matriz de distâncias euclidianas. Sem nexo nenhum meu comando. Marcelo <marcelolaia@gmail.com>, 1. Hugo, os valores nesses dados sao o quê (metro, peso, porcentagem, etc)? São dados quantitativos? Marcelo, esses dados são as distâncias de Mahalanobis vindas de 82 indivíduos com 9 variáveis respostas (todas quantitativas) 2. Por que escolher Mahalanobis ao inves da Euclidiana? Há alguma explicação estatística para isso? Eu só acrescentaria ao que o amigo Benilton respondeu, que a distância de Mahalanobis vem sido preferida nos trabalhos de algumas áreas como Agronomia e Zootecnia justamente porque elimina a escala diferente encontrada entre as variaveis, fazendo com que uma variável mas correlacionada com a outra, por exemplo, não interfira na classificação (ordenação) dos indivíduos. Ok? Benilton <beniltoncarvalho@gmail.com>, Obrigado pela ajuda. Mais tarde entro em contato denovo Obrigado à todos!
participantes (4)
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Benilton Carvalho
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Ivan Bezerra Allaman
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Marcelo Laia
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Zeni