Eu estou fazendo anova e com posterior teste de médias de um experimento com muitas variáveis. Então eu tenho que repetir o script muitas vezes o mesmo script para cada variável. Os colegas sabem me dizer se existe alguma maneira de fazer um Loop para um script, ou mesmo criar um elemento com todas variáveis para analisar de uma só vez? Aqui vai uma pequena parte das variáveis que vou analisar, tenho 7 tratamentos, 4 repetições. [image: pasted1] Aqui esta o script (Agricolae Package) dados <- read.csv("~/Documents/R/Data306090DAPv2.csv", header = TRUE) head(dados) model<-aov(Cas30 ~Trat, data=dados) out <- HSD.test(model,"Trat", group=TRUE,console=TRUE, main="Calcio") par(mfrow=c(1,2)) out$means par (mar = c (3,3,2,0),cex=0.9) bar.group(out$groups,ylim=c(0, 360),density=50,border="blue", col="blue", las=1) bar.err(out$means,variation="SE",horiz=FALSE, ylim = c(0, 360), col=colors()[15],space=0.3,bar=TRUE, las=1) out<-HSD.test(model,"Trat", group=FALSE) means<-out$means df<-df.residual(model) MSerror<-deviance(model)/df with(dados,HSD.test(Cas30,Trat,df,MSerror, group=TRUE,console=TRUE, main="Cálcio")) Muito obrigado desde já.
Fernando,
long_shape <- reshape2::melt(dados, id.vars = 'Trat') model <- function(df) lm(value ~ Trat, data = df) fits <- plyr::ldply(long_shape, .(variable), model)
Deste modo, "fits" é uma lista que armazena os ajustes para todas as variáveis. Minha sugestão e usar outro **ply para tratar tais ajustes e obter os testes de média e demais analíses necessárias. Att, FH 2016-12-06 13:29 GMT-06:00 Fernando Rodrigo Bortolozo via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>:
Eu estou fazendo anova e com posterior teste de médias de um experimento com muitas variáveis. Então eu tenho que repetir o script muitas vezes o mesmo script para cada variável.
Os colegas sabem me dizer se existe alguma maneira de fazer um Loop para um script, ou mesmo criar um elemento com todas variáveis para analisar de uma só vez?
Aqui vai uma pequena parte das variáveis que vou analisar, tenho 7 tratamentos, 4 repetições.
[image: pasted1]
Aqui esta o script (Agricolae Package)
dados <- read.csv("~/Documents/R/Data306090DAPv2.csv", header = TRUE) head(dados) model<-aov(Cas30 ~Trat, data=dados) out <- HSD.test(model,"Trat", group=TRUE,console=TRUE, main="Calcio") par(mfrow=c(1,2)) out$means par (mar = c (3,3,2,0),cex=0.9) bar.group(out$groups,ylim=c(0, 360),density=50,border="blue", col="blue", las=1) bar.err(out$means,variation="SE",horiz=FALSE, ylim = c(0, 360), col=colors()[15],space=0.3,bar=TRUE, las=1) out<-HSD.test(model,"Trat", group=FALSE) means<-out$means df<-df.residual(model) MSerror<-deviance(model)/df with(dados,HSD.test(Cas30,Trat,df,MSerror, group=TRUE,console=TRUE, main= "Cálcio"))
Muito obrigado desde já.
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
Fernando, Você poderia pensar em fazer uma manova e em seguida uma aov do objeto que armazena a manova. Por exemplo, no código fonte da documentação da manova você pode fazer uma aov do objeto npk2.aov npk2 <- within(npk, foo <- rnorm(24)) (npk2.aov <- manova(cbind(yield, foo) ~ block + N*P*K, npk2)) summary(aov(npk2.aov)) HTH, ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)99966.9100 - VIVO 55(73)99100.7351 - TIM 55(73)98817.6159 - OI 55(73)98129.9942 - CLARO ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ 2016-12-06 16:29 GMT-03:00 Fernando Rodrigo Bortolozo via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br>:
Eu estou fazendo anova e com posterior teste de médias de um experimento com muitas variáveis. Então eu tenho que repetir o script muitas vezes o mesmo script para cada variável.
Os colegas sabem me dizer se existe alguma maneira de fazer um Loop para um script, ou mesmo criar um elemento com todas variáveis para analisar de uma só vez?
Aqui vai uma pequena parte das variáveis que vou analisar, tenho 7 tratamentos, 4 repetições.
[image: pasted1]
Aqui esta o script (Agricolae Package)
dados <- read.csv("~/Documents/R/Data306090DAPv2.csv", header = TRUE) head(dados) model<-aov(Cas30 ~Trat, data=dados) out <- HSD.test(model,"Trat", group=TRUE,console=TRUE, main="Calcio") par(mfrow=c(1,2)) out$means par (mar = c (3,3,2,0),cex=0.9) bar.group(out$groups,ylim=c(0, 360),density=50,border="blue", col="blue", las=1) bar.err(out$means,variation="SE",horiz=FALSE, ylim = c(0, 360), col=colors()[15],space=0.3,bar=TRUE, las=1) out<-HSD.test(model,"Trat", group=FALSE) means<-out$means df<-df.residual(model) MSerror<-deviance(model)/df with(dados,HSD.test(Cas30,Trat,df,MSerror, group=TRUE,console=TRUE, main= "Cálcio"))
Muito obrigado desde já.
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Caro Fernado, O loop é muito simples. Segue um script em que analisei 11 variáveis de uma só vez e ainda apliquei dois testes de comparações de medias. As duas primeiras colunas sao respectivamente Trat e Repetiçoes, as demais são as variavies. Att dados<-read.table("e:/adalgisa/magna.txt", header=TRUE) dados TRAT<-as.factor(dados[,1]) REP<-as.factor(dados[,2]) require(laercio) colin<-3 for(i in colin:ncol(dados)) { modelo<-aov(dados[,i]~TRAT+REP) print(summary(modelo)) LTukey(modelo,"TRAT",conf.level=0.95) LScottKnott(modelo,"TRAT",conf.level=0.95) } Att -- José Wellingthon dos Santos Pesquisador - Métodos Quantitativos Embrapa Algodão Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) Campina Grande, PB jose-wellingthon.santos@embrapa.br Telefone: +55 (83) 3182-4401 | Fax: +55 (83) 3182-4367 www.embrapa.br/algodao | https://twitter.com/embrapa_algodao Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel ----- Mensagem original ----- De: "Jose Claudio Faria via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Para: "Fernando Rodrigo Bortolozo" <fernandobortolozo@gmail.com>, "a lista Brasileira oficial de discussão do programa R." <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Enviadas: Terça-feira, 6 de dezembro de 2016 16:44:16 Assunto: Re: [R-br] Loop script Fernando, Você poderia pensar em fazer uma manova e em seguida uma aov do objeto que armazena a manova. Por exemplo, no código fonte da documentação da manova você pode fazer uma aov do objeto npk2.aov npk2 <- within(npk, foo <- rnorm(24)) (npk2.aov <- manova(cbind(yield, foo) ~ block + N*P*K, npk2)) summary(aov(npk2.aov)) HTH, ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ Jose Claudio Faria Estatistica UESC/DCET/Brasil joseclaudio.faria at gmail.com Telefones: 55(73)3680.5545 - UESC 55(73)99966.9100 - VIVO 55(73)99100.7351 - TIM 55(73)98817.6159 - OI 55(73)98129.9942 - CLARO ///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\///\\\ 2016-12-06 16:29 GMT-03:00 Fernando Rodrigo Bortolozo via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br > : Eu estou fazendo anova e com posterior teste de médias de um experimento com muitas variáveis. Então eu tenho que repetir o script muitas vezes o mesmo script para cada variável. Os colegas sabem me dizer se existe alguma maneira de fazer um Loop para um script, ou mesmo criar um elemento com todas variáveis para analisar de uma só vez? Aqui vai uma pequena parte das variáveis que vou analisar, tenho 7 tratamentos, 4 repetições. pasted1 Aqui esta o script (Agricolae Package) dados <- read.csv("~/Documents/R/Data306090DAPv2.csv", header = TRUE) head(dados) model<-aov(Cas30 ~Trat, data=dados) out <- HSD.test(model,"Trat", group=TRUE,console=TRUE, main="Calcio") par(mfrow=c(1,2)) out$means par (mar = c (3,3,2,0),cex=0.9) bar.group(out$groups,ylim=c(0, 360),density=50,border="blue", col="blue", las=1) bar.err(out$means,variation="SE",horiz=FALSE, ylim = c(0, 360), col=colors()[15],space=0.3,bar=TRUE, las=1) out<-HSD.test(model,"Trat", group=FALSE) means<-out$means df<-df.residual(model) MSerror<-deviance(model)/df with(dados,HSD.test(Cas30,Trat,df,MSerror, group=TRUE,console=TRUE, main="Cálcio")) Muito obrigado desde já. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem ( http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia ) e forneça código mínimo reproduzível. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.
Caro Fernado, O loop é muito simples. Segue um script em que analisei 11 variáveis de uma só vez e ainda apliquei dois testes de comparações de medias. As duas primeiras colunas sao respectivamente Trat e Repetiçoes, as demais são as variavies. Att -- José Wellingthon dos Santos Pesquisador - Métodos Quantitativos Embrapa Algodão Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (Embrapa) Campina Grande, PB jose-wellingthon.santos@embrapa.br Telefone: +55 (83) 3182-4401 | Fax: +55 (83) 3182-4367 www.embrapa.br/algodao | https://twitter.com/embrapa_algodao Confira também: www.facebook.com/agrosustentavel ----- Mensagem original ----- De: "Fernando Rodrigo Bortolozo via R-br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Enviadas: Terça-feira, 6 de dezembro de 2016 16:29:24 Assunto: [R-br] Loop script Eu estou fazendo anova e com posterior teste de médias de um experimento com muitas variáveis. Então eu tenho que repetir o script muitas vezes o mesmo script para cada variável. Os colegas sabem me dizer se existe alguma maneira de fazer um Loop para um script, ou mesmo criar um elemento com todas variáveis para analisar de uma só vez? Aqui vai uma pequena parte das variáveis que vou analisar, tenho 7 tratamentos, 4 repetições. pasted1 Aqui esta o script (Agricolae Package) dados <- read.csv("~/Documents/R/Data306090DAPv2.csv", header = TRUE) head(dados) model<-aov(Cas30 ~Trat, data=dados) out <- HSD.test(model,"Trat", group=TRUE,console=TRUE, main="Calcio") par(mfrow=c(1,2)) out$means par (mar = c (3,3,2,0),cex=0.9) bar.group(out$groups,ylim=c(0, 360),density=50,border="blue", col="blue", las=1) bar.err(out$means,variation="SE",horiz=FALSE, ylim = c(0, 360), col=colors()[15],space=0.3,bar=TRUE, las=1) out<-HSD.test(model,"Trat", group=FALSE) means<-out$means df<-df.residual(model) MSerror<-deviance(model)/df with(dados,HSD.test(Cas30,Trat,df,MSerror, group=TRUE,console=TRUE, main="Cálcio")) Muito obrigado desde já. _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel. ____________________________________________________________________________ Aviso de confidencialidade Esta mensagem da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), empresa publica federal regida pelo disposto na Lei Federal no. 5.851, de 7 de dezembro de 1972, e enviada exclusivamente a seu destinatario e pode conter informacoes confidenciais, protegidas por sigilo profissional. Sua utilizacao desautorizada e ilegal e sujeita o infrator as penas da lei. Se voce a recebeu indevidamente, queira, por gentileza, reenvia-la ao emitente, esclarecendo o equivoco. Confidentiality note This message from Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuaria (Embrapa), a government company established under Brazilian law (5.851/72), is directed exclusively to its addressee and may contain confidential data, protected under professional secrecy rules. Its unauthorized use is illegal and may subject the transgressor to the law's penalties. If you are not the addressee, please send it back, elucidating the failure.
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Fernando Rodrigo Bortolozo -
FHRB Toledo -
Jose Claudio Faria -
Jose Wellingthon Dos Santos